1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' | 15 5' 3' |
gtgagttcaattagccatttggtattttgattattaacttgtgagttcaaagttcatattgaatagtttttatgcagATATCTTGTTGATGAGAAGAATGCTGAGCAAGCTGAAGCTTTGTCAAAGTTTCTGCAGCTG
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT5G40760.1 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TATGCGAGGACTAAGATTTCTGATGAAGAGCTGAGAGATAGGATTCGTGG ATATCTTGTTGATGAGAAGAATGCTGAGCAAGCTGAAGCTTTGTCAAAGTTEST: gi|86069177|gb|DR364934.1|DR364934
genomic: TATGCGAGGACTAAGATTTCTGATGAAGAGCTGAGAGATAGGATTCGTGGgtgagttcaa ... ttttatgcagATATCTTGTTGATGAGAAGAATGCTGAGCAAGCTGAAGCTTTGTCAAAGTT
EST: TATGCGAGGACTAAGATTTCTGATGAAGAGCTGAGAGATAGGATTCGNGG ATATCTTGTTGATGAGAAGAATGCTGAGCAAGCTGAAGCTTTGEST: gi|124999900|gb|EL072169.1|EL072169
genomic: TATGCGAGGACTAAGATTTCTGATGAAGAGCTGAGAGATAGGATTCGTGGgtgagttcaa ... ttttatgcagATATCTTGTTGATGAGAAGAATGCTGAGCAAGCTGAAGCTTTG
EST: AGATAGGATTCGTGG ATATCTTGTTGATGAGAAGAATGCTGAGCAAGCTGAAGCTTTGTCAAAGTTEST: gi|164237311|gb|ES172410.1|ES172410
genomic: AGATAGGATTCGTGGgtgagttcaa ... ttttatgcagATATCTTGTTGATGAGAAGAATGCTGAGCAAGCTGAAGCTTTGTCAAAGTT
EST: ATAGGATTCGTGG ATATCTTGTTGATGAGAAGAATGCTGAGCAAGCTGAAGCTTTGTCAAAGTTEST: gi|125156323|gb|EL185990.1|EL185990
genomic: ATAGGATTCGTGGgtgagttcaa ... ttttatgcagATATCTTGTTGATGAGAAGAATGCTGAGCAAGCTGAAGCTTTGTCAAAGTT
EST: TATGCGAGGACTAAGATTTCTGATGAAGAGCTGAGAGATAGGATTCGTGG ATATCTTGTTGATGAGAAGAATGCTGAGCAAGCT
genomic: TATGCGAGGACTAAGATTTCTGATGAAGAGCTGAGAGATAGGATTCGTGGgtgagttcaa ... ttttatgcagATATCTTGTTGATGAGAAGAATGCTGAGCAAGCT
tattttgattattaacttgtgagttcaaagttcatattgaatagtttttatgcagATATCTTGTTGATGAGAAGAATGCTGAGCAAGCTGAAGCTTTGTCAAAGTTTCTGCAGCTG
tattaac putative branch site (score: 1)
tttttat putative PPT
ttcatattgaatagtt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtgagttcaattagccatttggtattttgattattaacttgtgagttcaaagttcatattgaatagtttttatgcagATATCTTGTTGATGAGAAGAATGCTGAGCAAGCTGAAGCTTTGTCAAAGTTTCTGCAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTG