Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatggttcttgctactgagaacaatctttttaatgttaaattggcttgaaaagtttgagtcttaatgttgttttttggctgatacagCATGAATGCTCCTGTCATGGTTGAGCTAGAGGGTGAGACTGATCCACTTGAG

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT5G51940.1
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT5G51940.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os07g27930.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
gtatggttcttgctactgagaacaatctttttaatgttaaattggcttgaaaagt---ttgagtcttaatgttgttttttggctg--atacagCATGAATGCTCCTGTCATGGTTGAGCTAGAGGGTGAGACTGATCCACTTGAG
||||| || |    | ||  |   || | |      |||| ||   |    |  |   || |||   | |   | || |    ||  || |||||||||||||||||| ||||| ||||| || || ||||||||||||||||||
gtatgcttttataaaatgtaattcatatatcatcaattaagttaattaatcatatcaattaagtaaaattcgagcttatctattgttatgcagCATGAATGCTCCTGTTATGGTCGAGCTTGAAGGGGAGACTGATCCACTTGAG

upper sequence: AT5G51940.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os03g38960.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
gtatggttct---tgctactgagaacaatctttttaatgttaaattggcttgaaaagtttg-agtcttaatgttgttttttggc-tgatacagCATGAATGCTCCTGTCATGGTTGAGCTAGAGGGTGAGACTGATCCACTTGAG
||||| ||||   |   |    | ||| | ||   ||| | |       | |   |   |  ||| |||||     ||  ||   |  || |||||||||||||| || ||||||||||| ||||| || |||||||| ||||||
gtatgtttctatatatcatattgcacagtattgccaatttgatggctaatagtttaccatacagtattaataacccttgctgttgttttatagCATGAATGCTCCAGTTATGGTTGAGCTTGAGGGAGAAACTGATCCTCTTGAG

upper sequence: AT5G51940.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os08g32990.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
gtatggttcttgctactgagaacaatctttttaatgttaaattggcttgaaaagt---ttgagtcttaatgttgttttttggctg--atacagCATGAATGCTCCTGTCATGGTTGAGCTAGAGGGTGAGACTGATCCACTTGAG
||||| || |    | ||  | |  | | |      |||| ||   |    |  |   || |||   | |   | || |    ||  || |||||||||||||||||| ||||| ||||| || || | |||| |||||||||||
gtatgcttttataaaatgtaatctgtatatcatcaattaagttaattaatcatatcaattaagtaaaattcgagcttatctattgttatgcagCATGAATGCTCCTGTTATGGTCGAGCTTGAAGGGGGGACTTATCCACTTGAG

upper sequence: AT5G51940.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 3
lower sequence: GRMZM2G086904_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 3
gtatggttcttgctactgagaacaatctttttaatgttaaattggcttgaaa---agtttgagtcttaatgttgttttttggctgat-acagCATGAATGCTCCTGTCATGGTTGAGCTAGAGGGTGAGACTGATCCACTTGAG
                 |  || |||  ||| | |||| ||   |    |||   |  ||    | ||||  |    || | ||  |  ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||| || ||||||
-----------------gttaataat--tttgagtgttgaacatgtaaaaaacctatcttccaacctaatactaaccttagtctttttgcagCATGAATGCTCCAGTCATGGTTGAGCTTGAGGGTGAAACTGACCCTCTTGAG

upper sequence: AT5G51940.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 3
lower sequence: GRMZM2G013600_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 3
--gtatggttcttgctactgagaacaatcttt----ttaatgttaaattggcttgaaa-agtttgagtcttaatgttgttttttgg-ctgatacagCATGAATGCTCCTGTCATGGTTGAGCTAGAGGGTGAGACTGATCCACTTGAG
    | |   |||||   | ||   |||  ||     || |||| |    |    |   |  |||   | ||||  |  | ||| | ||  | ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| || ||||| || ||||||
gtacacgagccttgcagataaggttaatagttaatactagtgttgagcatgtaaaagctatcttgcaacctaatactaatctttagtcttttgcagCATGAATGCTCCAGTCATGGTTGAGCTTGAGGGAGAAACTGACCCTCTTGAG

upper sequence: AT5G51940.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 3
lower sequence: GRMZM2G013600_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 3
gtatggttcttgctactgagaacaatcttt-ttaatgttaaattggcttgaaaagt-ttgagtcttaatgttgttttttgg-ctgatacagCATGAATGCTCCTGTCATGGTTGAGCTAGAGGGTGAGACTGATCCACTTGAG
                 |  || | |   |  || |||| |    |    |    | |||   | ||||  |  | ||| | ||  | ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| || ||||| || ||||||
-----------------gttaatagttaatactagtgttgagcatgtaaaagctatcttgcaacctaatactaatctttagtcttttgcagCATGAATGCTCCAGTCATGGTTGAGCTTGAGGGAGAAACTGACCCTCTTGAG

upper sequence: AT5G51940.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA10G38350.2 (Glycine max), 3'ss of exon 3
gtatggttcttgctactgagaacaatctttttaatgttaaattggcttgaaaagtttgagtcttaatgttgttttttggctgatacagCATGAATGCTCCTGTCATGGTTGAGCTAGAGGGTGAGACTGATCCACTTGAG
         ||| | | |   |   |    ||||  ||    |   ||||  | ||  |      ||||||  |||  | |    ||| |||||||| ||||||||||||||| | ||||| || ||||| |||||||||
-------gtttgtt-caggacatcgtgagcttaagattctgctca-ttgattatttctaac----atgttgcctttctggttgagcagTATGAATGCACCTGTCATGGTTGAGTTGGAGGGGGAAACTGACCCACTTGAG

upper sequence: AT5G51940.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 3
lower sequence: Vv12s0028g01210.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
gtatggttcttgctactgagaacaatctttttaatgttaaattggcttgaaaagtttgagtcttaatgttgttt--tttggctgatacagCATGAATGCTCCTGTCATGGTTGAGCTAGAGGGTGAGACTGATCCACTTGAG
       | ||  |   |  | | |||  | ||| ||    ||| | |     |||   | | ||||  | |||  | ||| |    |||||||||||| ||||| ||||||||| | |||||||||||||| |||||||||
------gttttattttcggaacctatcaatctaaagtcctgttgacctaggtggttgatgccataataatttttcatgtggattgagcagCATGAATGCGCCTGTGATGGTTGAGTTGGAGGGTGAGACTGACCCACTTGAG

upper sequence: AT5G51940.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 3
lower sequence: Vv16s0100g00530.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 5
gtatggttcttgctact-----gagaacaatctttttaatgttaaattggcttgaaaagtttgagtcttaatg--ttgttttttggctgatacagCATGAATGCTCCTGTCATGGTTGAGCTAGAGGGTGAGACTGATCCACTTGAG
|| ||||| |    |||     |   | |||| |||||||   || |||| ||||    ||   |  ||||    || |  | ||| |    |||||||||||| ||||| ||||||||  | ||||||||||| ||||||||||||
gtttggttttcttaactttttagtctaaaatccttttaat--caagttgg-ttgatgccttaacgatttaacaaattttcatgtgggttgggcagCATGAATGCGCCTGTGATGGTTGAATTGGAGGGTGAGACAGATCCACTTGAG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|86024724|gb|DR320477.1|DR320477
EST:     ACCAAGTATGAGCGTGCTCGTATCCTCGGCACTCGCGCTTTGCAGATTAG                         CATGAATGCTCCTGTCATGGTTGAGCTAGAGGGTGAGACTGATCCACTTGA
genomic: ACCAAGTATGAGCGTGCTCGTATCCTCGGCACTCGCGCTTTGCAGATTAGgtatggttct ... gctgatacagCATGAATGCTCCTGTCATGGTTGAGCTAGAGGGTGAGACTGATCCACTTGA
EST: gi|86075593|gb|DR371350.1|DR371350
EST:     ACCAAGTATGAGCGTGCTCGTATCCTCGGCACTCGCGCTTTGCAGATTAG                         CATGAATGCTCCTGTCATGGTTGAGCTAGAGGGTGAGACTGATCCACTTGA
genomic: ACCAAGTATGAGCGTGCTCGTATCCTCGGCACTCGCGCTTTGCAGATTAGgtatggttct ... gctgatacagCATGAATGCTCCTGTCATGGTTGAGCTAGAGGGTGAGACTGATCCACTTGA
EST: gi|86024725|gb|DR320478.1|DR320478
EST:     ACCAAGTATGAGCGTGCTCGTATCCTCGGCACTCGCGCTTTGCAGATTAG                         CATGAATGCTCCTGTCATGGTTGAGCTAGAGGGTGAGACTGATCCACTTGA
genomic: ACCAAGTATGAGCGTGCTCGTATCCTCGGCACTCGCGCTTTGCAGATTAGgtatggttct ... gctgatacagCATGAATGCTCCTGTCATGGTTGAGCTAGAGGGTGAGACTGATCCACTTGA
EST: gi|86024718|gb|DR320471.1|DR320471
EST:     ACCAAGTATGAGCGTGCTCGTATCCTCGGCACTCGCGCTTTGCAGATTAG                         CATGAATGCTCCTGTCATGGTTGAGCTAGAGGGTGAGACTGATCCACTTGA
genomic: ACCAAGTATGAGCGTGCTCGTATCCTCGGCACTCGCGCTTTGCAGATTAGgtatggttct ... gctgatacagCATGAATGCTCCTGTCATGGTTGAGCTAGAGGGTGAGACTGATCCACTTGA
EST: gi|86024719|gb|DR320472.1|DR320472
EST:     ACCAAGTATGAGCGTGCTCGTATCCTCGGCACTCGCGCTTTGCAGATTAG                         CATGAATGCTCCTGTCATGGTTGAGCTAGAGGGTGAGACTGATCCACTTGA
genomic: ACCAAGTATGAGCGTGCTCGTATCCTCGGCACTCGCGCTTTGCAGATTAGgtatggttct ... gctgatacagCATGAATGCTCCTGTCATGGTTGAGCTAGAGGGTGAGACTGATCCACTTGA
EST: gi|86024716|gb|DR320469.1|DR320469
EST:     CCAAGTATGAGCGTGCTCGTATCCTCGGCACTCGCGACTTTGCAGATTAG                         CATGAATGCTCCTGTCATGGTTGAGCTAGAGGGTWSAGACTGATCCACTTG
genomic: CCAAGTATGAGCGTGCTCGTATCCTCGGCACTCGCG-CTTTGCAGATTAGgtatggttct ... gctgatacagCATGAATGCTCCTGTCATGGTTGAGCTAGAGGGTG-AGACTGATCCACTTG
EST: gi|163969230|gb|ES020432.1|ES020432
EST:     GTATGAGCGTGCTCGTATCCTCGGCACTCGCGCTTTGCAGATTAG                         CATGAATGCTCCTGTCATGGTTGAGCTAGAGGGTGAGACT
genomic: GTATGAGCGTGCTCGTATCCTCGGCACTCGCGCTTTGCAGATTAGgtatggttct ... gctgatacagCATGAATGCTCCTGTCATGGTTGAGCTAGAGGGTGAGACT
EST: gi|86024723|gb|DR320476.1|DR320476
EST:     ACCAAGTATGAGCGTGCTCGTATCCTCGGCACTCGCGCTTTGCAGATTAG                         CATGAATGCTCCTGTCATGGTTGAGCTAGAGGGTGAGACTGATCCACTTGA
genomic: ACCAAGTATGAGCGTGCTCGTATCCTCGGCACTCGCGCTTTGCAGATTAGgtatggttct ... gctgatacagCATGAATGCTCCTGTCATGGTTGAGCTAGAGGGTGAGACTGATCCACTTGA
EST: gi|86024715|gb|DR320468.1|DR320468
EST:     ACCAAGTATGAGCGTGCTCGTATCCTCGGCACTCGCGCTTTGCAGATTAG                         CATGAATGCTCCTGTCATGGTTGAGCTAGAGGGTGAGACTGATCCACTTGA
genomic: ACCAAGTATGAGCGTGCTCGTATCCTCGGCACTCGCGCTTTGCAGATTAGgtatggttct ... gctgatacagCATGAATGCTCCTGTCATGGTTGAGCTAGAGGGTGAGACTGATCCACTTGA
EST: gi|86024714|gb|DR320467.1|DR320467
EST:     ACCAAGTATGAGCGTGCTCGTATCCTCGGCACTCGCGCTTTGCAGATTAG                         CATGAATGCTCCTGTCATGGTTGAGCTAGAGGGTGAGACTGATCCACTTGA
genomic: ACCAAGTATGAGCGTGCTCGTATCCTCGGCACTCGCGCTTTGCAGATTAGgtatggttct ... gctgatacagCATGAATGCTCCTGTCATGGTTGAGCTAGAGGGTGAGACTGATCCACTTGA
EST: gi|86024721|gb|DR320474.1|DR320474
EST:     ACCAAGTATGAGCGTGCTCGTATCCTCGGCACTCGCGCTTTGCAGATTAG                         CATGAATGCTCCTGTCATGGTTGAGCTAGAGGGTGAGACTGATCCACTTGA
genomic: ACCAAGTATGAGCGTGCTCGTATCCTCGGCACTCGCGCTTTGCAGATTAGgtatggttct ... gctgatacagCATGAATGCTCCTGTCATGGTTGAGCTAGAGGGTGAGACTGATCCACTTGA
EST: gi|86024722|gb|DR320475.1|DR320475
EST:     ACCAAGTATGAGCGTGCTCGTATCCTCGGCACTCGCGCTTTGCAGATTAG                         CATGAATGCTCCTGTCATGGTTGAGCTAGAGGGTGAGACTGATCCACTTGA
genomic: ACCAAGTATGAGCGTGCTCGTATCCTCGGCACTCGCGCTTTGCAGATTAGgtatggttct ... gctgatacagCATGAATGCTCCTGTCATGGTTGAGCTAGAGGGTGAGACTGATCCACTTGA
EST: gi|86024720|gb|DR320473.1|DR320473
EST:     ACCAAGTATGAGCGTGCTCGTATCCTCGGCACTCGCGCTTTGCAGATTAG                         CATGAATGCTCCTGTCATGGTTGAGCTAGAGGGTGAGACTGATCCACTTGA
genomic: ACCAAGTATGAGCGTGCTCGTATCCTCGGCACTCGCGCTTTGCAGATTAGgtatggttct ... gctgatacagCATGAATGCTCCTGTCATGGTTGAGCTAGAGGGTGAGACTGATCCACTTGA
EST: gi|86024726|gb|DR320479.1|DR320479
EST:     ACCAAGTATGAGCGTGCTCGTATCCTCGGCACTCGCGCTTTGCAGATTAG                         CATGAATGCTCCTGTCATGGTTGAGCTAGAGGGTGAGACTGATCCACTTGA
genomic: ACCAAGTATGAGCGTGCTCGTATCCTCGGCACTCGCGCTTTGCAGATTAGgtatggttct ... gctgatacagCATGAATGCTCCTGTCATGGTTGAGCTAGAGGGTGAGACTGATCCACTTGA
EST: gi|86024730|gb|DR320483.1|DR320483
EST:     ACCAAGTATGAGCGTGCTCGTATCCTCGGCACTCGCGCTTTGCAGATTAG                         CATGAATGCTCCTGTCATGGTTGAGCTAGAGGGTGAGACTGATCCACTTGA
genomic: ACCAAGTATGAGCGTGCTCGTATCCTCGGCACTCGCGCTTTGCAGATTAGgtatggttct ... gctgatacagCATGAATGCTCCTGTCATGGTTGAGCTAGAGGGTGAGACTGATCCACTTGA
EST: gi|86024729|gb|DR320482.1|DR320482
EST:     ACCAAGTATGAGCGTGCTCGTATCCTCGGCACTCGCGCTTTGCAGATTAG                         CATGAATGCTCCTGTCATGGTTGAGCTAGAGGGTGAGACTGATCCACTTGA
genomic: ACCAAGTATGAGCGTGCTCGTATCCTCGGCACTCGCGCTTTGCAGATTAGgtatggttct ... gctgatacagCATGAATGCTCCTGTCATGGTTGAGCTAGAGGGTGAGACTGATCCACTTGA
EST: gi|86024713|gb|DR320466.1|DR320466
EST:     ACCAAGTATGAGCGTGCTCGTATCCTCGGCACTCGCGCTTTGCAGATTAG                         CATGAATGCTCCTGTCATGGTTGAGCTAGAGGGTGAGACTGATCCACTTGA
genomic: ACCAAGTATGAGCGTGCTCGTATCCTCGGCACTCGCGCTTTGCAGATTAGgtatggttct ... gctgatacagCATGAATGCTCCTGTCATGGTTGAGCTAGAGGGTGAGACTGATCCACTTGA
EST: gi|86024728|gb|DR320481.1|DR320481
EST:     ACCAAGTATGAGCGTGCTCGTATCCTCGGCACTCGCGCTTTGCAGATTAG                         CATGAATGCTCCTGTCATGGTTGAGCTAGAGGGTGAGACTGATCCACTTGA
genomic: ACCAAGTATGAGCGTGCTCGTATCCTCGGCACTCGCGCTTTGCAGATTAGgtatggttct ... gctgatacagCATGAATGCTCCTGTCATGGTTGAGCTAGAGGGTGAGACTGATCCACTTGA
EST: gi|86024717|gb|DR320470.1|DR320470
EST:     ACCAAGTATGAGCGTGCTCGTATCCTCGGCACTCGCGCTTTGCAGATTAG                         CATGAATGCTCCTGTCATGGTTGAGCTAGAGGGTGAGACTGATCCACTTGA
genomic: ACCAAGTATGAGCGTGCTCGTATCCTCGGCACTCGCGCTTTGCAGATTAGgtatggttct ... gctgatacagCATGAATGCTCCTGTCATGGTTGAGCTAGAGGGTGAGACTGATCCACTTGA
EST: gi|86024727|gb|DR320480.1|DR320480
EST:     ACCAAGTATGAGCGTGCTCGTATCCTCGGCACTCGCGCTTTGCAGATTAG                         CATGAATGCTCCTGTCATGGTTGAGCTAGAGGGTGAGACTGATCCACTTGA
genomic: ACCAAGTATGAGCGTGCTCGTATCCTCGGCACTCGCGCTTTGCAGATTAGgtatggttct ... gctgatacagCATGAATGCTCCTGTCATGGTTGAGCTAGAGGGTGAGACTGATCCACTTGA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atgttaaattggcttgaaaagtttgagtcttaatgttgttttttggctgatacagCATGAATGCTCCTGTCATGGTTGAGCTAGAGGGTGAGACTGATCCACTTGAG
                             ttaatgttgtttttt  TA-rich tract