1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
gtagcatcaatgagtctgtccttctctgaattagttcagtcttatgtcttctcgcgtgttatctcacctttttattgttatgactgaattcacagAGATGAAATAGCTGGATGCAGCGAGAAAGCTTATGATTATGTCTCTATCAGCGATGCCCGGCAGATGTTGTTGTTCTCTTCTGATCAAGAACTCTTAACC
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT1G64520.1 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CCTGATGCAACTTACGTCTATTTCATGGATCTCTTGGCAAAGACCATAAG AGATGAAATAGCTGGATGCAGCGAGAAAGCTTATGATTATGTCTCTATCAGEST: gi|116486373|gb|EG528965.1|EG528965
genomic: CCTGATGCAACTTACGTCTATTTCATGGATCTCTTGGCAAAGACCATAAGgtagcatcaa ... gaattcacagAGATGAAATAGCTGGATGCAGCGAGAAAGCTTATGATTATGTCTCTATCAG
EST: CCTGATGCAACTTACGTCTATTTCATGGATCTCTTGGCAAAGACCATAAG AGATGAAATAGCTGGATGCAGCGAGAAAGCTTATGATTATGTCTCTATCAGEST: gi|116486364|gb|EG528956.1|EG528956
genomic: CCTGATGCAACTTACGTCTATTTCATGGATCTCTTGGCAAAGACCATAAGgtagcatcaa ... gaattcacagAGATGAAATAGCTGGATGCAGCGAGAAAGCTTATGATTATGTCTCTATCAG
EST: CCTGATGCAACTTACGTCTATTTCATGGATCTCTTGGCAAAGACCATAAG AGATGAAATAGCTGGATGCAGCGAGAAAGCTTATGATTATGTCTCTATCAGEST: gi|116478804|gb|EG521396.1|EG521396
genomic: CCTGATGCAACTTACGTCTATTTCATGGATCTCTTGGCAAAGACCATAAGgtagcatcaa ... gaattcacagAGATGAAATAGCTGGATGCAGCGAGAAAGCTTATGATTATGTCTCTATCAG
EST: CTTGGCAAAGACCATAAG AGATGAAATAGCTGGATGCAGCGAGAAAGCTTATGATTATGTCTCTATCAGEST: gi|116486368|gb|EG528960.1|EG528960
genomic: CTTGGCAAAGACCATAAGgtagcatcaa ... gaattcacagAGATGAAATAGCTGGATGCAGCGAGAAAGCTTATGATTATGTCTCTATCAG
EST: CCTGATGCAACTTACGTCTATTTCATGGATCTCTTGGCAAAGACCATAAG AGATGAAATAGCTGGATGCAGCGAGAAAGCTTATGATTATGTCTCTATCAGEST: gi|116446013|gb|EG488605.1|EG488605
genomic: CCTGATGCAACTTACGTCTATTTCATGGATCTCTTGGCAAAGACCATAAGgtagcatcaa ... gaattcacagAGATGAAATAGCTGGATGCAGCGAGAAAGCTTATGATTATGTCTCTATCAG
EST: CCTGATGCAACTTACGTCTATTTCATGGATCTCTTGGCAAAGACCATAAG AGATGAAATAGCTGGATGCAGCGAGAAAGCTTATGATTATGTCTCTATCAGEST: gi|116486371|gb|EG528963.1|EG528963
genomic: CCTGATGCAACTTACGTCTATTTCATGGATCTCTTGGCAAAGACCATAAGgtagcatcaa ... gaattcacagAGATGAAATAGCTGGATGCAGCGAGAAAGCTTATGATTATGTCTCTATCAG
EST: CCTGATGCAACTTACGTCTATTTCATGGATCTCTTGGCAAAGACCATAAG AGATGAAATAGCTGGATGCAGCGAGAAAGCTTATGATTATGTCTCTATCAGEST: gi|116486376|gb|EG528968.1|EG528968
genomic: CCTGATGCAACTTACGTCTATTTCATGGATCTCTTGGCAAAGACCATAAGgtagcatcaa ... gaattcacagAGATGAAATAGCTGGATGCAGCGAGAAAGCTTATGATTATGTCTCTATCAG
EST: CCTGATGCAACTTACGTCTATTTCATGGATCTCTTGGCAAAGACCATAAG AGATGAAATAGCTGGATGCAGCGAGAAAGCTTATGATTATGTCTCTATCAGEST: gi|116486365|gb|EG528957.1|EG528957
genomic: CCTGATGCAACTTACGTCTATTTCATGGATCTCTTGGCAAAGACCATAAGgtagcatcaa ... gaattcacagAGATGAAATAGCTGGATGCAGCGAGAAAGCTTATGATTATGTCTCTATCAG
EST: CCTGATGCAACTTACGTCTATTTCATGGATCTCTTGGCAAAGACCATAAG AGATGAAATAGCTGGATGCAGCGAGAAAGCTTATGATTATGTCTCTATCAGEST: gi|163993785|gb|ES195785.1|ES195785
genomic: CCTGATGCAACTTACGTCTATTTCATGGATCTCTTGGCAAAGACCATAAGgtagcatcaa ... gaattcacagAGATGAAATAGCTGGATGCAGCGAGAAAGCTTATGATTATGTCTCTATCAG
EST: CCTGATGCAACTTACGTCTATTTCATGGATCTCTTGGCAAAGACCATAAG AGATGAAATAGCTGGATGCAGCGAGAAAGCTTAEST: gi|116486359|gb|EG528951.1|EG528951
genomic: CCTGATGCAACTTACGTCTATTTCATGGATCTCTTGGCAAAGACCATAAGgtagcatcaa ... gaattcacagAGATGAAATAGCTGGATGCAGCGAGAAAGCTTA
EST: CCTGATGCAACTTACGTCTATTTCATGGATCTCTTGGCAAAGACCATAAG AGATGAAATAGCTGGATGCAGCGAGAAAGCTTATGATTATGTCTCTATCAGEST: gi|124948106|gb|EL023895.1|EL023895
genomic: CCTGATGCAACTTACGTCTATTTCATGGATCTCTTGGCAAAGACCATAAGgtagcatcaa ... gaattcacagAGATGAAATAGCTGGATGCAGCGAGAAAGCTTATGATTATGTCTCTATCAG
EST: CCTGATGCAACTTACGTCTATTTCATGGATCTCTTGGCAAAGACCATAAG AGATGAAATAGCTGGAEST: gi|116486357|gb|EG528949.1|EG528949
genomic: CCTGATGCAACTTACGTCTATTTCATGGATCTCTTGGCAAAGACCATAAGgtagcatcaa ... gaattcacagAGATGAAATAGCTGGA
EST: CCTGATGCAACTTACGTCTATTTCATGGATCTCTTGGCAAAGACCATAAG AGATGAAATAGCTGGATGCAGCGAGAAAGCTTATGATTATGTCTCTATCAGEST: gi|116478803|gb|EG521395.1|EG521395
genomic: CCTGATGCAACTTACGTCTATTTCATGGATCTCTTGGCAAAGACCATAAGgtagcatcaa ... gaattcacagAGATGAAATAGCTGGATGCAGCGAGAAAGCTTATGATTATGTCTCTATCAG
EST: CCTGATGCAACTTACGTTTATTTCATGGATTTCTTGGCAAAGACCATAAG AGATGAAATAGCTGGATGCAGCGAGAAAGCTTATGATTATGEST: gi|116486361|gb|EG528953.1|EG528953
genomic: CCTGATGCAACTTACGTCTATTTCATGGATCTCTTGGCAAAGACCATAAGgtagcatcaa ... gaattcacagAGATGAAATAGCTGGATGCAGCGAGAAAGCTTATGATTATG
EST: CCTGATGCAACTTACGTCTATTTCATGGATCTCTTGGCAAAGACCATAAG AGATGAAATAGCTGGATGCAGCGAGAAAGCTTATGATTATGTCTCTATCAG
genomic: CCTGATGCAACTTACGTCTATTTCATGGATCTCTTGGCAAAGACCATAAGgtagcatcaa ... gaattcacagAGATGAAATAGCTGGATGCAGCGAGAAAGCTTATGATTATGTCTCTATCAG
cttatgtcttctcgcgtgttatctcacctttttattgttatgactgaattcacagAGATGAAATAGCTGGATGCAGCGAGAAAGCTTATGATTATGTCTCTATCAGCGATGCCCGGCAGATGTTGTTGTTCTCTTCTGATCAAGAACTCTTAACC
atctcac putative branch site (score: 3)
tttttattgttatga TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtagcatcaatgagtctgtccttctctgaattagttcagtcttatgtcttctcgcgtgttatctcacctttttattgttatgactgaattcacagAGATGAAATAGCTGGATGCAGCGAGAAAGCTTATGATTATGTCTCTATCAGCGATGCCCGGCAGATGTTGTTGTTCTCTTCTGATCAAGAACTCTTAACC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAC