1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
gttagttgttggtttcatcagactaaagctaatttatatatgaacacacgataaaatcaaagatgttgttccctttatcctctgaaatgtgattctctttggcattacatctgatttcatgaattttgttgtaattagatttgaattgtgttaaataattgcagGTCCTGATGACATGCCAGCTCATATCAAGTCATCAATGTTTGGATGTCAACTCAC
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT1G21065.1 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GGGAATTCAGCGCCTTGGAGGCATACTATGGAAG GTCCTGATGACATGCCAGCTCATATCAAGTCEST: gi|86078659|gb|DR374416.1|DR374416
genomic: GGGAATTCAGCGCCTTGGAGGCATACTATGGAAGgttagttgtt ... ataattgcagGTCCTGATGACATGCCAGCTCATATCAAGTC
EST: GGGAATTCAGCGCCTTGGAGGCATACTATGGAAG GTCCTGATGACATGCCAGCTCATATCAAGTCATCAATGTTTGGATGTCAACEST: gi|124795012|gb|EH884691.1|EH884691
genomic: GGGAATTCAGCGCCTTGGAGGCATACTATGGAAGgttagttgtt ... ataattgcagGTCCTGATGACATGCCAGCTCATATCAAGTCATCAATGTTTGGATGTCAAC
EST: GGCATACTATGGAAG GTCCTGATGACATGCCAGCTCATATCAAGTCATCAATGTTTGGATGTCAACEST: gi|125043447|gb|EL115716.1|EL115716
genomic: GGCATACTATGGAAGgttagttgtt ... ataattgcagGTCCTGATGACATGCCAGCTCATATCAAGTCATCAATGTTTGGATGTCAAC
EST: CCTTGGAGGCATACTATGGAAG GTCCTGATGACATGCCAGCTCATATCAAGTCATCAATGTTTGGATGTCAACEST: gi|124735337|gb|EH826739.1|EH826739
genomic: CCTTGGAGGCATACTATGGAAGgttagttgtt ... ataattgcagGTCCTGATGACATGCCAGCTCATATCAAGTCATCAATGTTTGGATGTCAAC
EST: AATTCAGCGCCTTGGAGGCATACTATGGAAG GTCCTGATGACATGCCAGCTCATATCAAGTCATCAATGTTTGGATGTCAACEST: gi|116377317|gb|EG419909.1|EG419909
genomic: AATTCAGCGCCTTGGAGGCATACTATGGAAGgttagttgtt ... ataattgcagGTCCTGATGACATGCCAGCTCATATCAAGTCATCAATGTTTGGATGTCAAC
EST: GGGAATTCAGCGCCTTGGAGGCATACTATGGAAG GTCCTGATGACATGCCAGCTCATATCAAGTCATAAAAGTTTGGATGTCAACEST: gi|124709996|gb|EH801398.1|EH801398
genomic: GGGAATTCAGCGCCTTGGAGGCATACTATGGAAGgttagttgtt ... ataattgcagGTCCTGATGACATGCCAGCTCATATCAAGTCATCAATGTTTGGATGTCAAC
EST: ATACTATGGAAG GTCCTGATGACATGCCAGCTCATATCAAGTCATCAATGTTTGGATGTCAACEST: gi|125074573|gb|EL138462.1|EL138462
genomic: ATACTATGGAAGgttagttgtt ... ataattgcagGTCCTGATGACATGCCAGCTCATATCAAGTCATCAATGTTTGGATGTCAAC
EST: CCTGAGGGGAATTCAGCGCCTTGGAGGCATACTATGGAAG GTCCTGATGACATGCCAGCTCATATCAAGTCATCAATGTTTGGATGTCAEST: gi|125239990|gb|EL254075.1|EL254075
genomic: CCTGAGGGGAATTCAGCGCCTTGGAGGCATACTATGGAAGgttagttgtt ... ataattgcagGTCCTGATGACATGCCAGCTCATATCAAGTCATCAATGTTTGGATGTCA
EST: CGCCTTGGAGGCATACTATGGAAG GTCCTGATGACATGCCAGCTCATATCAAGTCATCAATGTTTGGATGTCAACEST: gi|86028440|gb|DR324193.1|DR324193
genomic: CGCCTTGGAGGCATACTATGGAAGgttagttgtt ... ataattgcagGTCCTGATGACATGCCAGCTCATATCAAGTCATCAATGTTTGGATGTCAAC
EST: GGGAATTCAGCGCCTTGGAGGCATACTATGGAAG GTCCTGATGACATGCCAGCTCATATC
genomic: GGGAATTCAGCGCCTTGGAGGCATACTATGGAAGgttagttgtt ... ataattgcagGTCCTGATGACATGCCAGCTCATATC
tctgatttcatgaattttgttgtaattagatttgaattgtgttaaataattgcagGTCCTGATGACATGCCAGCTCATATCAAGTCATCAATGTTTGGATGTCAACTCAC
atctgat putative branch site (score: 4)
taattagatttgaatt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gttagttgttggtttcatcagactaaagctaatttatatatgaacacacgataaaatcaaagatgttgttccctttatcctctgaaatgtgattctctttggcattacatctgatttcatgaattttgttgtaattagatttgaattgtgttaaataattgcagGTCCTGATGACATGCCAGCTCATATCAAGTCATCAATGTTTGGATGTCAACTCAC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTCA