1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
gtgatactacttacgctacaaagtcttattcaaatagtctgtcaaacaatgtagattattagttgagacttttataattcttgagaatcaaaagtagctaattatctttgcaattgtgctcacttacagGTGATGTTTTGAAACTCTTACTTGACACAGCTGGGACAACGATTCTAAACAACGATCAAGAAGCTCTTAAGTCATTTACTAAATTGGTGGATCAATTGCC
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT3G43540.2 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GCCAATGGTGGAAGCTTCTCCAGTATATGAAATGGCTCGAAATGCTTCAG GTGATGTTTTGAAAEST: gi|164155900|gb|ES082040.1|ES082040
genomic: GCCAATGGTGGAAGCTTCTCCAGTATATGAAATGGCTCGAAATGCTTCAGgtgatactac ... tcacttacagGTGATGTTTTGAAA
EST: CCAATGGTGGAAGTCTTCTCCAGTATATGAAATGGCTCGAAATGCTTCAG GTGATGTTTTGAAACTCTTACTT
genomic: CCAATGGTGGAAG-CTTCTCCAGTATATGAAATGGCTCGAAATGCTTCAGgtgatactac ... tcacttacagGTGATGTTTTGAAACTCTTACTT
taattcttgagaatcaaaagtagctaattatctttgcaattgtgctcacttacagGTGATGTTTTGAAACTCTTACTTGACACAGCTGGGACAACGATTCTAAACAACGATCAAGAAGCTCTTAAGTCATTTACTAAATTGGTGGATCAATTGCC
tgctcac putative branch site (score: 2)
ctcactt CT-rich tract
taattatcttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtgatactacttacgctacaaagtcttattcaaatagtctgtcaaacaatgtagattattagttgagacttttataattcttgagaatcaaaagtagctaattatctttgcaattgtgctcacttacagGTGATGTTTTGAAACTCTTACTTGACACAGCTGGGACAACGATTCTAAACAACGATCAAGAAGCTCTTAAGTCATTTACTAAATTGGTGGATCAATTGCC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA