Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtataacttcatttccttctgtttctctttgatgcacctatctataacttggtattaattggatatgatgattgttttgttatcccccttcagTGAGCCGTAAGAATGGTGACAACTCTTTGAATGGATCCTCCCTTATTGAATAC

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT1G57720.1
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|152035102|gb|BP844635.2|BP844635
EST:     TGAGACTCCTGAAGGTCCCATATTTGAGAGCAATGCCATTGCCCGATATG                         TGAGCCGTAAGAATGGTGACAACTCTTTGAATGGATCCTCCCTTATTGAAT
genomic: TGAGACTCCTGAAGGTCCCATATTTGAGAGCAATGCCATTGCCCGATATGgtataacttc ... cccccttcagTGAGCCGTAAGAATGGTGACAACTCTTTGAATGGATCCTCCCTTATTGAAT
EST: gi|124763202|gb|EH853332.1|EH853332
EST:     TTGCCCGATATG                         TGAGCCGTAAGAATGGTGACAACTCTTTGAATGGATCCTCCCTTATTGAAT
genomic: TTGCCCGATATGgtataacttc ... cccccttcagTGAGCCGTAAGAATGGTGACAACTCTTTGAATGGATCCTCCCTTATTGAAT
EST: gi|124711169|gb|EH802571.1|EH802571
EST:     TGAGACTCCTGAAGGTCCCATATTTGAGAGCAATGCCATTGCCCGATATG                         TGAGCCGTAAGAATGGTGACAACTCTTTGAATGGATCCTCCCTTAT
genomic: TGAGACTCCTGAAGGTCCCATATTTGAGAGCAATGCCATTGCCCGATATGgtataacttc ... cccccttcagTGAGCCGTAAGAATGGTGACAACTCTTTGAATGGATCCTCCCTTAT
EST: gi|124956219|gb|EL031166.1|EL031166
EST:     TGCCATTGCCCGATATG                         TGAGCCGTAAGAATGGTGACAACTCTTTGAATGGATCCTCCCTTATTGAAT
genomic: TGCCATTGCCCGATATGgtataacttc ... cccccttcagTGAGCCGTAAGAATGGTGACAACTCTTTGAATGGATCCTCCCTTATTGAAT
EST: gi|124821159|gb|EH906025.1|EH906025
EST:     CAATGCCATTGCCCGATATG                         TGAGCCGTAAGAATGGTGACAACTCTTTGAATGGATCCTCCCTTATTGAAT
genomic: CAATGCCATTGCCCGATATGgtataacttc ... cccccttcagTGAGCCGTAAGAATGGTGACAACTCTTTGAATGGATCCTCCCTTATTGAAT
EST: gi|125234252|gb|EL248337.1|EL248337
EST:     CCTGAAGGTCCCATATTTGAGAGCAATGCCATTGCCCGATATG                         TGAGCCGTAAGAATGGTGACAACTCTTTGAATGGATCCTCCCTTATTGAAT
genomic: CCTGAAGGTCCCATATTTGAGAGCAATGCCATTGCCCGATATGgtataacttc ... cccccttcagTGAGCCGTAAGAATGGTGACAACTCTTTGAATGGATCCTCCCTTATTGAAT
EST: gi|164140036|gb|ES035059.1|ES035059
EST:     TGCCATTGCCCGATACG                         TGAGCCGTAAGAATGGTGACAACTCTTTGAATGGATCCTCCCTTATTGAAT
genomic: TGCCATTGCCCGATATGgtataacttc ... cccccttcagTGAGCCGTAAGAATGGTGACAACTCTTTGAATGGATCCTCCCTTATTGAAT
EST: gi|116473109|gb|EG515701.1|EG515701
EST:     TGAGACTCCTGAAGGTCCCATATTTGAGAGCAATGCCATTGCCCGATATG                         TGAGCCGTAAGAATGGTGACAACTCTTTGAATGGATCCTCCCTTATTGAAT
genomic: TGAGACTCCTGAAGGTCCCATATTTGAGAGCAATGCCATTGCCCGATATGgtataacttc ... cccccttcagTGAGCCGTAAGAATGGTGACAACTCTTTGAATGGATCCTCCCTTATTGAAT
EST: gi|125193807|gb|EL208761.1|EL208761
EST:     CCATTGCCCGATATG                         TGAGCCGTAAGAATGGTGACAACTCTTTGAATGGATCCTCCCTTATTGAAT
genomic: CCATTGCCCGATATGgtataacttc ... cccccttcagTGAGCCGTAAGAATGGTGACAACTCTTTGAATGGATCCTCCCTTATTGAAT
EST: gi|152035939|gb|BP865394.2|BP865394
EST:     TGAGACTCCTGAAGGTCCCATATTTGAGAGCAATGCCATTGCCCGATATG                         TGAGCCGTAAGAATGGTGACAACT
genomic: TGAGACTCCTGAAGGTCCCATATTTGAGAGCAATGCCATTGCCCGATATGgtataacttc ... cccccttcagTGAGCCGTAAGAATGGTGACAACT
EST: gi|116410809|gb|EG453401.1|EG453401
EST:     TGAGACTCCTGAAGGTCCCATATTTGAGAGCAATGCCATTGCCCGATATG                         TGAGCCGTAAGAATGGTGACAACTCTTTGAATGGATCCTCCCTTATTGAAT
genomic: TGAGACTCCTGAAGGTCCCATATTTGAGAGCAATGCCATTGCCCGATATGgtataacttc ... cccccttcagTGAGCCGTAAGAATGGTGACAACTCTTTGAATGGATCCTCCCTTATTGAAT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tatctataacttggtattaattggatatgatgattgttttgttatcccccttcagTGAGCCGTAAGAATGGTGACAACTCTTTGAATGGATCCTCCCTTATTGAATAC
              tattaat  putative branch site (score: 2)
                                    ttttgttatccccctt  putative PPT
              tattaattggatat  TA-rich tract