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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgagatttttctatttattctactagaatttttggcaggattaaggatgagaaattctaggaatatcagttggtaagttacattgtgatagttttagattccgacttaaggatagagcattggcagaatattacatctcttttgggacgactttcctgattaagttctgttctttttttttggtatagGCTGAGGAAGCTACACGCGAGTCAAGGAATACAAAACAAGATTGGTATGCAGAAATGCGGAGGAAGAAGGATGAAGAACGCGAGGCAGAAGAGCTGAAGT

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT4G27120.2
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT4G27120.2 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os07g01320.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
gtgagatttttctatttattctactagaatttttggcaggattaaggatgagaaattctaggaatatcagttggtaagttacattgtgatagttttagattccgacttaaggatagag-cattggcagaatattacatctcttttgggacgactttcctgattaagttctgttctttttttttggtatagGCTGAGGAAGCTACACGCGAGTCAAGGAATACAAAACAAGATTGGTATGCAGAAATGCGGAGGAAGAAGGATGAAGAACGCGAGGCAGAAGAGCTGAAGT-
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----------------------------------------------------------------------------------------ataacaatggaccaaaactttcatatgcattcctttgctgtttgtt-cactaaaagttccaagtttttcacattcatgcgcacaaactgtctacttgc-cagGCCGAAGAAGCAGCCCGGGATTCGAGGAGGACTAAACAAGATCGCTATGCAGAAATGAGGAGGAAGAAAGACGAAGAGCGTGAGGCACAAGAGA-GACTTA

upper sequence: AT4G27120.2 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA12G34150.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
gtgagatttttctatttattctactagaatttttggcaggattaaggatgagaaattctaggaatatcagttggtaagttacattgtgatagttttagattccgacttaaggatagagcattggcagaatattacatctcttttgggacg-actttcctgattaagttctgttctttttttttggtatagGCTGAGGAAGCTACACGCGAGTCAAGGAATACAAAACAAGATTGGTATGCAGAAATGCGGAGGAAGAAGGATGAAGAACGCGAGGCAGAAGAGCTGAAGT
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-----------------------------------------------------------------------------------ttcttgaatttctgtgcttaatttttcactt----ttttggggggtttctctatgttgattaaagtttaaatagttccttgtattttggtctatcttttgga---agGCTGAGGAAGCTGCACGAGAGTCAAGGCAGGCAAAACAAGATCGTTATTCAGAAATGCGGAGGTTGAAGGATGAGGAGCGTGAGGCAGAGGAGCGTAAGT

upper sequence: AT4G27120.2 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA13G36410.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
gtgagatttttctatttattctactagaatttttggcaggattaaggatgagaaattctaggaatatcagttggtaagttacattgtgatagttttagattccg-acttaaggatagagcattggcagaatattacatctcttttggg-acgactttcctgattaagttctgttctttttttttggtatagGCTGAGGAAGCTACACGCGAGTCAAGGAATACAAAACAAGATTGGTATGCAGAAATGCGGAGGAAGAAGGATGAAGAACGCGAGGCAGAAGAGCTGAAGT
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-------------------------------------------------------------------------------------gt-atttcttgaatttctgtgcttaatgttttgctttttggggggtttc---tctatgttgattaaagtttaaatagttgtattttggtctatctctttggaa--gGCTGAGGAAGTTGCACGAGAGTCAAGGCTTGCAAAACAAGATCGTTATTCAGAAATGCGGAGGTTGAAGGATGAGGAGCGTGAGGCACAGGAGCGTAAGT

upper sequence: AT4G27120.2 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 4
lower sequence: Vv19s0177g00150.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
gtgagatttttctatttattctactagaatttttggcaggattaaggatgagaaattctaggaatatcagttggtaagttacattgtgatagttttagattccgacttaaggatagagcattggcagaatattacatctcttttgggacgactttcctgattaagttctgttctttttttttggtatagGCTGAGGAAGCTACACGCGAGTCAAGGAATACAAAACAAGATTGGTATGCAGAAATGCGGAGGAAGAAGGATGAAGAACGCGAGGCAGAAGAGCTGAAGT
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----------------------------------------------------------------------------agttttcctac-atgatccttg----tgatttttgttcttattcttttccttgttttgaagcttt-----agtaatttgcaactctaagttctgatttgtaatcttga---agGCCGACGAAGCTGCACGTGAGTCAAGGCTAACAAAACAAGACAGATATGCAGAAACGAGGAGGAGGAAGGATGAGGAGCGCGAAGCAAAGGAGCGCCAGC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

catctcttttgggacgactttcctgattaagttctgttctttttttttggtatagGCTGAGGAAGCTACACGCGAGTCAAGGAATACAAAACAAGATTGGTATGCAGAAATGCGGAGGAAGAAGGATGAAGAACGCGAGGCAGAAGAGCTGAAGT
                    tcctgat  putative branch site (score: 3)
                               ttctgttctttttttt  putative PPT
                                       tttttttttggtata  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
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gtgagatttttctatttattctactagaatttttggcaggattaaggatgagaaattctaggaatatcagttggtaagttacattgtgatagttttagattccgacttaaggatagagcattggcagaatattacatctcttttgggacgactttcctgattaagttctgttctttttttttggtatagGCTGAGGAAGCTACACGCGAGTCAAGGAATACAAAACAAGATTGGTATGCAGAAATGCGGAGGAAGAAGGATGAAGAACGCGAGGCAGAAGAGCTGAAGT

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