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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagcaaagagtcttttacaacttcttcgaccgtgtttttatcggtttgtggatactcatatgttttttttcaactttctgtttgtccaaaagATGTTCCTCTGGGAAGCTTGGCAAGATTTAACTCTCATCATCTTGATCATAGCGGCTGTAACATCATTGGCATTGGGAATAAAGACAGAG

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT3G21180.1
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT3G21180.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 4
lower sequence: Vv09s0018g02130.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 6
------------------------------------gtaagcaaagagtcttttacaacttcttcgaccgtgtttttatcggtttgtggatactcatatgttttttttcaactttctgt-ttgt-ccaaaagATGTTCCTCTGGGAAGCTTGGCAAGATTTAACTCTCATCATCTTGATCATAGCGGCTGTAACATCATTGGCATTGGGAATAAAGACAGAG
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gtatactccttatgttttattttgttgtttatcagtctgtattttaaattagtcatgtggtatccaatactattccattttggcccctgttaatctgtcactgctgttcatttgtatgcattgtgcttgcagATGTTCCTTTGGGAAGCTTGGCAAGATTTAACCCTTATCATCTTGATTGTAGCTGCAGCAGCATCATTGGCTTTAGGAATAAAAACTGAG


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttatcggtttgtggatactcatatgttttttttcaactttctgtttgtccaaaagATGTTCCTCTGGGAAGCTTGGCAAGATTTAACTCTCATCATCTTGATCATAGCGGCTGTAACATCATTGGCATTGGGAATAAAGACAGAG
                         ttttttttcaactttc  CT-rich tract
                    atatgttttttttcaa  TA-rich tract