Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaacaacgattccaaaactttctgatagcgaaaacttccgtaccattcttcttgtttgtaaccttatcttgttttcttctgtggttctatgtgcagATGCTTCAGAAGGCTATATAAGTGTCAGGTATGAAGTCATGGAATTACCGGTAGCTTTTCCTTTCCAGAAACCTCCTGCGGACAAGCCTAACCCAAAACA

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT5G07590.1
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|124716465|gb|EH807867.1|EH807867
EST:     AAACTTTATGCCAAGCAATTATG                         ATGCTTCAGAAGGCTATATAAGTGTCAGGTATGAAGTCATGGAATTACCGG
genomic: AAACTTTATGCCAAGCAATTATGgtaacaacga ... ctatgtgcagATGCTTCAGAAGGCTATATAAGTGTCAGGTATGAAGTCATGGAATTACCGG
EST: gi|116444162|gb|EG486754.1|EG486754
EST:     GAGTTATCGTTGGATGAAAACTTTATGCCAAGCAATTATG                         ATGCTTCAGAAGGCTATATAAGTGTCAGGTATGAAGTCATGGAATTACCGG
genomic: GAGTTATCGTTGGATGAAAACTTTATGCCAAGCAATTATGgtaacaacga ... ctatgtgcagATGCTTCAGAAGGCTATATAAGTGTCAGGTATGAAGTCATGGAATTACCGG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

accattcttcttgtttgtaaccttatcttgttttcttctgtggttctatgtgcagATGCTTCAGAAGGCTATATAAGTGTCAGGTATGAAGTCATGGAATTACCGGTAGCTTTTCCTTTCCAGAAACCTCCTGCGGACAAGCCTAACCCAAAACA
              ttgtaac  putative branch site (score: 2)
             tttgtaa  TA-rich tract