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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtagtagcaagacttgacaaattatctgatagtcctgtactcctgttctgtttgaattctaatatgcctttctaagcagATAGGTGGACTACTTAAATACTTAAATATCGTTGCAAGCTTGACAGCAGAAAGAGATGGTGAACTCAGGAAAGCTGCTTTGAACACCATGGCTACTGGTT

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT2G35630.1
intron # 38
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|124796778|gb|EH886457.1|EH886457
EST:     TAGAGTGTACTGATCTCATAGGATATCTACTCGAGACTTGTGGAACTGAG                         ATAGGTGGACTACTTAAATA
genomic: TAGAGTGTACTGATCTCATAGGATATCTACTCGAGACTTGTGGAACTGAGgtagtagcaa ... ttctaagcagATAGGTGGACTACTTAAATA
EST: gi|116407288|gb|EG449880.1|EG449880
EST:     TAGAGTGTACTGATCTCATAGGATATCTACTCGAGACTTGTGGAACTGAG                         ATAGGTGGACTACTTAAATACTTAAATATCGTTGCAAGCTTGACAGCAGAA
genomic: TAGAGTGTACTGATCTCATAGGATATCTACTCGAGACTTGTGGAACTGAGgtagtagcaa ... ttctaagcagATAGGTGGACTACTTAAATACTTAAATATCGTTGCAAGCTTGACAGCAGAA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tctgatagtcctgtactcctgttctgtttgaattctaatatgcctttctaagcagATAGGTGGACTACTTAAATACTTAAATATCGTTGCAAGCTTGACAGCAGAAAGAGATGGTGAACTCAGGAAAGCTGCTTTGAACACCATGGCTACTGGTT
                                ttctaat  putative branch site (score: 2)
                                        tgcctttct  CT-rich tract
                          tttgaattctaatat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
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---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtagtagcaagacttgacaaattatctgatagtcctgtactcctgttctgtttgaattctaatatgcctttctaagcagATAGGTGGACTACTTAAATACTTAAATATCGTTGCAAGCTTGACAGCAGAAAGAGATGGTGAACTCAGGAAAGCTGCTTTGAACACCATGGCTACTGGTT

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