1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
gtaaactattaaactcattaactctctcctgcaatctgcaaggcagtctttaggaatgtgaatattaggaaataacttttactttgtgggttgatttgtttagTTATGTAGCACCAGAATACGCTTGCACCGGAATGTTAAACGAGAAGAGTGATATCTATAGCTTCGGAATACTAATCATGGAGATAATCACTGGAAGAAAC
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT1G01540.1 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TTGGGGTCTGAGAGCAGTTATGTGACTACTCGTGTGATGGGAACTT-CGG TTATGTAGCACCAGAATACGCTTGCACCGGAATGEST: gi|125178491|gb|EL196904.1|EL196904
genomic: TTGGGGTCTGAGAGCAGTTATGTGACTACTCGTGTGATGGGAACTTTCGGgtaaactatt ... atttgtttagTTATGTAGCACCAGAATACGCTTGCACCGGAATG
EST: CTCGTGTGATGGGAACTTTCGG TTATGTAGCACCAGAATACGCTTGCACCGGAATGTTAAACGAGAAGAGTGA
genomic: CTCGTGTGATGGGAACTTTCGGgtaaactatt ... atttgtttagTTATGTAGCACCAGAATACGCTTGCACCGGAATGTTAAACGAGAAGAGTGA
tttaggaatgtgaatattaggaaataacttttactttgtgggttgatttgtttagTTATGTAGCACCAGAATACGCTTGCACCGGAATGTTAAACGAGAAGAGTGATATCTATAGCTTCGGAATACTAATCATGGAGATAATCACTGGAAGAAAC
tttgttt CT-rich tract
aatattaggaaataac TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaaactattaaactcattaactctctcctgcaatctgcaaggcagtctttaggaatgtgaatattaggaaataacttttactttgtgggttgatttgtttagTTATGTAGCACCAGAATACGCTTGCACCGGAATGTTAAACGAGAAGAGTGATATCTATAGCTTCGGAATACTAATCATGGAGATAATCACTGGAAGAAAC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAA