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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtattatcataactccgtgaaaagatcaactaattcatttgctggtcgaaacaacctgagatctttgtcttgtagGTATTCCATGTGCTAAAGCTTGGTCAAGGCCAGGATATAACCGCACTGGCTCTGAACGTTGACAACACGAACCTCTTAGTTTCCACAGAAGATAAACAAT

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT2G45540.2
intron # 30
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|124911198|gb|EH985278.1|EH985278
EST:     ATGTTCCATCTCCTTCAATTTGCTTCCTCAACTTATACACACTACAG                         GTATTCCATGTGCTAAAGCTTGGTCAAGGCCAGGATATAACCGCACTGGCT
genomic: ATGTTCCATCTCCTTCAATTTGCTTCCTCAACTTATACACACTACAGgtattatcat ... tgtcttgtagGTATTCCATGTGCTAAAGCTTGGTCAAGGCCAGGATATAACCGCACTGGCT






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aaagatcaactaattcatttgctggtcgaaacaacctgagatctttgtcttgtagGTATTCCATGTGCTAAAGCTTGGTCAAGGCCAGGATATAACCGCACTGGCTCTGAACGTTGACAACACGAACCTCTTAGTTTCCACAGAAGATAAACAAT
       aactaat  putative branch site (score: 2)
                                         tctttgtctt  putative PPT
          taattcattt  TA-rich tract