1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' |
gttagttaacatctgaatcaatatccttaactgaatgatagaggtatcaaatctcggattttcaaatatcattgtaagaaagtatgtcactttgttcccttttacctatgtgcatcatcacctaacttacttttgttcttttctctgttactgtttttattctcaagCTTCGAGGACGGGCTGAAGCTTGTAAAACTTAGAGGAGAAGCTATGCAG
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT2G30200.1 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GGTCTCAGTTTGGGAGAGTATACTGCTCTGGCTTTTGCTGGAGCCTTCAG CTTCGAGGACGGGCTGAAGCTTGTAAAACTTAGAGGAGAAGCTATGCAGEST: gi|116380443|gb|EG423035.1|EG423035
genomic: GGTCTCAGTTTGGGAGAGTATACTGCTCTGGCTTTTGCTGGAGCCTTCAGgttagttaac ... tattctcaagCTTCGAGGACGGGCTGAAGCTTGTAAAACTTAGAGGAGAAGCTATGCAG
EST: AGTTTGGGAGAGTATACTGCTCTGGCTTTTGCTGGAGCCTTCAG CTTCGAGGACGGGCTGAAGCTTGTAAAACTTAGAGGAGAAGCTATGCAGEST: gi|124873124|gb|EH954769.1|EH954769
genomic: AGTTTGGGAGAGTATACTGCTCTGGCTTTTGCTGGAGCCTTCAGgttagttaac ... tattctcaagCTTCGAGGACGGGCTGAAGCTTGTAAAACTTAGAGGAGAAGCTATGCAG
EST: GGTCTCAGTTTGGGAGAGTATACTGCTCTGGCTTTTGCTGGAGCCTTCAG CTTCGAGGACGGGCTGAAGCTTEST: gi|116380515|gb|EG423107.1|EG423107
genomic: GGTCTCAGTTTGGGAGAGTATACTGCTCTGGCTTTTGCTGGAGCCTTCAGgttagttaac ... tattctcaagCTTCGAGGACGGGCTGAAGCTT
EST: GGTCTCAGTTTGGGAGAGTATACTGCTCTGGCTTTTGCTGGAGCCTTCAG CTTCGAGGACGGGCTGAAGCTTGTAAAACTTAGAGGAGAAGCTATGCAGEST: gi|116380445|gb|EG423037.1|EG423037
genomic: GGTCTCAGTTTGGGAGAGTATACTGCTCTGGCTTTTGCTGGAGCCTTCAGgttagttaac ... tattctcaagCTTCGAGGACGGGCTGAAGCTTGTAAAACTTAGAGGAGAAGCTATGCAG
EST: GGTCTCAGTTTGGGAGAGTATACTGCTCTGGCTTTTGCTGGAGCCTTCAG CTTCGAGGACGGGCTGAAGCTTGTAAAACTTAGAGGAGAAGCTATGCAGEST: gi|116377112|gb|EG419704.1|EG419704
genomic: GGTCTCAGTTTGGGAGAGTATACTGCTCTGGCTTTTGCTGGAGCCTTCAGgttagttaac ... tattctcaagCTTCGAGGACGGGCTGAAGCTTGTAAAACTTAGAGGAGAAGCTATGCAG
EST: GGTCTCAGTTTGGGAGAGTATACTGCTCTGGCTTTTGCTGGAGCCTTCAG CTTCGAGGACGGGCTGAAGCTTGTAAAACTTAGAGGAGAAGCTATGCAG
genomic: GGTCTCAGTTTGGGAGAGTATACTGCTCTGGCTTTTGCTGGAGCCTTCAGgttagttaac ... tattctcaagCTTCGAGGACGGGCTGAAGCTTGTAAAACTTAGAGGAGAAGCTATGCAG
catcatcacctaacttacttttgttcttttctctgttactgtttttattctcaagCTTCGAGGACGGGCTGAAGCTTGTAAAACTTAGAGGAGAAGCTATGCAG
aacttac putative branch site (score: 2)
cttttgttcttttctc CT-rich tract
ttactgtttttatt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gttagttaacatctgaatcaatatccttaactgaatgatagaggtatcaaatctcggattttcaaatatcattgtaagaaagtatgtcactttgttcccttttacctatgtgcatcatcacctaacttacttttgttcttttctctgttactgtttttattctcaagCTTCGAGGACGGGCTGAAGCTTGTAAAACTTAGAGGAGAAGCTATGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGC