1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
gtacctttaattgtttccttatctcattgttattgatacgtgttctctgtttgatgattcagagttatgatcactgcttaacagttagtatctttgtttataatcctgagtgtattctttgatatgtgcagGCCGGAGTTATTGAAGAGTTTGTGAATGAGGCCATTGACAATGCTCTAGATTCAGAGGATATGGAAGAAGAGATTGATGAAGAGGTTGATAAAGTATTGA
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT5G22950.1 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CTCCACAGATGGCTGCAACAATGCAAGAATTTAGCAAAGAGATGACTAAG GCCGGAGTTATTGAAGAGTTTGTGAATGAGGCCATTGACAATGCTCTAGATEST: gi|125305866|gb|EL319951.1|EL319951
genomic: CTCCACAGATGGCTGCAACAATGCAAGAATTTAGCAAAGAGATGACTAAGgtacctttaa ... atatgtgcagGCCGGAGTTATTGAAGAGTTTGTGAATGAGGCCATTGACAATGCTCTAGAT
EST: GAATTTAGCAAAGAGATGACTAAG GCCGGAGTTATTGAAGAGTTTGTGAATGAGGCCATTGACAATGCTCTAGATEST: gi|116474557|gb|EG517149.1|EG517149
genomic: GAATTTAGCAAAGAGATGACTAAGgtacctttaa ... atatgtgcagGCCGGAGTTATTGAAGAGTTTGTGAATGAGGCCATTGACAATGCTCTAGAT
EST: CTCCACAGATGGCTGCAACAATGCAAGAATTTAGCAAAGAGATGACTAAG GCCGGAGTTATTGAAGAGTTTGTGAATGAGGCCATTGACAATGCTCTAGATEST: gi|124965870|gb|EL040019.1|EL040019
genomic: CTCCACAGATGGCTGCAACAATGCAAGAATTTAGCAAAGAGATGACTAAGgtacctttaa ... atatgtgcagGCCGGAGTTATTGAAGAGTTTGTGAATGAGGCCATTGACAATGCTCTAGAT
EST: CTCCACAGATGGCTGCAACAATGCAAGAATTTAGCAAAGAGATGACTAAG GCCGGAGTTATTGAAGAGTTEST: gi|124749914|gb|EH840044.1|EH840044
genomic: CTCCACAGATGGCTGCAACAATGCAAGAATTTAGCAAAGAGATGACTAAGgtacctttaa ... atatgtgcagGCCGGAGTTATTGAAGAGTT
EST: CTCCACAGATGGCTGCAACAATGCAAGAATTTAGCAAAGAGATGACTAAG GCCGGAGTTATTGAAGAGT
genomic: CTCCACAGATGGCTGCAACAATGCAAGAATTTAGCAAAGAGATGACTAAGgtacctttaa ... atatgtgcagGCCGGAGTTATTGAAGAGT
cttaacagttagtatctttgtttataatcctgagtgtattctttgatatgtgcagGCCGGAGTTATTGAAGAGTTTGTGAATGAGGCCATTGACAATGCTCTAGATTCAGAGGATATGGAAGAAGAGATTGATGAAGAGGTTGATAAAGTATTGA
tatctttgtttataat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtacctttaattgtttccttatctcattgttattgatacgtgttctctgtttgatgattcagagttatgatcactgcttaacagttagtatctttgtttataatcctgagtgtattctttgatatgtgcagGCCGGAGTTATTGAAGAGTTTGTGAATGAGGCCATTGACAATGCTCTAGATTCAGAGGATATGGAAGAAGAGATTGATGAAGAGGTTGATAAAGTATTGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGG