1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
gtatatactgatgcattattgttaaaatgatccatctttctgtgacaattcatactgttttggggtctattagcgattcataacttatgtgcttttgaatccagAGTCATGGTAAATGTCTGTCGGATCTTTGTGGAGCGTTGCATTGTGATCTTGTTGTAGACACAGCTCGGCTTAAGTCCAAGTGTAATCCTGCAGCTGCTG
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT5G40710.1 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AGTATCTCGATAAGCATTTCGATTCGCGCCATTACAATTTACTTAATGCG AGTCATGGTAAATGTCTGGCGGATCTTTGTGGAGCGTTGCATTGEST: gi|125145435|gb|EL180632.1|EL180632
genomic: AGTATCTCGATAAGCATTTCGATTCGCGCCATTACAATTTACTTAATGCGgtatatactg ... ttgaatccagAGTCATGGTAAATGTCTGTCGGATCTTTGTGGAGCGTTGCATTG
EST: AGTATCTCGATAAGCATTTCGATTCGCGCCATTACAATGTACTTAATGCG AGTCATGGTAAATGTCTGTCGGATCTTTGTGGAGCGEST: gi|19878927|gb|AU239758.1|AU239758
genomic: AGTATCTCGATAAGCATTTCGATTCGCGCCATTACAATTTACTTAATGCGgtatatactg ... ttgaatccagAGTCATGGTAAATGTCTGTCGGATCTTTGTGGAGCG
EST: AGTATCTCGATAAGCATTTCGATTCGCGCCATTACAATTTACTTAATGCG AGTCATGGTAAATGTCTGTCGGATCTTTGTGGAGCGTTGCATTGNGATCTT
genomic: AGTATCTCGATAAGCATTTCGATTCGCGCCATTACAATTTACTTAATGCGgtatatactg ... ttgaatccagAGTCATGGTAAATGTCTGTCGGATCTTTGTGGAGCGTTGCATTGTGATCTT
tcatactgttttggggtctattagcgattcataacttatgtgcttttgaatccagAGTCATGGTAAATGTCTGTCGGATCTTTGTGGAGCGTTGCATTGTGATCTTGTTGTAGACACAGCTCGGCTTAAGTCCAAGTGTAATCCTGCAGCTGCTG
tcataac putative branch site (score: 2)
tgctttt putative PPT
ataacttat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtatatactgatgcattattgttaaaatgatccatctttctgtgacaattcatactgttttggggtctattagcgattcataacttatgtgcttttgaatccagAGTCATGGTAAATGTCTGTCGGATCTTTGTGGAGCGTTGCATTGTGATCTTGTTGTAGACACAGCTCGGCTTAAGTCCAAGTGTAATCCTGCAGCTGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT