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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgcttagttgtaaagcagatcgataaaactgctctcatttctattcgtatatttcacagctgaatgttgacatatcattttacctgtcttaaagCTCACAAGTCGATCCAGCTGGTGACTCATCCAGTCTTCAATTTACTAAGTCACTACCAACCTCTGAATTGAATCTGGCTGAATCCTCTGACGCTGCTACG

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT1G02080.2
intron # 30
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|116449491|gb|EG492083.1|EG492083
EST:     TCAGATATTTCTGTGGATGGTTTTGAATCTTCTCCAGTCTCACTTTTGAG                         CTCACAAGTCGATCCAGCTGGTGACTCATCCAGTCTTCAATTTACTAAGTC
genomic: TCAGATATTTCTGTGGATGGTTTTGAATCTTCTCCAGTCTCACTTTTGAGgtgcttagtt ... tgtcttaaagCTCACAAGTCGATCCAGCTGGTGACTCATCCAGTCTTCAATTTACTAAGTC






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tctattcgtatatttcacagctgaatgttgacatatcattttacctgtcttaaagCTCACAAGTCGATCCAGCTGGTGACTCATCCAGTCTTCAATTTACTAAGTCACTACCAACCTCTGAATTGAATCTGGCTGAATCCTCTGACGCTGCTACG
                         tgttgac  putative branch site (score: 3)
                                      ttttacct  putative PPT
                                atatcatttta  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
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gtgcttagttgtaaagcagatcgataaaactgctctcatttctattcgtatatttcacagctgaatgttgacatatcattttacctgtcttaaagCTCACAAGTCGATCCAGCTGGTGACTCATCCAGTCTTCAATTTACTAAGTCACTACCAACCTCTGAATTGAATCTGGCTGAATCCTCTGACGCTGCTACG

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