Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgtactggaatgtataatctttgctaatacgagcattcattgtttttactttgacttgattgatagtgcacttgtgatgcagGCATGTAATGCACATGGCCTTTATTGTGTCCCTTTATACGATACGTTAG

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT4G11030.1
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT4G11030.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA01G43470.4 (Glycine max), 3'ss of exon 4
gtatgtactgga-atgtataatc----tttgctaatacgagcattcattgttt--ttactttgacttgattgat---agtgcacttgtga-----tgcagGCATGTAATGCACATGGCCTTTATTGTGTCCCTTTATACGATACGTTAG
|  ||| | ||| |||  ||  |    |   |||| |  |   ||  |    |   | |||  ||||||| | |   |    | | |  |     ||||||| || ||||| ||||| ||||||||||| |||||||| ||||| || |
ggttgtgccggatatgggtatccctgctcccctaacaataatgttgctgaactaacttcttccacttgatggtttttaacatattggcaaataattgcagGCTTGCAATGCTCATGGACTTTATTGTGTTCCTTTATATGATACCTTGG


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tacgagcattcattgtttttactttgacttgattgatagtgcacttgtgatgcagGCATGTAATGCACATGGCCTTTATTGTGTCCCTTTATACGATACGTTAG
                              gattgat  putative branch site (score: 4)
       attcattgttttta  TA-rich tract