Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgagtgatgacaatttttctattaccctcttcatttcatccgtcattttttatattacaatattcttgacttcaaaatggtgtttgtataattcagGGATCAAATCTGCACTATGCAACGAAATTTGCATTTCAGCTCTCTAAACA

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT3G06670.2
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|116424226|gb|EG466818.1|EG466818
EST:     ACAGAATTGGCTTTAAGCTTTCAAGAGACTGCAGGGTGCTCTTATGTATG                         GGATCAAATCTGCACTATGCAACGAAATTTGCATTTCAGCTCTCTAAACA
genomic: ACAGAATTGGCTTTAAGCTTTCAAGAGACTGCAGGGTGCTCTTATGTATGgtgagtgatg ... tataattcagGGATCAAATCTGCACTATGCAACGAAATTTGCATTTCAGCTCTCTAAACA
EST: gi|116427932|gb|EG470524.1|EG470524
EST:     ACAGAATTGGCTTTAAGCTTTCAAGAGACTGCAGGGTGCTCTTATGTATG                         GGATCAAATCTGCACTATGCAACGAAATTTGCATTTCAGCTCTCTAAACA
genomic: ACAGAATTGGCTTTAAGCTTTCAAGAGACTGCAGGGTGCTCTTATGTATGgtgagtgatg ... tataattcagGGATCAAATCTGCACTATGCAACGAAATTTGCATTTCAGCTCTCTAAACA
EST: gi|116447731|gb|EG490323.1|EG490323
EST:     ACAGAATTGACTTTAAGCTTTCAAGAGACTGCAGGGTGCTCTTATGTATG                         GGATCAAATCTGCACTATGCAACGAAATTTGCATTTCAGCTCTCTAAACA
genomic: ACAGAATTGGCTTTAAGCTTTCAAGAGACTGCAGGGTGCTCTTATGTATGgtgagtgatg ... tataattcagGGATCAAATCTGCACTATGCAACGAAATTTGCATTTCAGCTCTCTAAACA
EST: gi|116423237|gb|EG465829.1|EG465829
EST:     ACAGAATTGGCTTTAAGCTTTCAAGAGACTGCAGGGTGCTCTTATGTATG                         GGATCAAATCTGCACTATGCAACGAAATTTGCATTTCAGCTCTCTAAACA
genomic: ACAGAATTGGCTTTAAGCTTTCAAGAGACTGCAGGGTGCTCTTATGTATGgtgagtgatg ... tataattcagGGATCAAATCTGCACTATGCAACGAAATTTGCATTTCAGCTCTCTAAACA
EST: gi|116424515|gb|EG467107.1|EG467107
EST:     ACAGAATTGGCTTTAAGCTTTCAAGAGACTGCAGGGTGCTCTTATGTATG                         GGATCAAATCTGCACT
genomic: ACAGAATTGGCTTTAAGCTTTCAAGAGACTGCAGGGTGCTCTTATGTATGgtgagtgatg ... tataattcagGGATCAAATCTGCACT
EST: gi|116412443|gb|EG455035.1|EG455035
EST:     ACAGAATTGGCTTTAAGCTTTCAAGAGACTGCAGGGTGCTCTTATGTATG                         GGATCAAATCTGCACTATGCAACGAAATTTGCATTTCAACTCTCTAAACA
genomic: ACAGAATTGGCTTTAAGCTTTCAAGAGACTGCAGGGTGCTCTTATGTATGgtgagtgatg ... tataattcagGGATCAAATCTGCACTATGCAACGAAATTTGCATTTCAGCTCTCTAAACA
EST: gi|116411545|gb|EG454137.1|EG454137
EST:     ACAGAATTGGCTTTAAGCTTTCAAGAGACTGCAGGGTGCTCTTATGTATG                         GGATCAAATCTGCACTATGCAACGAAATTTGCATTTCAGCTCTCTAAACA
genomic: ACAGAATTGGCTTTAAGCTTTCAAGAGACTGCAGGGTGCTCTTATGTATGgtgagtgatg ... tataattcagGGATCAAATCTGCACTATGCAACGAAATTTGCATTTCAGCTCTCTAAACA
EST: gi|116407356|gb|EG449948.1|EG449948
EST:     ACAGAATTGGCTTTAAGCTTTCAAGAGACTGCAGGGTGCTCTTATGTATG                         GGATCAAATCTGCACTATGCAACGAAATTTGCATTTCAGCTCTCTAAACA
genomic: ACAGAATTGGCTTTAAGCTTTCAAGAGACTGCAGGGTGCTCTTATGTATGgtgagtgatg ... tataattcagGGATCAAATCTGCACTATGCAACGAAATTTGCATTTCAGCTCTCTAAACA
EST: gi|116449069|gb|EG491661.1|EG491661
EST:     ACAGAATTGGCTTTAAGCTTTCAAGAGACTGCAGGGTGCTCTTATGTATG                         GGATCAAATCTGCACTATGCAACGAAATTTGCATTTCAGCTCTCTAAACA
genomic: ACAGAATTGGCTTTAAGCTTTCAAGAGACTGCAGGGTGCTCTTATGTATGgtgagtgatg ... tataattcagGGATCAAATCTGCACTATGCAACGAAATTTGCATTTCAGCTCTCTAAACA
EST: gi|116413313|gb|EG455905.1|EG455905
EST:     ACAGAATTGGCTTTAAGCTTTCAAGAGACTGCAGGGTGCTCTTATGTATG                         GGATCAAATCTGCACTATGCAACGAAATTTGCATTTCAGCTCTCTAAACA
genomic: ACAGAATTGGCTTTAAGCTTTCAAGAGACTGCAGGGTGCTCTTATGTATGgtgagtgatg ... tataattcagGGATCAAATCTGCACTATGCAACGAAATTTGCATTTCAGCTCTCTAAACA
EST: gi|116444990|gb|EG487582.1|EG487582
EST:     ACAGAATTGGCTTTAAGCTTTCAAGAGACTGCAGGGTGCTCTTATGTATG                         GGATCAAATCTGCACTATGCAACGAAATTTGCATTTCAGCTCTCTAAACA
genomic: ACAGAATTGGCTTTAAGCTTTCAAGAGACTGCAGGGTGCTCTTATGTATGgtgagtgatg ... tataattcagGGATCAAATCTGCACTATGCAACGAAATTTGCATTTCAGCTCTCTAAACA
EST: gi|116449085|gb|EG491677.1|EG491677
EST:     ACAGAATTGGCTTTAAGCTTTCAAGAGACTGCAGGGTGCTCTTATGTATG                         GGATCAAATCTGCACTATGCAACGAAATTTGCATTTCAACTCTCTAAACA
genomic: ACAGAATTGGCTTTAAGCTTTCAAGAGACTGCAGGGTGCTCTTATGTATGgtgagtgatg ... tataattcagGGATCAAATCTGCACTATGCAACGAAATTTGCATTTCAGCTCTCTAAACA
EST: gi|116449109|gb|EG491701.1|EG491701
EST:     ACAGAATTGGCTTTAAGCTTTCAAGAGACTGCAGGGTGCTCTTATGTATG                         GGATCAAATCTGCACTATGCAACGAAATTTGCATTTCAGCTCTCTAAACA
genomic: ACAGAATTGGCTTTAAGCTTTCAAGAGACTGCAGGGTGCTCTTATGTATGgtgagtgatg ... tataattcagGGATCAAATCTGCACTATGCAACGAAATTTGCATTTCAGCTCTCTAAACA
EST: gi|116428347|gb|EG470939.1|EG470939
EST:     ACAGAATTGGCTTTAAGCTTTCAAGAGACTGCAGGGTGCTCTTATGTATG                         GGATCAAATCTGCACTATGCAACGAAATTTGCATTTCAGCTCTCTAAACA
genomic: ACAGAATTGGCTTTAAGCTTTCAAGAGACTGCAGGGTGCTCTTATGTATGgtgagtgatg ... tataattcagGGATCAAATCTGCACTATGCAACGAAATTTGCATTTCAGCTCTCTAAACA
EST: gi|116432099|gb|EG474691.1|EG474691
EST:     ACAGAATTGGCTTTAAGCTTTCAAGAGACTGCAGGGTGCTCTTATGTATG                         GGATCAAATCTGCACTATGCAACGAAATTTGCATTTCAGCTCTCTAAACA
genomic: ACAGAATTGGCTTTAAGCTTTCAAGAGACTGCAGGGTGCTCTTATGTATGgtgagtgatg ... tataattcagGGATCAAATCTGCACTATGCAACGAAATTTGCATTTCAGCTCTCTAAACA
EST: gi|116407371|gb|EG449963.1|EG449963
EST:     ACAGAATTGGCTTTAAGCTTTCAAGAGACTGCAGGGTGCTCTTATGTATG                         GGATCAAATCTGCACTATGCAACGAAATTTGCATTTCAGCTCTCTAAACA
genomic: ACAGAATTGGCTTTAAGCTTTCAAGAGACTGCAGGGTGCTCTTATGTATGgtgagtgatg ... tataattcagGGATCAAATCTGCACTATGCAACGAAATTTGCATTTCAGCTCTCTAAACA
EST: gi|116417526|gb|EG460118.1|EG460118
EST:     ACAGAATTGGCTTTAAGCTTTCAAGAGACTGCAGGGTGCTCTTATGTATG                         GGATCAAATCTGCACTATGCAACGAAATTTGCATTTCAGCTCTCTAAACA
genomic: ACAGAATTGGCTTTAAGCTTTCAAGAGACTGCAGGGTGCTCTTATGTATGgtgagtgatg ... tataattcagGGATCAAATCTGCACTATGCAACGAAATTTGCATTTCAGCTCTCTAAACA
EST: gi|116448708|gb|EG491300.1|EG491300
EST:     ACAGAATTGGCTTTAAGCTTTCAAGAGACTGCAGGGTGCTCTTATGTATG                         GGATCAAATCTGCACTATGCAACGAAATTTGCATTTCAGCTCTCTAAACA
genomic: ACAGAATTGGCTTTAAGCTTTCAAGAGACTGCAGGGTGCTCTTATGTATGgtgagtgatg ... tataattcagGGATCAAATCTGCACTATGCAACGAAATTTGCATTTCAGCTCTCTAAACA
EST: gi|116411537|gb|EG454129.1|EG454129
EST:     ACAGAATTGGCTTTAAGCTTTCAAGAGACTGCAGGGTGCTCTTATGTATG                         GGATCAAATCTGCACTATGCAACGAAATTTGCATTTCAGCTCTCTAAACA
genomic: ACAGAATTGGCTTTAAGCTTTCAAGAGACTGCAGGGTGCTCTTATGTATGgtgagtgatg ... tataattcagGGATCAAATCTGCACTATGCAACGAAATTTGCATTTCAGCTCTCTAAACA
EST: gi|116426306|gb|EG468898.1|EG468898
EST:     ACAGAATTGGCTTTAAGCTTTCAAGAGACTGCAGGGTGCTCTTATGTATG                         GGATCAAATCTGCACTATGCAACGAAATTTGCATTTCAGCTCTCTAAACA
genomic: ACAGAATTGGCTTTAAGCTTTCAAGAGACTGCAGGGTGCTCTTATGTATGgtgagtgatg ... tataattcagGGATCAAATCTGCACTATGCAACGAAATTTGCATTTCAGCTCTCTAAACA
EST: gi|116449103|gb|EG491695.1|EG491695
EST:     ACAGAATTGGCTTTAAGCTTTCAAGAGACTGCAGGGTGCTCTTATGTATG                         GGATCAAATCTGCACTATGCAACGAAATTTGCATTTCAGCTCTCTAAACA
genomic: ACAGAATTGGCTTTAAGCTTTCAAGAGACTGCAGGGTGCTCTTATGTATGgtgagtgatg ... tataattcagGGATCAAATCTGCACTATGCAACGAAATTTGCATTTCAGCTCTCTAAACA
EST: gi|116460005|gb|EG502597.1|EG502597
EST:     ACAGAATTGGCTTTAAGCTTTCAAGAGACTGCAGGGTGCTCTTATGTATG                         GGATCAAATCTGCACTATGCAACGAAATTTGCATTTCAGCTCTCTAAACA
genomic: ACAGAATTGGCTTTAAGCTTTCAAGAGACTGCAGGGTGCTCTTATGTATGgtgagtgatg ... tataattcagGGATCAAATCTGCACTATGCAACGAAATTTGCATTTCAGCTCTCTAAACA
EST: gi|116434816|gb|EG477408.1|EG477408
EST:     ACAGAATTGGCTTTAAGCTTTCAAGAGACTGCAGGGTGCTCTTATGTATG                         GGATCAAATCTGCACTATGCAACGAAATTTGCATTTCAGCTCTCTAAACA
genomic: ACAGAATTGGCTTTAAGCTTTCAAGAGACTGCAGGGTGCTCTTATGTATGgtgagtgatg ... tataattcagGGATCAAATCTGCACTATGCAACGAAATTTGCATTTCAGCTCTCTAAACA
EST: gi|116379504|gb|EG422096.1|EG422096
EST:     ACAGAATTGGCTTTAAGCTTTCAAGAGACTGCAGGGTGCTCTTATGTATG                         G-ATCAAATCTGCACTATGCAACGAAATTTGCATTTCAGCTCTCTAAACA
genomic: ACAGAATTGGCTTTAAGCTTTCAAGAGACTGCAGGGTGCTCTTATGTATGgtgagtgatg ... tataattcagGGATCAAATCTGCACTATGCAACGAAATTTGCATTTCAGCTCTCTAAACA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gtcattttttatattacaatattcttgacttcaaaatggtgtttgtataattcagGGATCAAATCTGCACTATGCAACGAAATTTGCATTTCAGCTCTCTAAACA
                      tcttgac  putative branch site (score: 3)
     tttttatattacaata  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtgagtgatgacaatttttctattaccctcttcatttcatccgtcattttttatattacaatattcttgacttcaaaatggtgtttgtataattcagGGATCAAATCTGCACTATGCAACGAAATTTGCATTTCAGCTCTCTAAACA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CAGCTC