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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagagcaaaggatgtctttaactaattagaggaacatattataaacttttggtaatattgaaacatgatgcagAATAATGACGACGAGGCAGAGACATTGCTAAGGGAACACACACTTCCGATAATGGGACCAGAGAGGCTTCAAGAAGTAGGTTCTTGTTTAAGCTTGGAGA

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT3G01310.2
intron # 30
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|86060291|gb|DR356048.1|DR356048
EST:     TCCGCATTGAACTTACATTTAGCCGTGGAGCTGATTTGTCTCCCTTAAGG                         AATAATGACGACGAGGCAGAGACATTGCTAAGGGAACACACACTTCCGATA
genomic: TCCGCATTGAACTTACATTTAGCCGTGGAGCTGATTTGTCTCCCTTAAGGgtaagagcaa ... catgatgcagAATAATGACGACGAGGCAGAGACATTGCTAAGGGAACACACACTTCCGATA
EST: gi|124965059|gb|EL039276.1|EL039276
EST:     TCCGCATTGAACTTACATTTAGCCGTGGAGCTGATTTGTCTCCCTTAAGG                         AATAATGACGACGAGGCAGAGACATTAGACTAAGGGAACACACACTTCCGA
genomic: TCCGCATTGAACTTACATTTAGCCGTGGAGCTGATTTGTCTCCCTTAAGGgtaagagcaa ... catgatgcagAATAATGACGACGAGGCAGAGACATT-G-CTAAGGGAACACACACTTCCGA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

taactaattagaggaacatattataaacttttggtaatattgaaacatgatgcagAATAATGACGACGAGGCAGAGACATTGCTAAGGGAACACACACTTCCGATAATGGGACCAGAGAGGCTTCAAGAAGTAGGTTCTTGTTTAAGCTTGGAGA
 aactaat  putative branch site (score: 2)
                 atattataaacttttg  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
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gtaagagcaaaggatgtctttaactaattagaggaacatattataaacttttggtaatattgaaacatgatgcagAATAATGACGACGAGGCAGAGACATTGCTAAGGGAACACACACTTCCGATAATGGGACCAGAGAGGCTTCAAGAAGTAGGTTCTTGTTTAAGCTTGGAGA

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