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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gttctacttcttctcctctaattttctagaaaaactcatactaattatctgagatctaactttctgtcttcggactgaaaatggtaaaacagAGAAGAGATGTCTATGGTGCTTTTGAGCAGTACCTCGGGTTGGAGCATGCTGACACTACTCCTAAGAGGGCTTATGCTGCAAACCAG

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT5G06600.1
intron # 30
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT5G06600.2 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 30
lower sequence: Vv08s0032g00600.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 30
--------------------gttctacttcttctcctctaattttcta-gaaaaactcat-actaattatctgagatctaactttctgtcttcggactgaaaat---ggtaaaa------cagAGAAGAGATGTCTATGGTGCTTTTGAGCAGTACCTCGGGTTGGAGCATGCTGACACTACTCCTAAGAGGGCTTATGCTGCAAACCAG
                     || |   |  |     |  ||   ||  | ||||||  | | | ||  |   ||   |    ||   | |   |  | ||  |   |||  |       |||||||||||||| ||||||||||  || |||||||| ||| |||||||  |||| ||| ||||||| ||||||||||| ||||| |||
gtgtcttaaatttaaaattatttttttcttgtgaatgccgatggcctgtgcaaaacttgtgatttatcctgatagggtttttattgaatttcgagtttaaatgttttggtttattttgttcagAGAAGAGATGTTTATGGTGCTTGGGAACAGTACCTTGGGCTGGAGCACTCTGATACTGCTCCTAAAAGGGCTTATGCAGCAAATCAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|124881128|gb|EH960030.1|EH960030
EST:     GGCGTCCAGAGTACTTGCAGGACACAGATGTTGTTTATAATCGCTTCCAG                         AGAAGAGATGTCTATGGTG
genomic: GGCGTCCAGAGTACTTGCAGGACACAGATGTTGTTTATAATCGCTTCCAGgttctacttc ... ggtaaaacagAGAAGAGATGTCTATGGTG






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atactaattatctgagatctaactttctgtcttcggactgaaaatggtaaaacagAGAAGAGATGTCTATGGTGCTTTTGAGCAGTACCTCGGGTTGGAGCATGCTGACACTACTCCTAAGAGGGCTTATGCTGCAAACCAG
     aattatct  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
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---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gttctacttcttctcctctaattttctagaaaaactcatactaattatctgagatctaactttctgtcttcggactgaaaatggtaaaacagAGAAGAGATGTCTATGGTGCTTTTGAGCAGTACCTCGGGTTGGAGCATGCTGACACTACTCCTAAGAGGGCTTATGCTGCAAACCAG

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