Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaaagccttgttctttgtcctgtttccatatacttatgcatattgtgatgatgtgtgagcttatggaattgatgtgtgtgtgcagTACACGCCGGCGATTGACATGTGGAGTGTTGGGTGCATATTTGCAGAGATGCTAACTGGAAAACCTTTGTTTCCTGGCAAAAACGTTGTGCACCAGCTAG

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT2G01450.3
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|116408404|gb|EG450996.1|EG450996
EST:     CTACAAGATGGTACCGTGCGCCAGAGCTCTGTGGTTCCTTCTATTCTAAC                         TACACGCCGGCGATTGACATGTGGAGTGTTGGGTGCATATTTGCAGAGATG
genomic: CTACAAGATGGTACCGTGCGCCAGAGCTCTGTGGTTCCTTCTATTCTAACgtaaagcctt ... gtgtgtgcagTACACGCCGGCGATTGACATGTGGAGTGTTGGGTGCATATTTGCAGAGATG






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tacttatgcatattgtgatgatgtgtgagcttatggaattgatgtgtgtgtgcagTACACGCCGGCGATTGACATGTGGAGTGTTGGGTGCATATTTGCAGAGATGCTAACTGGAAAACCTTTGTTTCCTGGCAAAAACGTTGTGCACCAGCTAG
                                    aattgat  putative branch site (score: 4)
         atattgt  TA-rich tract