Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgcttttatttctcgtttgttttgtctctctgtttggaatttagttaagagtgattgaagagagattttatgatgttttatggttacttgttgcagGCAAGACCAACCATGTATCAAGTGGTGAAGGAAATGGTGGACAAGATGGGTTACGAA

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT1G75380.1
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT1G75380.3 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os08g26870.4 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
gtatgcttttatttctcgtttgttttgtctctctgtttggaatttagttaagagtgattgaagagagattttatgatgttttatggttacttgttgcagGCAAGACCAACCATGTATCAAGTGGTGAAGGAAATGGTGGACAAGATGGGTTACGAA
            |  |   ||||||| |  ||    || |    |  ||     || |||| | ||   ||||| |   |||       ||  |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||| | || ||||||||||| || 
-----------gtaatatcttgttttattactacaatttgctcctttttttt--tgcttgatgcga---tttataacccttt-------ctcattgcagGCAAGACCAACCATATATCAAGTTGTGAAGGAGATGATTGATAAGATGGGTTATGAG

upper sequence: AT1G75380.3 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA1784S00200.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
---------------------------------------------------gtatgcttttatttctcgtttgttt----tgtctctctgtttggaatttagttaagagtgattgaagagagattttatgatgttttatggttacttgttg--------------cagGCAAGACCAACCATGTATCAAGTGGTGAAGGAAATGGTGGACAAGATGGGTTACGAA
                                                   | || ||| | || || |||  ||     ||| | |   |      |||  |  | |   |||    |   || | ||   |    |||| ||||  ||               ||||| ||||| ||  |||||||||| |||||||| ||| | ||||||||||||||||||
gtatgtcctctttgtcagttgaatttcactgtattatccacaaacatatctgaatacttcttttccttgttctttcaagatgtgtattaatcatatgtttgatccaaaactattttgaatttatgtaatatggccacatggatactaattatctggtcactatatcagGCTAGACCTACTTTGTATCAAGTAGTGAAGGAGATGATTGACAAGATGGGTTACGAA

upper sequence: AT1G75380.3 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA14G07830.1 (Glycine max), 3'ss of exon 4
-------------------------------------------------gtatgcttttatttctcgtttgttt----tgtctctctgtttggaatttagttaagagtgattgaagagagattttatgatgttttatggttacttgttg--------------cagGCAAGACCAACCATGTATCAAGTGGTGAAGGAAATGGTGGACAAGATGGGTTACGAA
                                                 | || ||| | || || |||  ||     ||| | |   |      |||  |  | |   |||   ||   || | ||   |   ||||| ||||  ||               ||||| ||||| ||  |||||||||| |||||||| ||| | ||||||||||||||||||
gtatgtcctctttgtcagttgaatttcactgtattatctatacatatctgaatacttcttttccttgttctttcaagatgtgtattaatcatatgtttgatccaaaaatattttggatttatgtaatatggccatatggatactaattatctggtcactatatcagGCTAGACCTACTTTGTATCAAGTAGTGAAGGAGATGATTGACAAGATGGGTTACGAA

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|86040917|gb|DR336672.1|DR336672
EST:     TGGAGATGCCTAGTGTGTTACTTATGGCAGCAATGACCAATGNCCAAATT                         GCAAGACCAACCATGTATCAAGTGGTGAAGGAAATGGTG
genomic: TGGAGATGCCTAGTGTGTTACTTATGGCAGCAATGACCAATGTCCAAATTgtatgctttt ... cttgttgcagGCAAGACCAACCATGTATCAAGTGGTGAAGGAAATGGTG
EST: gi|125198756|gb|EL213710.1|EL213710
EST:     TGGAGATGCCTAGTGTGTTACTTATGGCAGCAATGACCAATGTCCAAATT                         GCAAGACCAACCA
genomic: TGGAGATGCCTAGTGTGTTACTTATGGCAGCAATGACCAATGTCCAAATTgtatgctttt ... cttgttgcagGCAAGACCAACCA
EST: gi|125046952|gb|EL119221.1|EL119221
EST:     TGGCAGCAATGACCAATGTCCAAATT                         GCAAGACCAACCATGTATCAAGTGGTGAAGGAAATGGTGGAACAAAGATGG
genomic: TGGCAGCAATGACCAATGTCCAAATTgtatgctttt ... cttgttgcagGCAAGACCAACCATGTATCAAGTGGTGAAGGAAATGGTGGA-CAA-GATGG
EST: gi|125009436|gb|EL081705.1|EL081705
EST:     TGGAGATGCCTAGTGTGTTACTTATGGCAGCAATGACCAATGTCCAAATT                         GCAAGACCAACCATGTATCAAGTGGTGAAGGAAATGGTGGACA
genomic: TGGAGATGCCTAGTGTGTTACTTATGGCAGCAATGACCAATGTCCAAATTgtatgctttt ... cttgttgcagGCAAGACCAACCATGTATCAAGTGGTGAAGGAAATGGTGGACA
EST: gi|124860318|gb|EH944755.1|EH944755
EST:     TGTGTTACTTATGGCAGCAATGACCAATGTCCAAATT                         GCAAGACCAACCATGTATCAAGTGGTGAAGGAAATGGTGGACAAGATGGGT
genomic: TGTGTTACTTATGGCAGCAATGACCAATGTCCAAATTgtatgctttt ... cttgttgcagGCAAGACCAACCATGTATCAAGTGGTGAAGGAAATGGTGGACAAGATGGGT
EST: gi|47829045|gb|CK118729.1|CK118729
EST:     TGGAGATGCCTAGTGTGTTACTTATGGCAGCAATGACCAATGTCCAAATT                         GCAAGACCAACCATGTATCAAGTGGTGAAGGAAATGGTGGACAAGATGGGT
genomic: TGGAGATGCCTAGTGTGTTACTTATGGCAGCAATGACCAATGTCCAAATTgtatgctttt ... cttgttgcagGCAAGACCAACCATGTATCAAGTGGTGAAGGAAATGGTGGACAAGATGGGT
EST: gi|124961245|gb|EL035796.1|EL035796
EST:     TGGAGATGCCTAGTGTGTTACTTATGGCAGCAATGACCAATGTCCAAATT                         GCAAGACCAACCA
genomic: TGGAGATGCCTAGTGTGTTACTTATGGCAGCAATGACCAATGTCCAAATTgtatgctttt ... cttgttgcagGCAAGACCAACCA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tagttaagagtgattgaagagagattttatgatgttttatggttacttgttgcagGCAAGACCAACCATGTATCAAGTGGTGAAGGAAATGGTGGACAAGATGGGTTACGAA
                       attttatgatgtttta  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtatgcttttatttctcgtttgttttgtctctctgtttggaatttagttaagagtgattgaagagagattttatgatgttttatggttacttgttgcagGCAAGACCAACCATGTATCAAGTGGTGAAGGAAATGGTGGACAAGATGGGTTACGAA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGATG