Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgagtgcaaacctctttgttttctgttacctttctttcagaatacctctatagggttcttatcatgtatgcagGTCATTGTGAGTGGAAAACTCCGTGCTGCACGTGCTAAGTCGATGAAGTTCAAGGATGGTTACATGGTTTCCTCAGGTCAGCCAACCAAGGAATACATTG

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT5G35530.1
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT5G35530.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 4
lower sequence: GRMZM2G093902_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 4
---------------gtgagtgcaaacctctttgttttctgttacctttctttcagaatac-----ctctatag----ggttcttatcatgtatgcagGTCATTGTGAGTGGAAAACTCCGTGCTGCACGTGCTAAGTCGATGAAGTTCAAGGATGGTTACATGGTTTCCTCAGGTCAGCCAACCAAGGAATACATTG
                  | || |||||  |     ||   |||    || |||   |||      |||||||         | | |  | |    |||| ||||| ||||| || ||| | |||   ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| |||| || ||||| ||   |||   ||||||||
gtgtgagcccccttcccaattgtaaaccaatgcaaatttaattagagctcgttcgtgatatggaatctctatatttataagcccttttgttttcttagGTTATTGTAAGTGGTAAGCTCAGGGCTCAGCGTGCTAAGTCTATGAAGTTCAAGGATGGGTACATGATTTCTTCTGGTCATCCTGTCAACCTATACATTG

upper sequence: AT5G35530.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 4
lower sequence: PP1S127_74V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 4
------------------------------gtgagtgcaaacctctttgttttctgttacctttctttcagaatacctctatagggttcttatcatgtatgcagGTCATTGTGAGTGGAAAACTCCGTGCTGCACGTGCTAAGTCGATGAAGTTCAAGGATGGTTACATGGTTTCCTCAGGTCAGCCAACCAAGGAATACATTG
                                 ||   ||| || |    ||| | ||   ||   | || |  | |||  |   ||    ||  ||    ||||| |||||||| ||||| || ||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | || || ||    ||   ||| || ||||| |
acatcttctctagtatgcggcaagtatctgtcaagcaaaaaactttacaatttttttttaattaaatgcaaatgatctcgttgctgt----atgttggtaacagGTTATTGTGAGCGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGTGCTAAGTCCATGAAGTTCAAGGATGGTTACATGATCTCATCTGGGAGCCCTGTCAACGATTACATCG

upper sequence: AT5G35530.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 4
lower sequence: PP1S31_178V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 4
-------------------gtgagtgcaaacctctttgttttctgttacctttctttcagaat-acctctatagggttctt------atcatgtatgcagGTCATTGTGAGTGGAAAACTCCGTGCTGCACGTGCTAAGTCGATGAAGTTCAAGGATGGTTACATGGTTTCCTCAGGTCAGCCAACCAAGGAATACATTG
                    | | ||  |           ||     |  ||   |  ||| | | || | |    ||  |       |   |    ||||| || ||||||||||| || ||||| || ||||| ||||| |||||||||||||| || |||||| | || || ||    ||   ||| || |||||||
aattgagctttagcactgcttcactgttacatctggaagattgcaggatattgtatgtagattcatctttgtctaattagtttgtgggtggcggtcacagGTGATAGTGAGTGGAAAGCTTCGTGCAGCTCGTGCAAAGTCCATGAAGTTCAAGGACGGATACATGATATCATCTGGAAGCCCTGTCAACGACTACATTG

upper sequence: AT5G35530.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 4
lower sequence: PP1S41_146V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 4
---------------gtgagtgcaaacctctttgtttt-ctgttaccttt-ctttcagaatacctctata----gggttcttatcatgta-----tgcagGTCATTGTGAGTGGAAAACTCCGTGCTGCACGTGCTAAGTCGATGAAGTTCAAGGATGGTTACATGGTTTCCTCAGGTCAGCCAACCAAGGAATACATTG
               ||  |    |    || ||  || | || | |  | |  | || | |  | | ||    |  |  ||  | |||      || |||||||||| |||||||| || ||||| || || || ||||| ||||||||||||||||| |||||| |||| |||||    ||   ||| || ||||| |
acttgataatgtgatgtatggagtagtggctctgacttacagtcatcgctacagttagcagaattgtgtaatctgattagttgacgtgtgggaattgtagGTCATTGTCAGTGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGAGCCAAGTCTATGAAGTTCAAGGATGGCTACATGATTTCATCAGGAAGCCCCGTCAACGATTACATCG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|164207926|gb|ES043173.1|ES043173
EST:     CTATGGTGTTTTAAGGTTTGTTATTGGAGAGTGGAGCTAAAGGATGCGAA                         GTCATTGTGAGTGGAAAACTCCG
genomic: CTATGGTGTTTTAAGGTTTGTTAT-GGAGAGTGGAGCTAAAGGATGCGAAgtgagtgcaa ... atgtatgcagGTCATTGTGAGTGGAAAACTCCG
EST: gi|47831884|gb|CK121568.1|CK121568
EST:     GCTATGGTGTTTTAAGGTTTGTTATGGAGAGTGGAGCTAAAGGATGCGAA                         GTCATTGTGAGTGGAAAACTCCGTGCTGCACGTGCTAAGTCGATGAAGTTC
genomic: GCTATGGTGTTTTAAGGTTTGTTATGGAGAGTGGAGCTAAAGGATGCGAAgtgagtgcaa ... atgtatgcagGTCATTGTGAGTGGAAAACTCCGTGCTGCACGTGCTAAGTCGATGAAGTTC
EST: gi|47831852|gb|CK121536.1|CK121536
EST:     GCTATGGTGTTTTAAGGTTTGTTATGGAGAGTGGAGCTAAAGGATGCGAA                         GTCATTGTGAGTGGAAAACTCCGTGCTGCACGTGCTAAGTCGATGAAGTTC
genomic: GCTATGGTGTTTTAAGGTTTGTTATGGAGAGTGGAGCTAAAGGATGCGAAgtgagtgcaa ... atgtatgcagGTCATTGTGAGTGGAAAACTCCGTGCTGCACGTGCTAAGTCGATGAAGTTC
EST: gi|47831894|gb|CK121578.1|CK121578
EST:     GCTATGGTGTTTTAAGGTTTGTTATGGAGAGTGGAGCTAAAGGATGCGAA                         GTCATTGTGAGTGGAAAACTCCGTGCTGCACGTGCTAAGTCGATGAAGTTC
genomic: GCTATGGTGTTTTAAGGTTTGTTATGGAGAGTGGAGCTAAAGGATGCGAAgtgagtgcaa ... atgtatgcagGTCATTGTGAGTGGAAAACTCCGTGCTGCACGTGCTAAGTCGATGAAGTTC
EST: gi|86075910|gb|DR371667.1|DR371667
EST:     GCTATGGTGTTTTAAGGTTTGTTATGGAGAGTGGAGCTAAAGGATGCGAA                         GTCATTGTGAGTGGAAAACTCCGTGCTGCACGTGCTAAGTAGATGAAGTTC
genomic: GCTATGGTGTTTTAAGGTTTGTTATGGAGAGTGGAGCTAAAGGATGCGAAgtgagtgcaa ... atgtatgcagGTCATTGTGAGTGGAAAACTCCGTGCTGCACGTGCTAAGTCGATGAAGTTC
EST: gi|86081922|gb|DR377681.1|DR377681
EST:     GCTATGGTGTTTTAAGGTTTGTTATGGAGAGTGGAGCTAAAGGATGCGAA                         GTCATTGTGAGTGGAAAACTCCGTGCTGCACGTGCTAAGTCGATGAAGTTC
genomic: GCTATGGTGTTTTAAGGTTTGTTATGGAGAGTGGAGCTAAAGGATGCGAAgtgagtgcaa ... atgtatgcagGTCATTGTGAGTGGAAAACTCCGTGCTGCACGTGCTAAGTCGATGAAGTTC
EST: gi|125043048|gb|EL115317.1|EL115317
EST:     GCTATGGTGTTTTAAGGTTTGTTATGGAGAGTGGAGCTAAAGGATGCGAA                         GTCATCGTGAGTGGAAAACTCCGTGCTGCA
genomic: GCTATGGTGTTTTAAGGTTTGTTATGGAGAGTGGAGCTAAAGGATGCGAAgtgagtgcaa ... atgtatgcagGTCATTGTGAGTGGAAAACTCCGTGCTGCA
EST: gi|86081832|gb|DR377591.1|DR377591
EST:     GCTATGGTGTTTTAAGGTTTGTTATGGAGAGTGGAGCTAAAGGATGCGAA                         GTCATTGTGAGTGGAAAACTCCGTGCTGCACGTGCTAAGTCGATGAAGTTC
genomic: GCTATGGTGTTTTAAGGTTTGTTATGGAGAGTGGAGCTAAAGGATGCGAAgtgagtgcaa ... atgtatgcagGTCATTGTGAGTGGAAAACTCCGTGCTGCACGTGCTAAGTCGATGAAGTTC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttttctgttacctttctttcagaatacctctatagggttcttatcatgtatgcagGTCATTGTGAGTGGAAAACTCCGTGCTGCACGTGCTAAGTCGATGAAGTTCAAGGATGGTTACATGGTTTCCTCAGGTCAGCCAACCAAGGAATACATTG
            tttcttt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtgagtgcaaacctctttgttttctgttacctttctttcagaatacctctatagggttcttatcatgtatgcagGTCATTGTGAGTGGAAAACTCCGTGCTGCACGTGCTAAGTCGATGAAGTTCAAGGATGGTTACATGGTTTCCTCAGGTCAGCCAACCAAGGAATACATTG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGGAA