1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' |
gtaagtttctttacgtgaactatttaaaggccgattctctctattaactgattacaagttgatcatgcagaaccgtggcttaccttatgaacttagccacttatggttcgttaatttatccacttttatctctcctaaatgcagCTTTTGGAAGAGGAAGAAGTTGAAGTATCGGTCACAAAAGATCAATCAGAGGAAACTGCTAAGATGGACACTGACAAAGCTTCTGCCGAGGCAGCTCCTG
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT1G79920.2 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TGAAAGTTAGATTGAACCTGCATGGAATTGTCTCTGTTGAATCAGCAACT CTTTTGGAAGAGGAAGAAGTTGAAGTATCGGTCACAAAAGATCAATCAGAGEST: gi|125198258|gb|EL213212.1|EL213212
genomic: TGAAAGTTAGATTGAACCTGCATGGAATTGTCTCTGTTGAATCAGCAACTgtaagtttct ... ctaaatgcagCTTTTGGAAGAGGAAGAAGTTGAAGTATCGGTCACAAAAGATCAATCAGAG
EST: TGAAAGTTAGATTGAACCTGCATGGAATTGTCTCTGTTGAATCAGCAACT CTTTTGGAAGAGGAAGAAGTTGAAGTATCGGTCACAAAAEST: gi|47830571|gb|CK120255.1|CK120255
genomic: TGAAAGTTAGATTGAACCTGCATGGAATTGTCTCTGTTGAATCAGCAACTgtaagtttct ... ctaaatgcagCTTTTGGAAGAGGAAGAAGTTGAAGTATCGGTCACAAAA
EST: TGAAAGTTAGATTGAACCTGCATGGAATTGTCTCTGTTGAATCAGCAACT CTTTTGGAAGAGGAAGAAGTTGAAGTATCGGTCACAAAAGATCAATCAGAG
genomic: TGAAAGTTAGATTGAACCTGCATGGAATTGTCTCTGTTGAATCAGCAACTgtaagtttct ... ctaaatgcagCTTTTGGAAGAGGAAGAAGTTGAAGTATCGGTCACAAAAGATCAATCAGAG
aacttagccacttatggttcgttaatttatccacttttatctctcctaaatgcagCTTTTGGAAGAGGAAGAAGTTGAAGTATCGGTCACAAAAGATCAATCAGAGGAAACTGCTAAGATGGACACTGACAAAGCTTCTGCCGAGGCAGCTCCTG
tcctaaa putative branch site (score: 2)
tttatccacttttatc CT-rich tract
ttaatttat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaagtttctttacgtgaactatttaaaggccgattctctctattaactgattacaagttgatcatgcagaaccgtggcttaccttatgaacttagccacttatggttcgttaatttatccacttttatctctcctaaatgcagCTTTTGGAAGAGGAAGAAGTTGAAGTATCGGTCACAAAAGATCAATCAGAGGAAACTGCTAAGATGGACACTGACAAAGCTTCTGCCGAGGCAGCTCCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTC