Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgaactggcttacgctttatcgctttttactgtgatgtctatcggtgttcagagtgctggaaaattgcaacattcttattgacttataacgaattcgttcagctgtctttcatcatatctttgattgattactgaatgagacattaaattttgcagCATATGATGCCTCCTTATGGAACTCCGCCTCATCCTTATGTTGCAATGTATCCCCCAGGTGGCATGTACGCACATCCTTCAATGCCTCCG

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT2G35530.1
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT2G35530.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA16G15810.1 (Glycine max), 3'ss of exon 4
gtgaactggcttacgctttatcgctttttactgtgatgtctatcggtgttcagagtgctggaaaattgcaacattcttattgacttataacgaat--tcgttcagctgtctttcatcatat-ctttgattgattactgaatgagacattaaattttgcagCATATGATGCCTCCTTATGGAACTCCGCCTCATCCTTATGTTGCAATGTATCCCCCAGGTGGCATGTACGCACATCCTTCAATGCCTCCG
                                                          || |    | |  |  | | | |   ||||   ||||  |  |     ||  |||   || ||  ||  |||| ||  |  |||| | ||| |   ||||||||||| |||||||| ||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||  |||||||| || || ||||| || || ||||||
----------------------------------------------------------tgaatctattctgccatgtgaatattttatgttgaatgcttatcattttgaattttcacacatgtttccattggttcattgatgaaatattta--cttgcagCATATTATGCCTCCCTATGGCACTCCACCTCATCCCTATGTTGCAATGTATCCCCATGGTGGCATATATGCTCATCCATCCATTCCTCCG

upper sequence: AT2G35530.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA09G34170.1 (Glycine max), 3'ss of exon 4
gtgaactggcttacgctttatcgctttttactgtgatgtctatcggtgttcagagtgctggaaaattgcaacattcttattgacttataacgaattcgttcagctgtctttcatcatatctttgattgattactgaatgagacattaaattttgcagCATATGATGCCTCCTTATGGAACTCCGCCTCATCCTTATGTTGCAATGTATCCCCCAGGTGGCATGTACGCACATCCTTCAATGCCTCCG
                                              | | | | || ||  || | | ||||     |||       |||| |  | |   |  | || ||| ||    ||||| || ||||    |||| |  || |  ||| |||||  | |||||||| ||||| ||||| || ||||| |||||||||||||||||||| |||||||| || || ||||| || |||||||||
-------------------------------------------ttctctactgcgt-ctacaagactacaactaatctatacttcactaacaatatgg---aagtctcattcctc----ctttgtttcatta----atgaaattttta--tttacagCAATTTATGCCTCCCTATGGTACTCCACCACATCCCTATGTTGCAATGTATCCCCCTGGTGGCATTTATGCTCATCCATCCATGCCTCCG

upper sequence: AT2G35530.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA01G01740.2 (Glycine max), 3'ss of exon 3
gtgaactggcttacgctttatcgctttttactgtgatgtctatcggtgttcagagtgctggaaaattgcaacattcttattgacttataacgaattcgttcagctgtctttcatcatatctttgattgattactgaatgagacattaaattttgcagCATATGATGCCTCCTTATGGAACTCCGCCTCATCCTTATGTTGCAATGTATCCCCCAGGTGGCATGTACGCACATCCTTCAATGCCTCCG
                                                     | | |    |   |  |  |  || |   |  |  ||    |   || |  | | | ||||     ||||| || ||||    |||| |  || |  |  ||||||  | |||||||| ||||| ||||| || ||||| |||||||||||||||||||| |||||||| || || ||||| || |||||||||
--------------------------------------------------acaactacaactagtctatactacactaac-aatatgaaatatctcatttaaagtctgtctcattcctcctttggttcatta----atgaaattttta--tcagcagCAATTTATGCCTCCCTATGGTACTCCACCACATCCCTATGTTGCAATGTATCCCCCTGGTGGCATTTATGCTCATCCATCCATGCCTCCG

upper sequence: AT2G35530.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA08G34280.1 (Glycine max), 3'ss of exon 4
gtgaactggcttacgctttatcgctttttactgtgatgtctatcggtgttcagagtgctggaaaattgcaacattcttattgacttataacgaat--tcgttcagctgtctttcatcatat-ctttgattgattactgaatgagacattaaattttgcagCATATGATGCCTCCTTATGGAACTCCGCCTCATCCTTATGTTGCAATGTATCCCCCAGGTGGCATGTACGCACATCCTTCAATGCCTCCG
                                                          || |    | |  |  | | |||   ||||   ||||  |  ||    ||  |||   || ||  ||  |||| ||  |  || | | ||| |   |||||||||   |||||||| ||||| ||||| || ||||| |||||||||||||||||||  |||||||| || || ||||| || || ||||||
----------------------------------------------------------tgaatctgttctgccatgtaattattttatgttgaatgcttattattttgaattttcccacatgtttccattggttcattgattaaatattta--cttgcagCATTATATGCCTCCCTATGGCACTCCACCACATCCCTATGTTGCAATGTATCCCCATGGTGGCATATATGCTCATCCATCTATTCCTCCG

upper sequence: AT2G35530.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 4
lower sequence: Vv02s0012g02250.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 4
gtgaactggcttacgctttatcgctttttactgtgatgtctatcggtgttcagagtgctggaaaattgcaacattcttattgacttataacgaattcgttcagctgtctttcatcatatctttgattgattactgaatgagacattaaat-tttgcagCATATGATGCCTCCTTATGGAACTCCGCCTCATCCTTATGTTGCAATGTATCCCCCAGGTGGCATGTACGCACATCCTTCAATGCCTCCG
                                                     ||||||  ||  |||     |    |   | || |  |   ||    |   ||| ||   | |||  ||  |  | ||  | ||  | |  ||   |  ||||||||| | |||||||| ||||| || || || ||||| |||||||||||||||||||| |||||| | || || ||||| || || ||||||
-----------------------------------------------------agtgcttcaat-ttgtcttttcagcacctatttttttcttctttaacccaatgttttgtttgatagtttgtacagttt--taaa--aaattttgtttgcttgcagCATCTAATGCCTCCATATGGTACCCCACCACATCCATATGTTGCAATGTATCCCCCTGGTGGCTTATATGCTCATCCATCTATTCCTCCG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|86070242|gb|DR365999.1|DR365999
EST:     GTTATGTGGCATCTAGTCCCCAACCTCACCCTTATATGTGGGGAGTTCAG                         CATATGATGCCTCCTTATGGAACTCCGCCTCATCCTTATGTTGCAATGTAT
genomic: GTTATGTGGCATCTAGTCCCCAACCTCACCCTTATATGTGGGGAGTTCAGgtgaactggc ... aattttgcagCATATGATGCCTCCTTATGGAACTCCGCCTCATCCTTATGTTGCAATGTAT
EST: gi|86070243|gb|DR366000.1|DR366000
EST:     GTTATGTGGCATCTAGTCCCCAACCTCACCCTTATATGTGGGGAGTTCAG                         CATATGATGCCTCCTTATGGAACTCCGCCTCATCCTTATGTTGCAATGTAT
genomic: GTTATGTGGCATCTAGTCCCCAACCTCACCCTTATATGTGGGGAGTTCAGgtgaactggc ... aattttgcagCATATGATGCCTCCTTATGGAACTCCGCCTCATCCTTATGTTGCAATGTAT
EST: gi|86070244|gb|DR366001.1|DR366001
EST:     TTATGTGGCATCTAGTCCCCAACCTCACCCTTATAATGTGGGGAGTTCAG                         CATATGATGCCTCCTTATGGAACTCCGCCTCATCCTTATGTTGCAATG
genomic: TTATGTGGCATCTAGTCCCCAACCTCACCCTTATA-TGTGGGGAGTTCAGgtgaactggc ... aattttgcagCATATGATGCCTCCTTATGGAACTCCGCCTCATCCTTATGTTGCAATG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gctgtctttcatcatatctttgattgattactgaatgagacattaaattttgcagCATATGATGCCTCCTTATGGAACTCCGCCTCATCCTTATGTTGCAATGTATCCCCCAGGTGGCATGTACGCACATCCTTCAATGCCTCCG
                     gattgat  putative branch site (score: 4)
                                     agacattaaatttt  TA-rich tract