1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
gtatgcttgatcgtctctatgttttctcataatgtttttgtaaagttgtgcattggggagatttcatatgaatgtgtgtgttttgtagGATGCTGCGGCTGATGAAGAAGATGATGATGATGTTGACCTTTTCGGAGAGGAGACCGAAGAGGAAAAGAAAGCTGCTGAAGAGAGAGCAGCTTCTGTCA
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT1G30230.2 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CTCCTATCACTGAGGAGGCTGTTGCTACTCCCCCTGCAGCTGATTCTAAG GATGCTGCGGCTGATGAAGAAGATGATGATGATGTTGACCTTTTCGGAGAGEST: gi|125204343|gb|EL219297.1|EL219297
genomic: CTCCTATCACTGAGGAGGCTGTTGCTACTCCCCCTGCAGCTGATTCTAAGgtatgcttga ... tgttttgtagGATGCTGCGGCTGATGAAGAAGATGATGATGATGTTGACCTTTTCGGAGAG
EST: TCCTATCACTGAGGAGGCTGTTGCTACTCCCCCTGCAGCTAGATTCTAAG GATGCTGCGGCTGAEST: gi|152034196|gb|BP821871.2|BP821871
genomic: TCCTATCACTGAGGAGGCTGTTGCTACTCCCCCTGCAGCT-GATTCTAAGgtatgcttga ... tgttttgtagGATGCTGCGGCTGA
EST: CTCCTATCACTGAGGAGGCTGTTGCTACTCCCCCTGCAGCTGATTCTAAG GATGCTGCGGCTGATGAAGAAGATGATGATGATGTTGACCTTTTCGGAGAGEST: gi|125227063|gb|EL241148.1|EL241148
genomic: CTCCTATCACTGAGGAGGCTGTTGCTACTCCCCCTGCAGCTGATTCTAAGgtatgcttga ... tgttttgtagGATGCTGCGGCTGATGAAGAAGATGATGATGATGTTGACCTTTTCGGAGAG
EST: TGAGGAGGCTGTTGCTACTCCCCCTGCAGCTGATTCTAAG GATGCTGCGGCTGATGAAGAAGEST: gi|164236474|gb|EL995246.1|EL995246
genomic: TGAGGAGGCTGTTGCTACTCCCCCTGCAGCTGATTCTAAGgtatgcttga ... tgttttgtagGATGCTGCGGCTGATGAAGAAG
EST: TTGCTACTCCCCCTGCAGCTGATTCTAAG GATGCTGCGGCTGATGAAGAAGATGATGATGATGTTGACCTTTTCGGAGAGEST: gi|124942336|gb|EL018611.1|EL018611
genomic: TTGCTACTCCCCCTGCAGCTGATTCTAAGgtatgcttga ... tgttttgtagGATGCTGCGGCTGATGAAGAAGATGATGATGATGTTGACCTTTTCGGAGAG
EST: CTCCTATCACTGAGGAGGCTGTTGCTACTCCCCCTGCAGCTGATTCTAAG GATGCTGCGGCTGATGAAGAAGEST: gi|125259158|gb|EL273243.1|EL273243
genomic: CTCCTATCACTGAGGAGGCTGTTGCTACTCCCCCTGCAGCTGATTCTAAGgtatgcttga ... tgttttgtagGATGCTGCGGCTGATGAAGAAG
EST: TGCAGCTGATTCTAAG GATGCTGCGGCTGATGAAGAAGATGATGATGATGTTGACCTTTTCGGAGAGEST: gi|86085521|gb|DR381280.1|DR381280
genomic: TGCAGCTGATTCTAAGgtatgcttga ... tgttttgtagGATGCTGCGGCTGATGAAGAAGATGATGATGATGTTGACCTTTTCGGAGAG
EST: TGCAGCTGATTCTAAG GATGCTGCGGCTGATGAAGAAGATGATGATGATGTTGACCTTTTCGGAGAGEST: gi|152033786|gb|BP815997.2|BP815997
genomic: TGCAGCTGATTCTAAGgtatgcttga ... tgttttgtagGATGCTGCGGCTGATGAAGAAGATGATGATGATGTTGACCTTTTCGGAGAG
EST: TCCTATCACTGAGGAGGCTGTTGCCTACTCCCCCTGCAGCTGATTCTAAG GATGCTGCGGCTGATGAAGAAGATGATGATGATGTTGACCTTTTCGGAGAGEST: gi|152037744|gb|BP796307.2|BP796307
genomic: TCCTATCACTGAGGAGGCTGTTG-CTACTCCCCCTGCAGCTGATTCTAAGgtatgcttga ... tgttttgtagGATGCTGCGGCTGATGAAGAAGATGATGATGATGTTGACCTTTTCGGAGAG
EST: CTCCTATCACTGAGGAGGCTGTTGCTACTCCCCCTGCAGCTGATTCTAAG GATGCTGCGGCTGATGAAGAAGATGATGATGATGTTGACCTTTTCGGAGAGEST: gi|152037721|gb|BP796075.2|BP796075
genomic: CTCCTATCACTGAGGAGGCTGTTGCTACTCCCCCTGCAGCTGATTCTAAGgtatgcttga ... tgttttgtagGATGCTGCGGCTGATGAAGAAGATGATGATGATGTTGACCTTTTCGGAGAG
EST: CTCCTATCACTGAGGAGGCTGTTGCTACTCCCCCTGCAGCTGATTCTAAG GATGCTGCGGCTGATGAAGAAGATGATGATGATGTTGACCTTTTCGGAGAGEST: gi|116416034|gb|EG458626.1|EG458626
genomic: CTCCTATCACTGAGGAGGCTGTTGCTACTCCCCCTGCAGCTGATTCTAAGgtatgcttga ... tgttttgtagGATGCTGCGGCTGATGAAGAAGATGATGATGATGTTGACCTTTTCGGAGAG
EST: CTCCTATCACTGAGGAGGCTGTTGCTACTCCCCCTGCAGCTGATTCTAAG GATGCTGCGGCTGATGAAGAAGATGATGATGATGTTGACCTTTTCGGAGAG
genomic: CTCCTATCACTGAGGAGGCTGTTGCTACTCCCCCTGCAGCTGATTCTAAGgtatgcttga ... tgttttgtagGATGCTGCGGCTGATGAAGAAGATGATGATGATGTTGACCTTTTCGGAGAG
gtttttgtaaagttgtgcattggggagatttcatatgaatgtgtgtgttttgtagGATGCTGCGGCTGATGAAGAAGATGATGATGATGTTGACCTTTTCGGAGAGGAGACCGAAGAGGAAAAGAAAGCTGCTGAAGAGAGAGCAGCTTCTGTCA
atttcatat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtatgcttgatcgtctctatgttttctcataatgtttttgtaaagttgtgcattggggagatttcatatgaatgtgtgtgttttgtagGATGCTGCGGCTGATGAAGAAGATGATGATGATGTTGACCTTTTCGGAGAGGAGACCGAAGAGGAAAAGAAAGCTGCTGAAGAGAGAGCAGCTTCTGTCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGCT