Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gttggtgactttacatgataaaataattttctggagactcaaatagcttttaaattcatgattttggtttttgacctctatcctacatttgtagTTCGTCGGAGACAAGGTTGCCTATGCACTTGCTCAAGGTTTGAAAGTGATTGCTTGTGTTGGTGAGACTCTTGAGGAGCGGGAAGCTGGATCGACCATGG

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT3G55440.1
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT3G55440.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 4
lower sequence: Vv13s0019g01090.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 4
-------------------------------------gttggtgactttacatgataaaataa--ttttctggagactcaaatagcttt----taaattcatgattt--tggtttttgacctctatcctacatttgt------agTTCGTCGGAGACAAGGTTGCCTATGCACTTGCTCAAGGTTTGAAAGTGATTGCTTGTGTTGGTGAGACTCTTGAGGAGCGGGAAGCTGGATCGACCATGG
                                     | || || |  |  ||     | ||   |||||   |    |  ||   |||    | ||||    || |  ||  | || || |   | ||   |  ||      |||| || ||||| || ||||||||||||||| || ||||  | || ||||| ||||||||||| |||||||||||| |||| ||| ||||||| || ||||
gtaaccactgttacatggacataactgacttatttttggtgatggcaattgatttcccactagctttttccataagtgcttatcattttctcatcaatttggtatctgttgtatattaacattgtttctctgtacgtttcatcagTTTGTGGGAGAGAAAGTTGCCTATGCACTTTCTAAAGGCCTTAAGGTGATAGCTTGTGTTGGAGAGACTCTTGAGCAGCGAGAATCTGGATCAACTATGG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|125013361|gb|EL085630.1|EL085630
EST:     TCACTCTGAAAGGAGGGCAATCCTTAATGAATCAAGCGAG                         TTCGTCGGAGACAAGGTTGCCTATGCACTTGCTCAAGGTTTGAAAGTGATT
genomic: TCACTCTGAAAGGAGGGCAATCCTTAATGAATCAAGCGAGgttggtgact ... acatttgtagTTCGTCGGAGACAAGGTTGCCTATGCACTTGCTCAAGGTTTGAAAGTGATT
EST: gi|116434595|gb|EG477187.1|EG477187
EST:     TTATCCTTGGTCACTCTGAAAGGAGGGCAATCCTTAATGAATCAAGCGAG                         TTCGTCGGAGACAAGGTTGCCTATGCACTTGCTCAAGGTTTGAAAGTGATT
genomic: TTATCCTTGGTCACTCTGAAAGGAGGGCAATCCTTAATGAATCAAGCGAGgttggtgact ... acatttgtagTTCGTCGGAGACAAGGTTGCCTATGCACTTGCTCAAGGTTTGAAAGTGATT
EST: gi|116434695|gb|EG477287.1|EG477287
EST:     TTATCCTTGGTCACTCTGAAAGGAGGGCAATCCTTAATGAATCAAGCGAG                         TTCGTCGGAGACAAGGTTGCCTATGCACTTGCTCAAGGTTTGAAAGTGATT
genomic: TTATCCTTGGTCACTCTGAAAGGAGGGCAATCCTTAATGAATCAAGCGAGgttggtgact ... acatttgtagTTCGTCGGAGACAAGGTTGCCTATGCACTTGCTCAAGGTTTGAAAGTGATT
EST: gi|125049905|gb|EL122174.1|EL122174
EST:     TTATCCTTGGTCACTCTGAAAGGAGGGCAATCCTTAATGAATCAAGCGAG                         TTCGTCGGAGACAAGGTTGCCTATGCACTTGCTCAAGGTT
genomic: TTATCCTTGGTCACTCTGAAAGGAGGGCAATCCTTAATGAATCAAGCGAGgttggtgact ... acatttgtagTTCGTCGGAGACAAGGTTGCCTATGCACTTGCTCAAGGTT
EST: gi|116434684|gb|EG477276.1|EG477276
EST:     TTATCCTTGGTCACTCTGAAAGGAGGGCAATCCTTAATGAATCAAGCGAG                         TTCGTCGGAGACAAGGTTGCCTATGCACTTGCTCAAGGTTTGAAAGTGATT
genomic: TTATCCTTGGTCACTCTGAAAGGAGGGCAATCCTTAATGAATCAAGCGAGgttggtgact ... acatttgtagTTCGTCGGAGACAAGGTTGCCTATGCACTTGCTCAAGGTTTGAAAGTGATT
EST: gi|124908457|gb|EH982537.1|EH982537
EST:     TTATCCTTGGTCACTCTGAAAGGAGGGCAATCCTTAATGAATCAAGCGAG                         TTCGTCGGAGACAAGGTTGCCTATGCACTTGCTCAAGGT
genomic: TTATCCTTGGTCACTCTGAAAGGAGGGCAATCCTTAATGAATCAAGCGAGgttggtgact ... acatttgtagTTCGTCGGAGACAAGGTTGCCTATGCACTTGCTCAAGGT
EST: gi|163984535|gb|ES092496.1|ES092496
EST:     TTATCCTTGGTCACTCTGAAAGGAGGGCAATCCTTAATGAATCAAGCGAG                         TTCGTCGGAGACAAGGTTGCCTATGCACTTGCTCAAGGTTTG
genomic: TTATCCTTGGTCACTCTGAAAGGAGGGCAATCCTTAATGAATCAAGCGAGgttggtgact ... acatttgtagTTCGTCGGAGACAAGGTTGCCTATGCACTTGCTCAAGGTTTG
EST: gi|125246089|gb|EL260174.1|EL260174
EST:     TATCCTTGGTCACTACTGAAAGGAGGGCAATCCTTAATGAATCAAGCGAG                         TTCGTCGGAGACAAGGTTG
genomic: TATCCTTGGTCACT-CTGAAAGGAGGGCAATCCTTAATGAATCAAGCGAGgttggtgact ... acatttgtagTTCGTCGGAGACAAGGTTG
EST: gi|125027665|gb|EL099934.1|EL099934
EST:     CCTTAATGAATCAAGCGAG                         TTCGTCGGAGACAAGGTTGCCTATGCACTTGCTCAAGGTTTGAAAGTGATT
genomic: CCTTAATGAATCAAGCGAGgttggtgact ... acatttgtagTTCGTCGGAGACAAGGTTGCCTATGCACTTGCTCAAGGTTTGAAAGTGATT
EST: gi|164226226|gb|ES006496.1|ES006496
EST:     CCTTGGTCACTCTGAAAGGAGGGCAATCCTTAATGAATCAAGCGAG                         TTCGTCGGAGACAAGGTTGCCTATGCACTTGCTCAAGGTTTGAAAGTGATT
genomic: CCTTGGTCACTCTGAAAGGAGGGCAATCCTTAATGAATCAAGCGAGgttggtgact ... acatttgtagTTCGTCGGAGACAAGGTTGCCTATGCACTTGCTCAAGGTTTGAAAGTGATT
EST: gi|164119445|gb|ES089309.1|ES089309
EST:     GGGCAATCCTTAATGAATCAAGCGAG                         TTCGTCGGAGACAAGGTTGCCTATGCACTTGCTCAAGGTTTGAAAGTGATT
genomic: GGGCAATCCTTAATGAATCAAGCGAGgttggtgact ... acatttgtagTTCGTCGGAGACAAGGTTGCCTATGCACTTGCTCAAGGTTTGAAAGTGATT
EST: gi|86078618|gb|DR374375.1|DR374375
EST:     CTTAATGAATCAAGCGAG                         TTCGTCGGAGACAAGGTTGCCTATGCACTTGCTCAAGGTTTGAAAGTGATT
genomic: CTTAATGAATCAAGCGAGgttggtgact ... acatttgtagTTCGTCGGAGACAAGGTTGCCTATGCACTTGCTCAAGGTTTGAAAGTGATT
EST: gi|125239879|gb|EL253964.1|EL253964
EST:     AATGAATCAAGCGAG                         TTCGTCGGAGACAAGGTTGCCTATGCACTTGCTCAAGGTTTGAAAGTGATT
genomic: AATGAATCAAGCGAGgttggtgact ... acatttgtagTTCGTCGGAGACAAGGTTGCCTATGCACTTGCTCAAGGTTTGAAAGTGATT
EST: gi|125213571|gb|EL228392.1|EL228392
EST:     TTATCCTTGGTCACTCTGAAAGGAGGGCAACCCTTAATGAATCAAGCGAG                         TTCGTCGGAGACAAGGTTGCCTATG
genomic: TTATCCTTGGTCACTCTGAAAGGAGGGCAATCCTTAATGAATCAAGCGAGgttggtgact ... acatttgtagTTCGTCGGAGACAAGGTTGCCTATG
EST: gi|116434506|gb|EG477098.1|EG477098
EST:     TTATCCTTGGTCACTCTGAAAGGAGGGCAATCCTTAATGAATCAAGCGAG                         TTCGTCGGAGACAAGGTTGCCTATGCACTTGCTCAAGGTTTGAAAGTGATT
genomic: TTATCCTTGGTCACTCTGAAAGGAGGGCAATCCTTAATGAATCAAGCGAGgttggtgact ... acatttgtagTTCGTCGGAGACAAGGTTGCCTATGCACTTGCTCAAGGTTTGAAAGTGATT
EST: gi|116434673|gb|EG477265.1|EG477265
EST:     TTATCCTTGGTCACTCTGAAAGGAGGGCAATCCTTAATGAATCAAGCGAG                         TTCGTCGGAGACAAGGTTGCCTATGCACTTGCTCAAGGTTTGAAAGTGACT
genomic: TTATCCTTGGTCACTCTGAAAGGAGGGCAATCCTTAATGAATCAAGCGAGgttggtgact ... acatttgtagTTCGTCGGAGACAAGGTTGCCTATGCACTTGCTCAAGGTTTGAAAGTGATT
EST: gi|125299070|gb|EL313155.1|EL313155
EST:     TCTGAAAGGAGGGCAATCCTTAATGAATCAAGCGAG                         TTCGTCGGAGACAAGGTTGCCTATGCACTTGCTCAAGGTTTGAAAGTGATT
genomic: TCTGAAAGGAGGGCAATCCTTAATGAATCAAGCGAGgttggtgact ... acatttgtagTTCGTCGGAGACAAGGTTGCCTATGCACTTGCTCAAGGTTTGAAAGTGATT
EST: gi|125014139|gb|EL086408.1|EL086408
EST:     AATCAAGCGAG                         TTCGTCGGAGACAAGGTTGCCTATGCACTTGCTCAAGGTTTGAAAGTGATT
genomic: AATCAAGCGAGgttggtgact ... acatttgtagTTCGTCGGAGACAAGGTTGCCTATGCACTTGCTCAAGGTTTGAAAGTGATT
EST: gi|124714533|gb|EH805935.1|EH805935
EST:     TTATCCTTGGTCACTCTGAAAGGAGGGCAATCCTTAATGAATCAAGCGAG                         TTCGTCGGAGATAAGGT
genomic: TTATCCTTGGTCACTCTGAAAGGAGGGCAATCCTTAATGAATCAAGCGAGgttggtgact ... acatttgtagTTCGTCGGAGACAAGGT
EST: gi|116434661|gb|EG477253.1|EG477253
EST:     TTATCCTTGGTCACTCTGAAAGGAGGGCAATCCTTAATGAATCAAGCGAG                         TTCGTCGGAGACAAGGTTGCCTATGCACTTGCTCAAGGTTTGAAAGTGACT
genomic: TTATCCTTGGTCACTCTGAAAGGAGGGCAATCCTTAATGAATCAAGCGAGgttggtgact ... acatttgtagTTCGTCGGAGACAAGGTTGCCTATGCACTTGCTCAAGGTTTGAAAGTGATT
EST: gi|125291480|gb|EL305565.1|EL305565
EST:     CAATCCTTAATGAATCAAGCGAG                         TTCGTCGGAGACAAGGTTGCCTATGCACTTGCTCAAGGTTTGAAAGTGATT
genomic: CAATCCTTAATGAATCAAGCGAGgttggtgact ... acatttgtagTTCGTCGGAGACAAGGTTGCCTATGCACTTGCTCAAGGTTTGAAAGTGATT
EST: gi|116434628|gb|EG477220.1|EG477220
EST:     TTATCCTTGGTCACTCTGAAAGGAGGGCAATCCTTAATGAATCAAGCGAG                         TTCGTCGGAGACAAGGTTGCCTATGCACTTGTTCAAGGTTTGAAAGTGATT
genomic: TTATCCTTGGTCACTCTGAAAGGAGGGCAATCCTTAATGAATCAAGCGAGgttggtgact ... acatttgtagTTCGTCGGAGACAAGGTTGCCTATGCACTTGCTCAAGGTTTGAAAGTGATT
EST: gi|116443947|gb|EG486539.1|EG486539
EST:     TTATCCTTGGTCACTCTGAAAGGAGGGCAATCCTTAATGAATCAAGCGAG                         TTCGTCGGAGACAAGGTTGCCTATGCACTTGCTCAAGGTTTGAAAGTGATT
genomic: TTATCCTTGGTCACTCTGAAAGGAGGGCAATCCTTAATGAATCAAGCGAGgttggtgact ... acatttgtagTTCGTCGGAGACAAGGTTGCCTATGCACTTGCTCAAGGTTTGAAAGTGATT
EST: gi|116443934|gb|EG486526.1|EG486526
EST:     TTATCCTTGGTCACTCTGAAAGGAGGGCAATCCTTAATGAATCAAGCGAG                         TTCGTCGGAGACAAGGTTGCCTATGCACTTGCTCAAGGTTTGAAAGTGATT
genomic: TTATCCTTGGTCACTCTGAAAGGAGGGCAATCCTTAATGAATCAAGCGAGgttggtgact ... acatttgtagTTCGTCGGAGACAAGGTTGCCTATGCACTTGCTCAAGGTTTGAAAGTGATT
EST: gi|125289092|gb|EL303177.1|EL303177
EST:     TTATCCTTGGTCACTCTGAAAGGAGGGCAATCCTTAATGAATCAAGCGAG                         TTCGTCGGAGACAAGGTTGCCTATGCACTTGCTCAAGG
genomic: TTATCCTTGGTCACTCTGAAAGGAGGGCAATCCTTAATGAATCAAGCGAGgttggtgact ... acatttgtagTTCGTCGGAGACAAGGTTGCCTATGCACTTGCTCAAGG
EST: gi|124721505|gb|EH812907.1|EH812907
EST:     AATGAATCAAGCGAG                         TTCGTCGGAGACAAGGTTGCCTATGCACTTGCTCAAGGTTTGAAAGTGATT
genomic: AATGAATCAAGCGAGgttggtgact ... acatttgtagTTCGTCGGAGACAAGGTTGCCTATGCACTTGCTCAAGGTTTGAAAGTGATT
EST: gi|116434739|gb|EG477331.1|EG477331
EST:     TTATCCTTGGTCACTCTGAAAGGAGGGCAATCCTTAATGAATCAAGCGAG                         TTCGTCGGAGACAAGGTTGCCTATGCACTTGCTCAAGGTTTGAAAGTGATT
genomic: TTATCCTTGGTCACTCTGAAAGGAGGGCAATCCTTAATGAATCAAGCGAGgttggtgact ... acatttgtagTTCGTCGGAGACAAGGTTGCCTATGCACTTGCTCAAGGTTTGAAAGTGATT
EST: gi|116434539|gb|EG477131.1|EG477131
EST:     TTATCCTTGGTCACTCTGAAAGGAGGGCAATCCTTAATGAATCAAGCGAG                         TTCGTCGGAGACAAGGTTGCCTATGCACTTGCTCAAGGTTTGAAAGTGATT
genomic: TTATCCTTGGTCACTCTGAAAGGAGGGCAATCCTTAATGAATCAAGCGAGgttggtgact ... acatttgtagTTCGTCGGAGACAAGGTTGCCTATGCACTTGCTCAAGGTTTGAAAGTGATT
EST: gi|125132923|gb|EL174691.1|EL174691
EST:     TTAATGAATCAAGCGAG                         TTCGTCGGAGACAAGGTTGCCTATGCACTTGCTCAAGGTTTGAAAGTGATT
genomic: TTAATGAATCAAGCGAGgttggtgact ... acatttgtagTTCGTCGGAGACAAGGTTGCCTATGCACTTGCTCAAGGTTTGAAAGTGATT
EST: gi|124948439|gb|EL024186.1|EL024186
EST:     CAATCCTTAATGAATCAAGCGAG                         TTCGTCGGAGACAAGGTTGCCTATGCACTTGCTCAAGGTTTGAAAGTGATT
genomic: CAATCCTTAATGAATCAAGCGAGgttggtgact ... acatttgtagTTCGTCGGAGACAAGGTTGCCTATGCACTTGCTCAAGGTTTGAAAGTGATT
EST: gi|124796816|gb|EH886495.1|EH886495
EST:     TTATCCTTGGTCACTCTGAAAGGAGGGCAATCCTTAATGAATCAAGCGAG                         TTCGTCGGAGACAAGGTTGCCTATGCACTTGCTCAAGGTTTGAAAGTGATT
genomic: TTATCCTTGGTCACTCTGAAAGGAGGGCAATCCTTAATGAATCAAGCGAGgttggtgact ... acatttgtagTTCGTCGGAGACAAGGTTGCCTATGCACTTGCTCAAGGTTTGAAAGTGATT
EST: gi|125082935|gb|EL143676.1|EL143676
EST:     TCCTTAATGAATCAAGCGAG                         TTCGTCGGAGACAAGGTTGCCTATGCACTTACTCAAGGTTTGAAAGTGATT
genomic: TCCTTAATGAATCAAGCGAGgttggtgact ... acatttgtagTTCGTCGGAGACAAGGTTGCCTATGCACTTGCTCAAGGTTTGAAAGTGATT
EST: gi|124799655|gb|EH889334.1|EH889334
EST:     TTATCCTTGGTCACTCTGAAAGGAGGGCAATCCTTAATGAATCAAGCGAG                         TTCGTCGGAGACAAGGTTGCCTAT
genomic: TTATCCTTGGTCACTCTGAAAGGAGGGCAATCCTTAATGAATCAAGCGAGgttggtgact ... acatttgtagTTCGTCGGAGACAAGGTTGCCTAT
EST: gi|116434639|gb|EG477231.1|EG477231
EST:     TTATCCTTGGTCACTCTGAAAGGAGGGCAATCCTTAATGAATCAAGCGAG                         TTCGTCGGAGACAAGGTTGCCTATGCACTTGCTCAAGGTTTGAAAGTGATT
genomic: TTATCCTTGGTCACTCTGAAAGGAGGGCAATCCTTAATGAATCAAGCGAGgttggtgact ... acatttgtagTTCGTCGGAGACAAGGTTGCCTATGCACTTGCTCAAGGTTTGAAAGTGATT
EST: gi|116434584|gb|EG477176.1|EG477176
EST:     TTATCCTTGGTCACTCTGAAAGGAGGGCAATCCTTAATGAATCAAGCGAG                         TTCGTCGGAGACAAGGTTGCCTATGCACTTGCTCAAGGTTTGAAAGTGATT
genomic: TTATCCTTGGTCACTCTGAAAGGAGGGCAATCCTTAATGAATCAAGCGAGgttggtgact ... acatttgtagTTCGTCGGAGACAAGGTTGCCTATGCACTTGCTCAAGGTTTGAAAGTGATT
EST: gi|116434617|gb|EG477209.1|EG477209
EST:     TTATCCTTGGTCACTCTGAAAGGAGGGCAATCCTTAATGAATCAAGCGAG                         TTCGTCGGAGACAAGGTTGCCTATGCACTTGTTCAAGGTTTGAAAGTGATT
genomic: TTATCCTTGGTCACTCTGAAAGGAGGGCAATCCTTAATGAATCAAGCGAGgttggtgact ... acatttgtagTTCGTCGGAGACAAGGTTGCCTATGCACTTGCTCAAGGTTTGAAAGTGATT
EST: gi|125217303|gb|EL231386.1|EL231386
EST:     CCTTGGTCACTCTGAAAGGAGGGCAATCCTTAATGAATCAAGCGAG                         TTCGTCGGAGACAAGGTTGCCTATGCACTTGCTCAAGGTTTGAAAGTGATT
genomic: CCTTGGTCACTCTGAAAGGAGGGCAATCCTTAATGAATCAAGCGAGgttggtgact ... acatttgtagTTCGTCGGAGACAAGGTTGCCTATGCACTTGCTCAAGGTTTGAAAGTGATT
EST: gi|164183470|gb|ES047458.1|ES047458
EST:     TTATCCTTGGTCACTCTGAAAGGAGGGCAATCCTTAATGAATCAAGCGAG                         TTCGTCGGAGACAAGGTTGCCTATGCACTTGCTCAAGGTTTAAAAGTGATT
genomic: TTATCCTTGGTCACTCTGAAAGGAGGGCAATCCTTAATGAATCAAGCGAGgttggtgact ... acatttgtagTTCGTCGGAGACAAGGTTGCCTATGCACTTGCTCAAGGTTTGAAAGTGATT
EST: gi|125089231|gb|EL147677.1|EL147677
EST:     TTATCCTTGGTCACTCTGAAAGGAGGGCAATCCTTAATGAATCAAGCGAG                         TTCGTCGGAGACAAGGTT
genomic: TTATCCTTGGTCACTCTGAAAGGAGGGCAATCCTTAATGAATCAAGCGAGgttggtgact ... acatttgtagTTCGTCGGAGACAAGGTT
EST: gi|116434495|gb|EG477087.1|EG477087
EST:     TTATCCTTGGTCACTCTGAAAGGAGGGCAATCCTTAATGAATCAAGCGAG                         TTCGTCGGAGACAAGGTTGCCTATGCACTTGCTCAAGGTTTGAAAGTGATT
genomic: TTATCCTTGGTCACTCTGAAAGGAGGGCAATCCTTAATGAATCAAGCGAGgttggtgact ... acatttgtagTTCGTCGGAGACAAGGTTGCCTATGCACTTGCTCAAGGTTTGAAAGTGATT
EST: gi|125020480|gb|EL092749.1|EL092749
EST:     CCTTAATGAATCAAGCGAG                         TTCGTCGGAGACAAGGTTGCCTATGCACTTGCTCAAGGTTTGAAAGTGATT
genomic: CCTTAATGAATCAAGCGAGgttggtgact ... acatttgtagTTCGTCGGAGACAAGGTTGCCTATGCACTTGCTCAAGGTTTGAAAGTGATT
EST: gi|116434717|gb|EG477309.1|EG477309
EST:     TTATCCTTGGTCACTCTGAAAGGAGGGCAATCCTTAATGAATCAAGCGAG                         TTCGTCGGAGACAAGGTTGCCTATGCACTTGCTCAAGGTTTGAAAGTGATT
genomic: TTATCCTTGGTCACTCTGAAAGGAGGGCAATCCTTAATGAATCAAGCGAGgttggtgact ... acatttgtagTTCGTCGGAGACAAGGTTGCCTATGCACTTGCTCAAGGTTTGAAAGTGATT
EST: gi|124867225|gb|EH951662.1|EH951662
EST:     TTATCCTTGGTCACTCTGAAAGGAGGGCAATCCTTAATGAATCAAGCGAG                         TTCGTCGGAGACAAGGTTGCCTATGCACTTGCTCAAGGTTTGAAAGTG
genomic: TTATCCTTGGTCACTCTGAAAGGAGGGCAATCCTTAATGAATCAAGCGAGgttggtgact ... acatttgtagTTCGTCGGAGACAAGGTTGCCTATGCACTTGCTCAAGGTTTGAAAGTG
EST: gi|125013662|gb|EL085931.1|EL085931
EST:     TTATCCTTGGTCACTCTGAAAGGAGGGCAATCCTTAATGAATCAAGCGAG                         TTCGTCGGAGACAAGGTTGCCTATGCACTTGCTCAAGGTTTGAAAGT
genomic: TTATCCTTGGTCACTCTGAAAGGAGGGCAATCCTTAATGAATCAAGCGAGgttggtgact ... acatttgtagTTCGTCGGAGACAAGGTTGCCTATGCACTTGCTCAAGGTTTGAAAGT
EST: gi|116473395|gb|EG515987.1|EG515987
EST:     TTATCCTTGGTCACTCTGAAAGGAGGGCAATCCTTAATGAATCAAGCGAG                         TTCGTCGGAGACAAGGTTGCCTATGCACTTGCTCAAGGTTTGAAAGTGATT
genomic: TTATCCTTGGTCACTCTGAAAGGAGGGCAATCCTTAATGAATCAAGCGAGgttggtgact ... acatttgtagTTCGTCGGAGACAAGGTTGCCTATGCACTTGCTCAAGGTTTGAAAGTGATT
EST: gi|116430495|gb|EG473087.1|EG473087
EST:     TTATCCTTGGTCACTCTGAAAGGAGGGCAATCCTTAATGAATCAAGCGAG                         TTCGTCGGAGACAAGGTTGCCTATGCACTTGCTCAAGGTTTGAAAGTGATT
genomic: TTATCCTTGGTCACTCTGAAAGGAGGGCAATCCTTAATGAATCAAGCGAGgttggtgact ... acatttgtagTTCGTCGGAGACAAGGTTGCCTATGCACTTGCTCAAGGTTTGAAAGTGATT
EST: gi|124742530|gb|EH833692.1|EH833692
EST:     TTAATGAATCAAGCGAG                         TTCGTCGGAGACAAGGTTGCCTATGCACTTGCTCAAGGTTTGAAAGTGATT
genomic: TTAATGAATCAAGCGAGgttggtgact ... acatttgtagTTCGTCGGAGACAAGGTTGCCTATGCACTTGCTCAAGGTTTGAAAGTGATT
EST: gi|116434650|gb|EG477242.1|EG477242
EST:     TTATCCTTGGTCACTCTGAAAGGAGGGCAATCCTTAATGAATCAAGCGAG                         TTCGTCGGAGACAAGGTTGCCTATGCACTTGCTCAAGGTTTGAAAGTGATT
genomic: TTATCCTTGGTCACTCTGAAAGGAGGGCAATCCTTAATGAATCAAGCGAGgttggtgact ... acatttgtagTTCGTCGGAGACAAGGTTGCCTATGCACTTGCTCAAGGTTTGAAAGTGATT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

caaatagcttttaaattcatgattttggtttttgacctctatcctacatttgtagTTCGTCGGAGACAAGGTTGCCTATGCACTTGCTCAAGGTTTGAAAGTGATTGCTTGTGTTGGTGAGACTCTTGAGGAGCGGGAAGCTGGATCGACCATGG
                             ttttgac  putative branch site (score: 3)
        ttttaaattcatgatt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gttggtgactttacatgataaaataattttctggagactcaaatagcttttaaattcatgattttggtttttgacctctatcctacatttgtagTTCGTCGGAGACAAGGTTGCCTATGCACTTGCTCAAGGTTTGAAAGTGATTGCTTGTGTTGGTGAGACTCTTGAGGAGCGGGAAGCTGGATCGACCATGG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGGA