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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...cataccactagaccaaacgcccaattgttattactttgaatgttagtgtacttatcgcttgagtttacattggctcatgtgaatgatttgatggttgcagCCGATTGACTCGAACCTCCTCAAGGTATTGATACCAGTCGCAGTCTGTCACGCCTTAGGCCATGTCACTAGCAATGTCTCTTTCGCTGCGGTTGCTGTCT

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT5G46110.1
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|116415580|gb|EG458172.1|EG458172
EST:     GAGTTGTTTACTGCTTGATCAGCTGGTCCGTGGGTCTTCCTAAACGTGCC                         CCGATTGACTCGAACCTCCTCAAGGTATTGATACCAGTCGCAGTCTGTCAC
genomic: GAGTTGTTTACTGCTTGATCAGCTGGTCCGTGGGTCTTCCTAAACGTGCCgtaagttcgt ... atggttgcagCCGATTGACTCGAACCTCCTCAAGGTATTGATACCAGTCGCAGTCTGTCAC
EST: gi|164074094|gb|ES036566.1|ES036566
EST:     GAGTTGTTTACTGCTTGATCAGCTGGTCCGTGGGTCTTCCTAAACGTGCC                         CCGATTGACTCGAACCTCCTCAAGGTATTGATACC
genomic: GAGTTGTTTACTGCTTGATCAGCTGGTCCGTGGGTCTTCCTAAACGTGCCgtaagttcgt ... atggttgcagCCGATTGACTCGAACCTCCTCAAGGTATTGATACC
EST: gi|116474259|gb|EG516851.1|EG516851
EST:     GAGTTGTTTACTGCTTGATCAGCTGGTCCGTGGGTCTTCCTAAACGTGCC                         CCGATTGACTCGAACCTCCT
genomic: GAGTTGTTTACTGCTTGATCAGCTGGTCCGTGGGTCTTCCTAAACGTGCCgtaagttcgt ... atggttgcagCCGATTGACTCGAACCTCCT
EST: gi|124913829|gb|EH987703.1|EH987703
EST:     GTTGTTTACTGCTTGATCAGCTGGTCCGTGGGTCTTCCTAAACGTGCC                         CCGATTGACTCGAACCTCCTCAAGGTATTGATACCAGTCGCAGTCTGTCAC
genomic: GTTGTTTACTGCTTGATCAGCTGGTCCGTGGGTCTTCCTAAACGTGCCgtaagttcgt ... atggttgcagCCGATTGACTCGAACCTCCTCAAGGTATTGATACCAGTCGCAGTCTGTCAC
EST: gi|116474248|gb|EG516840.1|EG516840
EST:     GAGTTGTTTACTGCTTGATCAGCTGGTCCGTGGGTCTTCCTAAACGTGCC                         CCGATTGACTCGAACCTCCT
genomic: GAGTTGTTTACTGCTTGATCAGCTGGTCCGTGGGTCTTCCTAAACGTGCCgtaagttcgt ... atggttgcagCCGATTGACTCGAACCTCCT
EST: gi|164116686|gb|ES001013.1|ES001013
EST:     GAGTTGTTTACTGCTTGATCAGCTGGTCCGTGGGTCTTCCTAAACGTGCC                         CCGATTGACTCGAACCTCCTCAAGGTATTGATACCAGTCGCAGTCTGTCAC
genomic: GAGTTGTTTACTGCTTGATCAGCTGGTCCGTGGGTCTTCCTAAACGTGCCgtaagttcgt ... atggttgcagCCGATTGACTCGAACCTCCTCAAGGTATTGATACCAGTCGCAGTCTGTCAC
EST: gi|125200360|gb|EL215314.1|EL215314
EST:     GAGTTGTTTACTGCTTGATCAGCTGGTCCGTGGGTCTTCCTAAACGTGCC                         CCGATTGACTCGAACCTCCT
genomic: GAGTTGTTTACTGCTTGATCAGCTGGTCCGTGGGTCTTCCTAAACGTGCCgtaagttcgt ... atggttgcagCCGATTGACTCGAACCTCCT
EST: gi|124740820|gb|EH831982.1|EH831982
EST:     TTTACTGCTTGATCAGCTGGTCCGTGGGTCTTCCTAAACGTGCC                         CCGATTGACTCGAACCTCCTCAAGGTATTGATACCAGTCGCAGTCTGTCAC
genomic: TTTACTGCTTGATCAGCTGGTCCGTGGGTCTTCCTAAACGTGCCgtaagttcgt ... atggttgcagCCGATTGACTCGAACCTCCTCAAGGTATTGATACCAGTCGCAGTCTGTCAC
EST: gi|116431239|gb|EG473831.1|EG473831
EST:     GAGTTGTTTACTGCTTGATCAGCTGGTCCGTGGGTCTTCCTAAACGTGCC                         CCGATTGACTCGAACCTCCTCAAGGTATTGATACCAGTCGCAGTCTGTCAC
genomic: GAGTTGTTTACTGCTTGATCAGCTGGTCCGTGGGTCTTCCTAAACGTGCCgtaagttcgt ... atggttgcagCCGATTGACTCGAACCTCCTCAAGGTATTGATACCAGTCGCAGTCTGTCAC
EST: gi|124975424|gb|EL048914.1|EL048914
EST:     GAGTTGTTTACTGCTTGATCAGCTGGTCCGTGGGTCTTCCTAAACGTGCC                         CCGATTGACTCGAACCTCCTCAAGGTATTGATACCAGTCG
genomic: GAGTTGTTTACTGCTTGATCAGCTGGTCCGTGGGTCTTCCTAAACGTGCCgtaagttcgt ... atggttgcagCCGATTGACTCGAACCTCCTCAAGGTATTGATACCAGTCG
EST: gi|124830862|gb|EH915302.1|EH915302
EST:     GAGTTGTTTACTGCTTGATCAGCTGGTCCGTGGGTCTTCCTAAACGTGCC                         CCGATTGACTCGAACCTCCTCAAGGTATT
genomic: GAGTTGTTTACTGCTTGATCAGCTGGTCCGTGGGTCTTCCTAAACGTGCCgtaagttcgt ... atggttgcagCCGATTGACTCGAACCTCCTCAAGGTATT
EST: gi|125215074|gb|EL229276.1|EL229276
EST:     GAGTTGTTTACTGCTTGATCAGCTGGTCCGTGGGTCTTCCTAAACGTGCC                         CCGATTGACTCGAACCTCCTCAAGGTATTGATACCAGTCGCAGTCTGTCAC
genomic: GAGTTGTTTACTGCTTGATCAGCTGGTCCGTGGGTCTTCCTAAACGTGCCgtaagttcgt ... atggttgcagCCGATTGACTCGAACCTCCTCAAGGTATTGATACCAGTCGCAGTCTGTCAC
EST: gi|125260732|gb|EL274817.1|EL274817
EST:     GAGTTGTTTACTGCTTGATCAGCTGGTCCGTGGGTCTTCCTAAACGTGCC                         CCGATTGACTCGAACCTCCTCAAGGTATTGATACCA
genomic: GAGTTGTTTACTGCTTGATCAGCTGGTCCGTGGGTCTTCCTAAACGTGCCgtaagttcgt ... atggttgcagCCGATTGACTCGAACCTCCTCAAGGTATTGATACCA
EST: gi|125232364|gb|EL246449.1|EL246449
EST:     ATCAGCTGGTCCGTGGGTCTTCCTAAACGTGCC                         CCGATTGACTCGAACCTCCTCAAGGTATTGATACCAGTCGCAGTCTGTCAC
genomic: ATCAGCTGGTCCGTGGGTCTTCCTAAACGTGCCgtaagttcgt ... atggttgcagCCGATTGACTCGAACCTCCTCAAGGTATTGATACCAGTCGCAGTCTGTCAC
EST: gi|125131079|gb|EL173915.1|EL173915
EST:     GAGTTGTTTACTGCTTGATCAGCTGGTCCGTGGGTCTTCCTAAACGTGCC                         CCGATTGACTCGAACCTCCTCAAGGTATTGATACCAGTCGCA
genomic: GAGTTGTTTACTGCTTGATCAGCTGGTCCGTGGGTCTTCCTAAACGTGCCgtaagttcgt ... atggttgcagCCGATTGACTCGAACCTCCTCAAGGTATTGATACCAGTCGCA
EST: gi|124713523|gb|EH804925.1|EH804925
EST:     CTGGTCCGTGGGTCTTCCTAAACGTGCC                         CCGATTGACTCGAACCTCCTCAAGGTATTGATACCAGTCGCAGTCTGTCAC
genomic: CTGGTCCGTGGGTCTTCCTAAACGTGCCgtaagttcgt ... atggttgcagCCGATTGACTCGAACCTCCTCAAGGTATTGATACCAGTCGCAGTCTGTCAC
EST: gi|116420927|gb|EG463519.1|EG463519
EST:     GAGTTGTTTACTGCTTGATCAGCTGGTCCGTGGGTCTTCCTAAACGTGCC                         CCGATTGACTCGAACCTCCTCAAGGTATTGATACCAGTCGCAGTCTGTCAC
genomic: GAGTTGTTTACTGCTTGATCAGCTGGTCCGTGGGTCTTCCTAAACGTGCCgtaagttcgt ... atggttgcagCCGATTGACTCGAACCTCCTCAAGGTATTGATACCAGTCGCAGTCTGTCAC
EST: gi|125183594|gb|EL198548.1|EL198548
EST:     GAGTTGTTTACTGCTTGATCAGCTGGTCCGTGGGTCTTCCTAAACGTGCC                         CCGATTGACTCGAACCTCCTCAAAGGTATTGATACCAGTCGCAGTCTGT
genomic: GAGTTGTTTACTGCTTGATCAGCTGGTCCGTGGGTCTTCCTAAACGTGCCgtaagttcgt ... atggttgcagCCGATTGACTCGAACCTCCTCAA-GGTATTGATACCAGTCGCAGTCTGT
EST: gi|164009532|gb|ES199110.1|ES199110
EST:     GAGTTGTTTACTGCTTGATCAGCTGGTCCGTGGGTCTTCCTAAACGTGCC                         CCGATTGACTCGAACCTCC
genomic: GAGTTGTTTACTGCTTGATCAGCTGGTCCGTGGGTCTTCCTAAACGTGCCgtaagttcgt ... atggttgcagCCGATTGACTCGAACCTCC
EST: gi|124851183|gb|EH935620.1|EH935620
EST:     GAGTTGTTTACTGCTTGATCAGCTGGTCCGTGGGTCTTC-TAAACGTGCC                         CCGATTGACTCGAAACCTCCT
genomic: GAGTTGTTTACTGCTTGATCAGCTGGTCCGTGGGTCTTCCTAAACGTGCCgtaagttcgt ... atggttgcagCCGATTGACTCGAA-CCTCCT
EST: gi|124806869|gb|EH893438.1|EH893438
EST:     CCGTGGGTCTTCCTAAACGTGCC                         CCGATTGACTCGAACCTCCTCAAGGTATTGATACCAGTCGCAGTCTGTCAC
genomic: CCGTGGGTCTTCCTAAACGTGCCgtaagttcgt ... atggttgcagCCGATTGACTCGAACCTCCTCAAGGTATTGATACCAGTCGCAGTCTGTCAC
EST: gi|116474253|gb|EG516845.1|EG516845
EST:     GAGTTGTTTACTGCTTGATCAGCTGGTCCGTGGGTCTTCCTAAACGTGCC                         CCGATTGACTCGAACCTCCT
genomic: GAGTTGTTTACTGCTTGATCAGCTGGTCCGTGGGTCTTCCTAAACGTGCCgtaagttcgt ... atggttgcagCCGATTGACTCGAACCTCCT
EST: gi|124811029|gb|EH895895.1|EH895895
EST:     GAGTTGTTTACTGCTTGATCAGCTGGTCCGTGGGTCTTCCTAAACGTGCC                         CCGATTGACTCGAACCTCCTCAAGGTATTGATACCAGTCGCAGTCTGT
genomic: GAGTTGTTTACTGCTTGATCAGCTGGTCCGTGGGTCTTCCTAAACGTGCCgtaagttcgt ... atggttgcagCCGATTGACTCGAACCTCCTCAAGGTATTGATACCAGTCGCAGTCTGT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gtgtacttatcgcttgagtttacattggctcatgtgaatgatttgatggttgcagCCGATTGACTCGAACCTCCTCAAGGTATTGATACCAGTCGCAGTCTGTCACGCCTTAGGCCATGTCACTAGCAATGTCTCTTTCGCTGCGGTTGCTGTCT
                                        atttgat  putative branch site (score: 5)
                  tttacatt  TA-rich tract