Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgaggtgtcaatttagagcatcaatccataatcgctctcaactgctgctatgtgtatcttatatatgttttttctttcatgtagTTATGCTGATGGGCTCCTTAGTTTATGGCATAAGATACACTTTGCCTGAGTATCTTTGCACCTTTCTTGTTGCCGGAGGAGTATCTATGTTTGCCCTTCT

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT1G14360.1
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT1G14360.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA01G05170.1 (Glycine max), 3'ss of exon 4
-------gtgaggtgtcaattt---agagcatcaatccataatc-gctctcaactgctgctatgtgtatcttatatatgttt----tttctttcatgtagTTATGCTGATGGGCTCCTTAGTTTATGGCATAAGATACACTTTGCCTGAGTATCTTTGCACCTTTCTTGTTGCCGGAGGAGTATCTATGTTTGCCCTTCT
        |    | |  ||||   | |   | |||   |  || | |      |   |   | |   ||| | | | | ||    || | || ||| |||||||||||||||  |  | || ||||| |||||||||||||| || || || ||||| || ||||||||||| ||||| ||||| |  ||||| |||||
tataatcattttttattgatttttaaaaattttaatttgtcctcagattatgtataaggtactcttggtctaacaaaagattcactttaccttaatgcagTTATGCTGATGGGTACTCTGGTATATGGTATAAGATACACTTTTCCAGAATACCTTTGTACTTTTCTTGTTGCTGGAGGGGTATCAACATTTGCACTTCT
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|86025311|gb|DR321064.1|DR321064
EST:     GTCCTTGCAAAATCTTCCAAAATGATTCCAG                         TTATGCTGATGGGCTCCTTAGTTTATGGCATAAGATACACTTTG
genomic: GTCCTTGCAAAATCTTCCAAAATGATTCCAGgtgaggtgtc ... tttcatgtagTTATGCTGATGGGCTCCTTAGTTTATGGCATAAGATACACTTTG
EST: gi|86025290|gb|DR321043.1|DR321043
EST:     GTCCTTGCAAAATCTTCCAAAATGATTCCAG                         TTATGCTGATGGGCTC-TTAGTTTATGGCATAAGATACACTTT
genomic: GTCCTTGCAAAATCTTCCAAAATGATTCCAGgtgaggtgtc ... tttcatgtagTTATGCTGATGGGCTCCTTAGTTTATGGCATAAGATACACTTT
EST: gi|116432753|gb|EG475345.1|EG475345
EST:     GTCCTTGCAAAATCTTCCAAAATGATTCCAG                         TTATGCTGATGGGCTCCTTAGTTTATGGCATAAGATACACTTTGCCTGAGT
genomic: GTCCTTGCAAAATCTTCCAAAATGATTCCAGgtgaggtgtc ... tttcatgtagTTATGCTGATGGGCTCCTTAGTTTATGGCATAAGATACACTTTGCCTGAGT
EST: gi|86025306|gb|DR321059.1|DR321059
EST:     GTCCTTGCAAAATCTTCCAAAATGATTCCAG                         TTAATGCTGATGGGCTCCTTA
genomic: GTCCTTGCAAAATCTTCCAAAATGATTCCAGgtgaggtgtc ... tttcatgtagTTA-TGCTGATGGGCTCCTTA
EST: gi|86025304|gb|DR321057.1|DR321057
EST:     GTCCTTGCAAAATCTTCCAAAATGATTCCAG                         TTATGCTGATGGGCTCCTTAGTTTATGGCATAAGATACACTTTGCCTGAGT
genomic: GTCCTTGCAAAATCTTCCAAAATGATTCCAGgtgaggtgtc ... tttcatgtagTTATGCTGATGGGCTCCTTAGTTTATGGCATAAGATACACTTTGCCTGAGT
EST: gi|86025302|gb|DR321055.1|DR321055
EST:     GTCCTTGCAAAATCTTCCAAAATGATTCCAG                         TTATGCTGATGGGCTCCTTAGTTTATGGCATAAGATACACTTTGC
genomic: GTCCTTGCAAAATCTTCCAAAATGATTCCAGgtgaggtgtc ... tttcatgtagTTATGCTGATGGGCTCCTTAGTTTATGGCATAAGATACACTTTGC
EST: gi|86025312|gb|DR321065.1|DR321065
EST:     GTCCTTGCAAAATCTTCCAAAATGATTCCAG                         TTATGCTGATGGGCTCCTTAGTTTATGGCATAAGATACACTTTGC
genomic: GTCCTTGCAAAATCTTCCAAAATGATTCCAGgtgaggtgtc ... tttcatgtagTTATGCTGATGGGCTCCTTAGTTTATGGCATAAGATACACTTTGC
EST: gi|86025295|gb|DR321048.1|DR321048
EST:     GTCCTTGCAAAATCTTCCAAAATGATTCCAG                         TTATGCTGATGGGCTCCTTAGTTTATGGCATAAGATACA
genomic: GTCCTTGCAAAATCTTCCAAAATGATTCCAGgtgaggtgtc ... tttcatgtagTTATGCTGATGGGCTCCTTAGTTTATGGCATAAGATACA
EST: gi|86025300|gb|DR321053.1|DR321053
EST:     GTCCTTGCAAAATCTTCCAAAATGATTCCAG                         TTATGCTGATGGGCTCCTTAGTTTATGGCATAAGATACACTTTG
genomic: GTCCTTGCAAAATCTTCCAAAATGATTCCAGgtgaggtgtc ... tttcatgtagTTATGCTGATGGGCTCCTTAGTTTATGGCATAAGATACACTTTG
EST: gi|86025294|gb|DR321047.1|DR321047
EST:     GTCCTTGCAAAATCTTCCAAAATGATTCCAG                         TTATGCTGATGGGCTCCTTAGTTTATGGCATAAGATACACTT
genomic: GTCCTTGCAAAATCTTCCAAAATGATTCCAGgtgaggtgtc ... tttcatgtagTTATGCTGATGGGCTCCTTAGTTTATGGCATAAGATACACTT
EST: gi|86025293|gb|DR321046.1|DR321046
EST:     GTCCTTGCAAAATCTTCCAAAATGATTCCAG                         TTATGCTGATGGGCTCCTTAGTTTATGGC
genomic: GTCCTTGCAAAATCTTCCAAAATGATTCCAGgtgaggtgtc ... tttcatgtagTTATGCTGATGGGCTCCTTAGTTTATGGC
EST: gi|86025307|gb|DR321060.1|DR321060
EST:     GTCCTTGCAAAATCTTCCAAAATGATTCCAG                         TTATGGCTGATGGGCTCCTTAG
genomic: GTCCTTGCAAAATCTTCCAAAATGATTCCAGgtgaggtgtc ... tttcatgtagTTATG-CTGATGGGCTCCTTAG
EST: gi|86025299|gb|DR321052.1|DR321052
EST:     GTCCTTGCAAAATCTTCCAAAATGATTCCAG                         TTATGCTGATGGGCTCCTTAGTTTATGGCATAAGATACACTTTG
genomic: GTCCTTGCAAAATCTTCCAAAATGATTCCAGgtgaggtgtc ... tttcatgtagTTATGCTGATGGGCTCCTTAGTTTATGGCATAAGATACACTTTG
EST: gi|86025310|gb|DR321063.1|DR321063
EST:     GTCCTTGCAAAATCTTCCAAAATGATTCCAG                         TTATGCTGATGGGCTCCTTAGTTTATGGCATAAGATACACTTTGC
genomic: GTCCTTGCAAAATCTTCCAAAATGATTCCAGgtgaggtgtc ... tttcatgtagTTATGCTGATGGGCTCCTTAGTTTATGGCATAAGATACACTTTGC
EST: gi|86025292|gb|DR321045.1|DR321045
EST:     GTCCTTGCAAAATCTTCCAAAATGATTCCAG                         TTATGCTGATGGGCTCCTTAGTTTTATGGCATAAGATACAC
genomic: GTCCTTGCAAAATCTTCCAAAATGATTCCAGgtgaggtgtc ... tttcatgtagTTATGCTGATGGGCTCCTTAGTTT-ATGGCATAAGATACAC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aatcgctctcaactgctgctatgtgtatcttatatatgttttttctttcatgtagTTATGCTGATGGGCTCCTTAGTTTATGGCATAAGATACACTTTGCCTGAGTATCTTTGCACCTTTCTTGTTGCCGGAGGAGTATCTATGTTTGCCCTTCT
                                  tatgttttttctttc  CT-rich tract
                         tatcttatatatgttt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtgaggtgtcaatttagagcatcaatccataatcgctctcaactgctgctatgtgtatcttatatatgttttttctttcatgtagTTATGCTGATGGGCTCCTTAGTTTATGGCATAAGATACACTTTGCCTGAGTATCTTTGCACCTTTCTTGTTGCCGGAGGAGTATCTATGTTTGCCCTTCT

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG