Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgagtttcgtctgagttgttcttattagagttaagtaaaaaatcaacaacgtctaattaaagtgttgttaaaccgaatatgtagGGTGTGTTGGGAATCAAGGTGAAGGTTATGCTTGATTGGGACCCTAAGGGCATATCAGGACCAAAGACACCATTGCCTGATGTTGTGATCATTCATTCTC

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT3G53870.1
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT3G53870.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os07g41750.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 5
--------gtgagtttcgtctgagttgttct--tattagagt-taagtaaaaaatcaacaacgtctaattaaagtgttgttaaaccgaatatgtagGGTGTGTTGGGAATCAAGGTGAAGGTTATGCTTGATTGGGACCCTAAGGGCATATCAGGACCAAAGACACCATTGCCTGATGTTGTGATCATTCATTCTC
         | |  | | || |  |   |    | ||   || |   |   | | |   ||  | |   | |   | || |    |   | |  |||||||| |||| || ||||| ||| |||||||||||||||| || |||||||    |||||||| ||| || || || ||| |||| | ||| ||| | |
gtttgtacataaaatccatccgtttgaataaaatgttgctgtctccttgtgatagcttgaatttttttcttagaagctgct---tcttgttttcagGGTGTGCTGGGTATTAAGGTCAAGATTATGCTTGATTGGGATCCGAAGGGCAAGCAAGGACCAATGACTCCTTTACCGGATCTTGTTACCATCCATGCCC
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|125242596|gb|EL256681.1|EL256681
EST:     TGCAGTGAGACATGTTTTGCTTAGTACAA                         GGTGTGTTGGGAATCAAGGTGAAGGTTATGCTTGATTGGGACCCTAAGGG
genomic: TGCAGTGAGACATGTTTTGCTTAG-ACAAgtgagtttcg ... gaatatgtagGGTGTGTTGGGAATCAAGGTGAAGGTTATGCTTGATTGGGACCCTAAGGG
EST: gi|47831775|gb|CK121459.1|CK121459
EST:     CAACTAAGGAATACATAGACTCTGCAGTGAGACATGTTTTGCTTAGACAA                         GGTGTGTTGGGAATCAAGGTGAAGGTTATGCTTGATTGGGACCCTAAGGGC
genomic: CAACTAAGGAATACATAGACTCTGCAGTGAGACATGTTTTGCTTAGACAAgtgagtttcg ... gaatatgtagGGTGTGTTGGGAATCAAGGTGAAGGTTATGCTTGATTGGGACCCTAAGGGC
EST: gi|116450432|gb|EG493024.1|EG493024
EST:     CAACTAAGGAATACATAGACTCTGCAGTGAGACATGTTTTGCTTAGACAA                         GGTGTGTTGGGAATCAAGGTGAAGGTTATGCTTGATTGGGACCCTAAGGGC
genomic: CAACTAAGGAATACATAGACTCTGCAGTGAGACATGTTTTGCTTAGACAAgtgagtttcg ... gaatatgtagGGTGTGTTGGGAATCAAGGTGAAGGTTATGCTTGATTGGGACCCTAAGGGC
EST: gi|47829794|gb|CK119478.1|CK119478
EST:     CAACTAAGGAATACATAGACTCTGCAGTGAGACATGTTTTGCTTAGACAA                         GGTGTGTTGGGAATCAAGGTGAAGGTTATGCTTGATTGGGACCCTAAGGGC
genomic: CAACTAAGGAATACATAGACTCTGCAGTGAGACATGTTTTGCTTAGACAAgtgagtttcg ... gaatatgtagGGTGTGTTGGGAATCAAGGTGAAGGTTATGCTTGATTGGGACCCTAAGGGC
EST: gi|86081822|gb|DR377581.1|DR377581
EST:     CAACTAAGGAATACATAGACTCTGCAGTGAGACATGTTTTGCTTAGACAA                         GGTGTGTTGGGAATCAAGGTGAAGGTTATGCTTGATTGGGACCCTAAGGGC
genomic: CAACTAAGGAATACATAGACTCTGCAGTGAGACATGTTTTGCTTAGACAAgtgagtttcg ... gaatatgtagGGTGTGTTGGGAATCAAGGTGAAGGTTATGCTTGATTGGGACCCTAAGGGC
EST: gi|125134752|gb|EL175456.1|EL175456
EST:     CAACTAAGGAATACATAGACTCTGCAGTGAGACATGTTTTGCTTAGACAA                         GGTGTGTTGGGAATCAAGGTGAAGGTTA
genomic: CAACTAAGGAATACATAGACTCTGCAGTGAGACATGTTTTGCTTAGACAAgtgagtttcg ... gaatatgtagGGTGTGTTGGGAATCAAGGTGAAGGTTA
EST: gi|124816392|gb|EH901258.1|EH901258
EST:     GACTCTGCAGTGAGACATGTTTTGCTTAGACAA                         GGTGTGTTGGGAATCAAGGTGAAGGT
genomic: GACTCTGCAGTGAGACATGTTTTGCTTAGACAAgtgagtttcg ... gaatatgtagGGTGTGTTGGGAATCAAGGTGAAGGT
EST: gi|164184025|gb|ES086726.1|ES086726
EST:     CAACTAAGGAATACATAGACTCTGCAGTGAGACATGTTTTGCTTAGACAA                         GGTGTGTTGGGAATCAAGGTGAAGGTTATGCTTGATTGGGAC
genomic: CAACTAAGGAATACATAGACTCTGCAGTGAGACATGTTTTGCTTAGACAAgtgagtttcg ... gaatatgtagGGTGTGTTGGGAATCAAGGTGAAGGTTATGCTTGATTGGGAC
EST: gi|124790313|gb|EH879992.1|EH879992
EST:     CAACTAAGGAATACATAGACTCTGCAGTGAGACATGTTTTGCTTAGACAA                         GGTGTGTTGGGAATCAAGGTGAAAGGTTA
genomic: CAACTAAGGAATACATAGACTCTGCAGTGAGACATGTTTTGCTTAGACAAgtgagtttcg ... gaatatgtagGGTGTGTTGGGAATCAAGGTGAA-GGTTA
EST: gi|124947126|gb|EL022989.1|EL022989
EST:     CAACTAAGGAATACATAGACTCTGCAGTGAGACATGTTTTGCTTAGACAA                         GGTGTGTTGGGAATCAAGGTGAAGGTTATGCTTG
genomic: CAACTAAGGAATACATAGACTCTGCAGTGAGACATGTTTTGCTTAGACAAgtgagtttcg ... gaatatgtagGGTGTGTTGGGAATCAAGGTGAAGGTTATGCTTG
EST: gi|163969039|gb|ES011015.1|ES011015
EST:     CAACTAAGGAATACATAGACTCTGCAGTGAGACATGTTTTGCTTAGACAG                         GGTGTGTTGGGAATCAAG
genomic: CAACTAAGGAATACATAGACTCTGCAGTGAGACATGTTTTGCTTAGACAAgtgagtttcg ... gaatatgtagGGTGTGTTGGGAATCAAG
EST: gi|164205787|gb|ES050504.1|ES050504
EST:     AACTAAGGAATACATAGACTCTGTCAGTGAGACATGTTTTGCTTAGACAA                         GGTGTGTTGGGAATCAAGGTGAAGGTTATGCTTGATTGGGACCCTAAGGGC
genomic: AACTAAGGAATACATAGACTCTG-CAGTGAGACATGTTTTGCTTAGACAAgtgagtttcg ... gaatatgtagGGTGTGTTGGGAATCAAGGTGAAGGTTATGCTTGATTGGGACCCTAAGGGC
EST: gi|125325783|gb|EL339863.1|EL339863
EST:     TGAGACATGTTTTGCTTAGACAA                         GGTGTGTTGGGAATCAAGGTGAAGGTTATGCTTGATTGGGACCCTAAGGGC
genomic: TGAGACATGTTTTGCTTAGACAAgtgagtttcg ... gaatatgtagGGTGTGTTGGGAATCAAGGTGAAGGTTATGCTTGATTGGGACCCTAAGGGC
EST: gi|125224387|gb|EL238472.1|EL238472
EST:     TGCAGTGAGACATGTTTTGCTTAGACAA                         GGTGTGTTGGGAATCAAGGTGAAGGTTATGCTTGATTGGGACCCTAAGGGC
genomic: TGCAGTGAGACATGTTTTGCTTAGACAAgtgagtttcg ... gaatatgtagGGTGTGTTGGGAATCAAGGTGAAGGTTATGCTTGATTGGGACCCTAAGGGC
EST: gi|125028405|gb|EL100674.1|EL100674
EST:     CAACTAAGGAATACATAGACTCTGCAGTGAGACATGTTTTGCTTAGACAA                         GGTGTGTTGGGAATCAAGGTGAAGGTTATG
genomic: CAACTAAGGAATACATAGACTCTGCAGTGAGACATGTTTTGCTTAGACAAgtgagtttcg ... gaatatgtagGGTGTGTTGGGAATCAAGGTGAAGGTTATG
EST: gi|125276494|gb|EL290579.1|EL290579
EST:     CAACTAAGGAATACATAGACTCTGCAGTGAGACATGTTTTGCTTAGACAA                         GGTGTGTTGGGAATCAAGGTGAAGGTTATGCTTGATTGGGACCCTAAGGGC
genomic: CAACTAAGGAATACATAGACTCTGCAGTGAGACATGTTTTGCTTAGACAAgtgagtttcg ... gaatatgtagGGTGTGTTGGGAATCAAGGTGAAGGTTATGCTTGATTGGGACCCTAAGGGC
EST: gi|86087971|gb|DR383730.1|DR383730
EST:     CAACTAAGGAATACATAGACTCTGCAGTGAGACATGTTTTGCTTAGACAA                         GGTGTGTTGGGAATCAAGGTGAAGGTTATGCTTGATTGGGACCCTAAGGGC
genomic: CAACTAAGGAATACATAGACTCTGCAGTGAGACATGTTTTGCTTAGACAAgtgagtttcg ... gaatatgtagGGTGTGTTGGGAATCAAGGTGAAGGTTATGCTTGATTGGGACCCTAAGGGC
EST: gi|125233093|gb|EL247178.1|EL247178
EST:     CAACTAAGGAATACATAGACTCTGCAGTGAGACATGTTTTGCTTAGACAA                         GGTGTGTTGGGAATCAAGGTGAAGGT
genomic: CAACTAAGGAATACATAGACTCTGCAGTGAGACATGTTTTGCTTAGACAAgtgagtttcg ... gaatatgtagGGTGTGTTGGGAATCAAGGTGAAGGT
EST: gi|125005943|gb|EL078212.1|EL078212
EST:     CAACTAAGGAATACATAGACTCTGCAGTGAGACATGTTTTGCTTAGACAA                         GGGGTGTTGGGAATCAAGGTGAAGGTTA
genomic: CAACTAAGGAATACATAGACTCTGCAGTGAGACATGTTTTGCTTAGACAAgtgagtttcg ... gaatatgtagGGTGTGTTGGGAATCAAGGTGAAGGTTA
EST: gi|125157752|gb|EL186676.1|EL186676
EST:     ATAGACTCTGCAGTGAGACATGTTTTGTCTTAGACAA                         GGTGTGTTGGGAATCAAGGTGAAGGTTATGCTTGATTGGGACCCTAAGGG
genomic: ATAGACTCTGCAGTGAGACATGTTTTG-CTTAGACAAgtgagtttcg ... gaatatgtagGGTGTGTTGGGAATCAAGGTGAAGGTTATGCTTGATTGGGACCCTAAGGG
EST: gi|124886917|gb|EH965819.1|EH965819
EST:     CAACTAAGGAATACATAGACTCTGCAGTGAGACATGTTTTGCTTAGACAA                         GGTGTGTTGGGAATCAAGGTGAAGGTTA
genomic: CAACTAAGGAATACATAGACTCTGCAGTGAGACATGTTTTGCTTAGACAAgtgagtttcg ... gaatatgtagGGTGTGTTGGGAATCAAGGTGAAGGTTA
EST: gi|124756950|gb|EH847080.1|EH847080
EST:     CAACTAAGGAATACATAGACTCTGCAGTGAGACATGTTTTGCTTAGACAA                         GGTGTGTTGGGAATCAAG
genomic: CAACTAAGGAATACATAGACTCTGCAGTGAGACATGTTTTGCTTAGACAAgtgagtttcg ... gaatatgtagGGTGTGTTGGGAATCAAG
EST: gi|86075791|gb|DR371548.1|DR371548
EST:     CAACTAAGGAATACATAGACTCTGCAGTGAGACATGTTTTGCTTAGACAA                         GGTGTGTTGGGAATCAAGGTGAAGGTTATGCTTGATTGGGACCCTAAGGGC
genomic: CAACTAAGGAATACATAGACTCTGCAGTGAGACATGTTTTGCTTAGACAAgtgagtttcg ... gaatatgtagGGTGTGTTGGGAATCAAGGTGAAGGTTATGCTTGATTGGGACCCTAAGGGC
EST: gi|116445202|gb|EG487794.1|EG487794
EST:     CAACTAAGGAATACATAGACTCTGCAGTGAGACATGTTTTGCTTAGACAA                         GGTGTGTTGGGAATCAAGGTGAAGGTTATGCTTGATTGGGACCCTAAGGGC
genomic: CAACTAAGGAATACATAGACTCTGCAGTGAGACATGTTTTGCTTAGACAAgtgagtttcg ... gaatatgtagGGTGTGTTGGGAATCAAGGTGAAGGTTATGCTTGATTGGGACCCTAAGGGC
EST: gi|125195931|gb|EL210885.1|EL210885
EST:     TGAGACATGTTTTGCTTAGACAA                         GGTGTGTTGGGAATCAAGGTGAAGGTTATGCTTGATTGGGACCCTAAGGGC
genomic: TGAGACATGTTTTGCTTAGACAAgtgagtttcg ... gaatatgtagGGTGTGTTGGGAATCAAGGTGAAGGTTATGCTTGATTGGGACCCTAAGGGC
EST: gi|124857235|gb|EH941672.1|EH941672
EST:     AACTAAGGAATACATAGACTCTGCAGTGAGACATGTTTTGCTTAGACAA                         GGTGTGTTGGGAATCAAGGTGAAGGTTATGCTTGATTGGGACCCTAAGGGC
genomic: AACTAAGGAATACATAGACTCTGCAGTGAGACATGTTTTGCTTAGACAAgtgagtttcg ... gaatatgtagGGTGTGTTGGGAATCAAGGTGAAGGTTATGCTTGATTGGGACCCTAAGGGC
EST: gi|164043240|gb|ES147178.1|ES147178
EST:     CAACTAAGGAATACATAGACTCTGCAGTGAGACATGTTTTGCTTAGACAA                         GGTGTGTTGGGAATCAAGGTGAAGGTTATGCTTGATT
genomic: CAACTAAGGAATACATAGACTCTGCAGTGAGACATGTTTTGCTTAGACAAgtgagtttcg ... gaatatgtagGGTGTGTTGGGAATCAAGGTGAAGGTTATGCTTGATT
EST: gi|125253767|gb|EL267852.1|EL267852
EST:     AAACTAAGGAATACATAGACTCTGCAGTGAGACATGTTTTGCTTAGACAA                         GGTGTGTTGGGAATCAAGGTGAAGGTTATG
genomic: -AACTAAGGAATACATAGACTCTGCAGTGAGACATGTTTTGCTTAGACAAgtgagtttcg ... gaatatgtagGGTGTGTTGGGAATCAAGGTGAAGGTTATG
EST: gi|124961033|gb|EL035640.1|EL035640
EST:     GTTTTGCTTAGACAA                         GGTGTGTTGGGAATCAAGGTGAAGGTTATGCTTGATTGGGACCCTAAGGGC
genomic: GTTTTGCTTAGACAAgtgagtttcg ... gaatatgtagGGTGTGTTGGGAATCAAGGTGAAGGTTATGCTTGATTGGGACCCTAAGGGC
EST: gi|125256113|gb|EL270198.1|EL270198
EST:     CTAAGGAATACATAGACTCTGCAGTGAGACATGTTTTGCTTAGACAA                         GGTGTGTTGGGAATCAAGGTGAAGGTTATGCTTGATTGGGACCCTAAGGGC
genomic: CTAAGGAATACATAGACTCTGCAGTGAGACATGTTTTGCTTAGACAAgtgagtttcg ... gaatatgtagGGTGTGTTGGGAATCAAGGTGAAGGTTATGCTTGATTGGGACCCTAAGGGC
EST: gi|125246468|gb|EL260553.1|EL260553
EST:     AACTAAAGGAATACATAGACTCTGCAGTGAGACATGTTTTGCTTAGACAA                         GGTGTGTTGGGAATCAAGG
genomic: AACT-AAGGAATACATAGACTCTGCAGTGAGACATGTTTTGCTTAGACAAgtgagtttcg ... gaatatgtagGGTGTGTTGGGAATCAAGG
EST: gi|124778444|gb|EH868387.1|EH868387
EST:     CAACTAAGGAATACATAGACTCTGCAGTGAGACATGTTTTGCTTAGACAA                         GGTGTGTTGGGAATCAAGGTGAAGGTTATG
genomic: CAACTAAGGAATACATAGACTCTGCAGTGAGACATGTTTTGCTTAGACAAgtgagtttcg ... gaatatgtagGGTGTGTTGGGAATCAAGGTGAAGGTTATG
EST: gi|163987972|gb|EL990779.1|EL990779
EST:     CAACTAAGGAATACATAGACTCTGCAGTGAGACATGTTTTGCTTAGACAA                         GGTGTGTTGGGAATCAAGGTNAAGGTTATGCTTGATTGGG
genomic: CAACTAAGGAATACATAGACTCTGCAGTGAGACATGTTTTGCTTAGACAAgtgagtttcg ... gaatatgtagGGTGTGTTGGGAATCAAGGTGAAGGTTATGCTTGATTGGG
EST: gi|164132447|gb|EL986148.1|EL986148
EST:     CAACTAAGGAATACATAGACTCTGCAGTGAGACATGTTTTGCTTAGACAA                         GGTGTGTTGGGAATCAAGGTGAAGGTTATGCTTGATTGGG
genomic: CAACTAAGGAATACATAGACTCTGCAGTGAGACATGTTTTGCTTAGACAAgtgagtttcg ... gaatatgtagGGTGTGTTGGGAATCAAGGTGAAGGTTATGCTTGATTGGG
EST: gi|164085845|gb|ES167295.1|ES167295
EST:     CAACTAAGGAATACATAGACTCTGCAGTGAGACATGTTTTGCTTAGACAA                         GGTGTGTTGGGAA
genomic: CAACTAAGGAATACATAGACTCTGCAGTGAGACATGTTTTGCTTAGACAAgtgagtttcg ... gaatatgtagGGTGTGTTGGGAA
EST: gi|125135095|gb|EL175607.1|EL175607
EST:     GGAATACATAGACTCTGCAGTGAGACATGTTTTGCTTAGACAA                         GGTGTGTTGGGAATCAAGGTGAAGGTTATGCTTGATTGGGACCCTAAGGGC
genomic: GGAATACATAGACTCTGCAGTGAGACATGTTTTGCTTAGACAAgtgagtttcg ... gaatatgtagGGTGTGTTGGGAATCAAGGTGAAGGTTATGCTTGATTGGGACCCTAAGGGC
EST: gi|125190527|gb|EL205481.1|EL205481
EST:     TCTGCAGTGAGACATGTTTTGCTTAGACAA                         GGTGTGTTGGGAATCAAGGTGAAGGTTATGCTTGATTGGGACCCTAAGGGC
genomic: TCTGCAGTGAGACATGTTTTGCTTAGACAAgtgagtttcg ... gaatatgtagGGTGTGTTGGGAATCAAGGTGAAGGTTATGCTTGATTGGGACCCTAAGGGC
EST: gi|125050188|gb|EL122457.1|EL122457
EST:     CAACTAAGGAATACATAGACTCTGCAGTGAGACATGTTTTGCTTAGACAA                         GGTGTGTTGGGAATCAAGGTGAAGGTTAT
genomic: CAACTAAGGAATACATAGACTCTGCAGTGAGACATGTTTTGCTTAGACAAgtgagtttcg ... gaatatgtagGGTGTGTTGGGAATCAAGGTGAAGGTTAT
EST: gi|124890543|gb|EH969445.1|EH969445
EST:     ACATGTTTTGCTTAGACAA                         GGTGTGTTGGGAATCAAGGTGAAGGTTATGCTTGATTGGGACCCTAAGGGC
genomic: ACATGTTTTGCTTAGACAAgtgagtttcg ... gaatatgtagGGTGTGTTGGGAATCAAGGTGAAGGTTATGCTTGATTGGGACCCTAAGGGC
EST: gi|124706986|gb|EH798388.1|EH798388
EST:     TGCTTAGACAA                         GGTGTGTTGGGAATCAAGGTGAAGGTTATGCTTGATTGGGACCCTAAGGGC
genomic: TGCTTAGACAAgtgagtttcg ... gaatatgtagGGTGTGTTGGGAATCAAGGTGAAGGTTATGCTTGATTGGGACCCTAAGGGC
EST: gi|125041381|gb|EL113650.1|EL113650
EST:     ATAGACTCTGCAGTGAGACATGTTTTGCTTAGACAA                         GGTGTGTTGGGAATCAAGGTGAAGGTTATGCTTGATTGGGACCCTAAGGGC
genomic: ATAGACTCTGCAGTGAGACATGTTTTGCTTAGACAAgtgagtttcg ... gaatatgtagGGTGTGTTGGGAATCAAGGTGAAGGTTATGCTTGATTGGGACCCTAAGGGC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gttaagtaaaaaatcaacaacgtctaattaaagtgttgttaaaccgaatatgtagGGTGTGTTGGGAATCAAGGTGAAGGTTATGCTTGATTGGGACCCTAAGGGCATATCAGGACCAAAGACACCATTGCCTGATGTTGTGATCATTCATTCTC
                     gtctaat  putative branch site (score: 3)
      taaaaaatcaacaa  TA-rich tract