Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   		30  
 5'  3'   		31  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...gggttggatgtacctttctatacgcctattccaattcggcaacctttcagatacagggaaagctcgttcggtatggcttatattctgtgaaatgctgcagGTCCTGGGTGCTGCCATCAATATATATGCCAACAAGCACAAAGAGCGCCCTGACCGTCTCATCGACATGTTAACAAGCAGCCATCG

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT2G25730.1
intron # 30
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT2G25730.2 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 33
lower sequence: Vv04s0008g04520.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 36
gggttggatgtacctttctatacgcctattccaattcggcaacctttcaga--tacagggaaagctcgttcggtatggcttata----ttctgt-gaaatgctgcagGTCCTGGGTGCTGCCATCAATATATATGCCAACAAGCACAAAGAGCGCCCTGACCGTCTCATCGACATGTTAACAAGCAGCCATCG
          | ||||| |  | |  | ||  ||      |    || | |  |    | | |  |  ||   ||   ||||      || ||| | |||| || ||||||| || ||||| || ||| ||||||||||||  |||||||| |||||||| || ||||| |||||| | ||||| |||||  |
------tgcttccctttttgcaagt-tcttaaaaacgaatagtacttaataattgtgagcatattttattaaataaatcttaaggtgtttatgttggaatggtgtagGTCCTAGGGGCTGCAATAAATGTATATGCCAACAGACACAAAGAACGCCCTGATCGGCTCATAGACATGCTGACAAGTAGCCACAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|47828462|gb|CK118146.1|CK118146
EST:     AACTTTTCAAAAACATTAAGGGAACAATCCAGGATGATGACTGGGATCAG                         GTCCTGGGTGCTGCCATCAATATATATGCCAACAAGCACAAAGAGCGCCCT
genomic: AACTTTTCAAAAACATTAAGGGAACAATCCAGGATGATGACTGGGATCAGgtactgaaca ... aatgctgcagGTCCTGGGTGCTGCCATCAATATATATGCCAACAAGCACAAAGAGCGCCCT






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttcagatacagggaaagctcgttcggtatggcttatattctgtgaaatgctgcagGTCCTGGGTGCTGCCATCAATATATATGCCAACAAGCACAAAGAGCGCCCTGACCGTCTCATCGACATGTTAACAAGCAGCCATCG
                                ttatattct  TA-rich tract