Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   		30  
 5'  3'   		31  
 5'  3'   		32  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gttagtgaataagcctttggactgagttataaatagatatttttatcgtccttatacatttttttctttaatagGCCACCTCTAAACCTTCTCCGGCAAGAGCTGGAAGGAACCACCATATATTTGGACGTCTTGCAAAAGACAACTTCTGGGCTTGCGGATGATGCATCTAAC

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT3G43300.1
intron # 30
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|125286233|gb|EL300318.1|EL300318
EST:     TATTCTAACCTTAGAACACGTATGAATCACATTCCCACAGAGAG                         GCCACCTCTAAACCTTCTCCGGCAAGAGCTGGAAAGGAACCACCATATATT
genomic: TATTCTAACCTTAGAACACGTATGAATCACATTCCCACAGAGAGgttagtgaat ... tctttaatagGCCACCTCTAAACCTTCTCCGGCAAGAGCTGGAA-GGAACCACCATATATT
EST: gi|86059723|gb|DR355480.1|DR355480
EST:     AATTCATATTCTAACCTTAGAACACGTATGAATCACATTCCCACAGAGAG                         GCCACCTCTAAACCTTCTCCGGCAAGAGCTGGAAGGAACCACCATATATTT
genomic: AATTCATATTCTAACCTTAGAACACGTATGAATCACATTCCCACAGAGAGgttagtgaat ... tctttaatagGCCACCTCTAAACCTTCTCCGGCAAGAGCTGGAAGGAACCACCATATATTT
EST: gi|164232881|gb|ES127633.1|ES127633
EST:     AATTCATATTCTAACCTTAGAACACGTATGAATCACATTCCCACAGAGAG                         GCCACCTCTAAACCTTCTCCGGCAAGAGCTGGAAGGAACCACCATAT
genomic: AATTCATATTCTAACCTTAGAACACGTATGAATCACATTCCCACAGAGAGgttagtgaat ... tctttaatagGCCACCTCTAAACCTTCTCCGGCAAGAGCTGGAAGGAACCACCATAT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gactgagttataaatagatatttttatcgtccttatacatttttttctttaatagGCCACCTCTAAACCTTCTCCGGCAAGAGCTGGAAGGAACCACCATATATTTGGACGTCTTGCAAAAGACAACTTCTGGGCTTGCGGATGATGCATCTAAC
                             tccttatacatttttt  CT-rich tract
     agttataaatagatat  TA-rich tract