1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
gtaaataatgccccgtctaaattattttgtcttttaaattgtttattttgcctttgaatttacatgttacaattatttgttaaacaaatgaaaccagaattagtgttttaatcaaaaattattagtgaatttttatttttattttttgaacggcattgattagttaagtttgtttttgtttataagATGGATAATATGATAATGGAAGCGTTGAAGATGGTGAATGGAGATGATGGAAATGTGGTGAAGGAAGAAGAGTTTAAGAAAACAATGGCAGAGATATTGG
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT4G38810.2 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: ACACTGTTGCACCATCGGCCACTTTACCACCAATAGGCGCTGTGTCCCAG ATGGATAATATGA
genomic: ACACTGTTGCACCATCGGCCACTTTACCACCAATAGGCGCTGTGTCCCAGgtaaataatg ... tgtttataagATGGATAATATGA
tttatttttattttttgaacggcattgattagttaagtttgtttttgtttataagATGGATAATATGATAATGGAAGCGTTGAAGATGGTGAATGGAGATGATGGAAATGTGGTGAAGGAAGAAGAGTTTAAGAAAACAATGGCAGAGATATTGG
cattgat putative branch site (score: 4)
tttgttttt putative PPT
attagttaagtttgtt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaaataatgccccgtctaaattattttgtcttttaaattgtttattttgcctttgaatttacatgttacaattatttgttaaacaaatgaaaccagaattagtgttttaatcaaaaattattagtgaatttttatttttattttttgaacggcattgattagttaagtttgtttttgtttataagATGGATAATATGATAATGGAAGCGTTGAAGATGGTGAATGGAGATGATGGAAATGTGGTGAAGGAAGAAGAGTTTAAGAAAACAATGGCAGAGATATTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAA