Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ttatgttactttaaatttgaactgttctcctaaatatggcttttatgctttgatctcttatgctcagaatgttaatattgcatgatattttgttgtatagGGCGTGCTATGGTGTTTTAAGGTTTGTTATGGAGAGTGGAGCTAAAGGATGCGAA

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT5G35530.1
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT5G35530.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os07g41750.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
ttatgttactttaa--atttgaactgttctcc-taaatatggcttttatgctttgatctcttatgctcagaatgttaatattgcatgatattttgttgtatagGGCGTGCTATGGTGTTTTAAGGTTTGTTATGGAGAGTGGAGCTAAAGGATGCGAA
  |  |  |||  |   |||    |||||||   ||  |||  || | |   || || | || || |     | | | ||     || | |||  ||    |||||||||||||||||  | |||||||||||||||||||| ||||| || || || 
--aaatagcttgtactgtttaggatgttctctacaagcatgctttgtttctctttatgtattttgatttttgtctgactaa-atttgttgtttcttttgccagGGCGTGCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAG

upper sequence: AT5G35530.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA10G26890.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
ttatgttact--ttaaatttgaactgttctcctaaatatggcttttatgctttgatctcttatgctcaga---atgttaatattgcatgatattttgttgtatagGGCGTGCTATGGTGTTTTAAGGTTTGTTATGGAGAGTGGAGCTAAAGGATGCGAA
      || |  || ||     ||| || | ||   |    | |||   |     |   || |     |     |||| |  |||  | | | ||| |  |  ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||| 
----actagtaattgaacaaatactattgttcttttttccccctttgcacgaatgttatttttctgtgggtttgtgtttactttgtgtaa-actttctgtttcagGGCCTGCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAG

upper sequence: AT5G35530.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA10G26790.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
ttatgttact--ttaaatttgaactgtt-ctcctaaatatggcttttatgc-tttgatctcttatgctcagaatgttaatattgcatgatattttgttgtatagGGCGTGCTATGGTGTTTTAAGGTTTGTTATGGAGAGTGGAGCTAAAGGATGCGAA
      || |  || ||  |  ||| ||  || |        |||  | |  | |||| | |           |||| |  |||  | | | ||  |  |  ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||| 
---aactagtaattgaacatatactattgttcttttcccccccttgcacgaatgtgatttttctgtgggtttgtgtttactttgtgtaa-acttcctgtttcagGGCCTGCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAG

upper sequence: AT5G35530.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA20G21190.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
ttatgttactttaaatttgaactgttctcctaaatatggcttttatgctttgatctcttatgctcagaatgttaatattgcatgat--attttgttgtatagGGCGTGCTATGGTGTTTTAAGGTTTGTTATGGAGAGTGGAGCTAAAGGATGCGAA
   |    || |  |||       || |        |  | |  ||||  |  |    |  | |   | ||  | |   |  || |  | ||| |  |  ||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||| |||||||| 
--ctaaccctctgtattgatgtccttttttccccctttccatgaatgcaattcttgtgtgggtttgtagtgacattgcagactgttgaactttctgtttcagGGCTTGCTATGGTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAG

upper sequence: AT5G35530.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA09G28440.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
ttatgttactttaaattt----gaactgttctcctaaatatggcttttatgctttgatctcttatgctcagaatgttaatattgcatgatattttgttgtatagGGCGTGCTATGGTGTTTTAAGGTTTGTTATGGAGAGTGGAGCTAAAGGATGCGAA
    ||   |||||||||       || ||    | ||||    | || ||| |   | |   |   | | ||| |  || |  | | | | | | |  |  ||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||| || ||||||||||| 
---ggtgtttttaaattttccttgtctatttgtgtgaatacaattcttctgcatccctgtagcaaaattataatctctatgtatcttaa-actatttatttcagGGCTTGCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATGCGAG

upper sequence: AT5G35530.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA16G33240.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
ttatgttactttaaatttgaactgt----tctcctaaatatggcttttatgctttgatctcttatgctcagaatgttaatattgcatgatattttgttgtatagGGCGTGCTATGGTGTTTTAAGGTTTGTTATGGAGAGTGGAGCTAAAGGATGCGAA
   || |  || ||||||    |||    |    | || |    | || ||| |   | |   |   | | ||| |  ||||  | | | | | | |  |  ||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||| || || || ||||||||||| 
--gtgct-tttaaaattttccttgtgtatttgtgtgaacacaattcttctgcatccctgtggcaaaattataatctctatatatcttaa-actatttatttcagGGCTTGCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGCGGTGCCAAAGGATGCGAG

upper sequence: AT5G35530.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA16G33230.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
-ttatgttactttaaatttgaactgttctcctaaatatggcttttatgctttgatctcttatgctcagaatgttaatattgcatgatattttgttgtatagGGCGTGCTATGGTGTTTTAAGGTTTGTTATGGAGAGTGGAGCTAAAGGATGCGAA
  | |  |  |||   ||| || | || |  | ||||    | || ||| ||| | |   |   | | ||| |  ||||  | | | | | | |  |  ||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||| || || || || || 
tcttttctcttttttttttaaaatttttttatgaatacaattcttctgcattgctgtggcaaaattataatctctatatatcttaa-actatttgtttcagGGCTTGCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|164207926|gb|ES043173.1|ES043173
EST:     TTACAAGCTTCTTGGTGGTCTTGCTGTTCGTAG                         GGCGTGCTATGGTGTTTTAAGGTTTGTTATTGGAGAGTGGAGCTAAAGGAT
genomic: TTACAAGCTTCTTGGTGGTCTTGCTGTTCGTAGgtatgacgtg ... tgttgtatagGGCGTGCTATGGTGTTTTAAGGTTTGTTAT-GGAGAGTGGAGCTAAAGGAT
EST: gi|164192961|gb|ES075994.1|ES075994
EST:     CAGGCTGAGTCTCTTCGTTACAAGCTTCTTGGTGGTCTTGCTGTTCGTAG                         GGCGTGCTATGGTGTTTTA
genomic: CAGGCTGAGTCTCTTCGTTACAAGCTTCTTGGTGGTCTTGCTGTTCGTAGgtatgacgtg ... tgttgtatagGGCGTGCTATGGTGTTTTA
EST: gi|47831884|gb|CK121568.1|CK121568
EST:     CAGGCTGAGTCTCTTCGTTACAAGCTTCTTGGTGGTCTTGCTGTTCGTAG                         GGCGTGCTATGGTGTTTTAAGGTTTGTTATGGAGAGTGGAGCTAAAGGATG
genomic: CAGGCTGAGTCTCTTCGTTACAAGCTTCTTGGTGGTCTTGCTGTTCGTAGgtatgacgtg ... tgttgtatagGGCGTGCTATGGTGTTTTAAGGTTTGTTATGGAGAGTGGAGCTAAAGGATG
EST: gi|47831852|gb|CK121536.1|CK121536
EST:     CAGGCTGAGTCTCTTCGTTACAAGCTTCTTGGTGGTCTTGCTGTTCGTAG                         GGCGTGCTATGGTGTTTTAAGGTTTGTTATGGAGAGTGGAGCTAAAGGATG
genomic: CAGGCTGAGTCTCTTCGTTACAAGCTTCTTGGTGGTCTTGCTGTTCGTAGgtatgacgtg ... tgttgtatagGGCGTGCTATGGTGTTTTAAGGTTTGTTATGGAGAGTGGAGCTAAAGGATG
EST: gi|164089169|gb|ES048128.1|ES048128
EST:     CAGGCTGAGTCTCTTCGTTACAAGCTTCTTGGTGGTCTTGCTGTTCGTAG                         GGCGTGCTATGGTGTTTTAAGGTTTG
genomic: CAGGCTGAGTCTCTTCGTTACAAGCTTCTTGGTGGTCTTGCTGTTCGTAGgtatgacgtg ... tgttgtatagGGCGTGCTATGGTGTTTTAAGGTTTG
EST: gi|125187929|gb|EL202883.1|EL202883
EST:     CAGGCTGAGTCTCTTCGTTACAAGCTTCTTGGTGGTCTTGCTGTTCGTAG                         GGCGTGCTATGGTGTTTTAAGGTTTGTTATGGAGAGTGGAGCTAAAGGA
genomic: CAGGCTGAGTCTCTTCGTTACAAGCTTCTTGGTGGTCTTGCTGTTCGTAGgtatgacgtg ... tgttgtatagGGCGTGCTATGGTGTTTTAAGGTTTGTTATGGAGAGTGGAGCTAAAGGA
EST: gi|47831894|gb|CK121578.1|CK121578
EST:     CAGGCTGAGTCTCTTCGTTACAAGCTTCTTGGTGGTCTTGCTGTTCGTAG                         GGCGTGCTATGGTGTTTTAAGGTTTGTTATGGAGAGTGGAGCTAAAGGATG
genomic: CAGGCTGAGTCTCTTCGTTACAAGCTTCTTGGTGGTCTTGCTGTTCGTAGgtatgacgtg ... tgttgtatagGGCGTGCTATGGTGTTTTAAGGTTTGTTATGGAGAGTGGAGCTAAAGGATG
EST: gi|86081922|gb|DR377681.1|DR377681
EST:     CAGGCTGAGTCTCTTCGTTACAAGCTTCTTGGTGGTCTTGCTGTTCGTAG                         GGCGTGCTATGGTGTTTTAAGGTTTGTTATGGAGAGTGGAGCTAAAGGATG
genomic: CAGGCTGAGTCTCTTCGTTACAAGCTTCTTGGTGGTCTTGCTGTTCGTAGgtatgacgtg ... tgttgtatagGGCGTGCTATGGTGTTTTAAGGTTTGTTATGGAGAGTGGAGCTAAAGGATG
EST: gi|125043048|gb|EL115317.1|EL115317
EST:     TCTTGCTGTTCGTAG                         GGCGTGCTATGGTGTTTTAAGGTTTGTTATGGAGAGTGGAGCTAAAGGATG
genomic: TCTTGCTGTTCGTAGgtatgacgtg ... tgttgtatagGGCGTGCTATGGTGTTTTAAGGTTTGTTATGGAGAGTGGAGCTAAAGGATG
EST: gi|86081832|gb|DR377591.1|DR377591
EST:     CAGGCTGAGTCTCTTCGTTACAAGCTTCTTGGTGGTCTTGCTGTTCGTAG                         GGCGTGCTATGGTGTTTTAAGGTTTGTTATGGAGAGTGGAGCTAAAGGATG
genomic: CAGGCTGAGTCTCTTCGTTACAAGCTTCTTGGTGGTCTTGCTGTTCGTAGgtatgacgtg ... tgttgtatagGGCGTGCTATGGTGTTTTAAGGTTTGTTATGGAGAGTGGAGCTAAAGGATG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgctttgatctcttatgctcagaatgttaatattgcatgatattttgttgtatagGGCGTGCTATGGTGTTTTAAGGTTTGTTATGGAGAGTGGAGCTAAAGGATGCGAA
                        tgttaat  putative branch site (score: 3)
                                          ttttgtt  putative PPT
                                       atattttgttgtata  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
ttatgttactttaaatttgaactgttctcctaaatatggcttttatgctttgatctcttatgctcagaatgttaatattgcatgatattttgttgtatagGGCGTGCTATGGTGTTTTAAGGTTTGTTATGGAGAGTGGAGCTAAAGGATGCGAA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGGATG
- - - - - - - - - - - - - -tcctaaa