1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
...gttctaggatggaaactacggactctaagggatgcgatgttcctataaattataactctaacttttccttattcctcaccttttccttttttttttgtagATATGGATTTCAACCTTCGATGTTCGGAATCCATGCCTGATTTCTCCAGGGTCGGAATAACGGATGGAGATGTCCCAAATGTGCCGGGAAGACGACCCTC
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT5G35603.2 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
taaattataactctaacttttccttattcctcaccttttccttttttttttgtagATATGGATTTCAACCTTCGATGTTCGGAATCCATGCCTGATTTCTCCAGGGTCGGAATAACGGATGGAGATGTCCCAAATGTGCCGGGAAGACGACCCTC
tcctcac putative branch site (score: 2)
ctctaacttttcctta CT-rich tract
ttttcctttttttttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gttctaggatggaaactacggactctaagggatgcgatgttcctataaattataactctaacttttccttattcctcaccttttccttttttttttgtagATATGGATTTCAACCTTCGATGTTCGGAATCCATGCCTGATTTCTCCAGGGTCGGAATAACGGATGGAGATGTCCCAAATGTGCCGGGAAGACGACCCTC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
- - - - - -gaaacta
- - - - - - - - - - -actctaa