1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
gtaatttctctttacttgtttgatagttaagtaaaacttttggttctagtttttagtctagcttactcttggtgctttgattttcactgctttgcgatgaaacaatggtgttgcaatctcatactgaaatgattgttgatgtgattgacagAATGGACTTGACACCAAGATTGAGAAATCAAGGAAACAGATCAAGGAGAGGAAGAACAGGGCGAAGAAGATCCGTGGTGTTAAGAAG
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT5G28060.1 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: ATACTGTCGAGAACGCTAAGAAGTTTGAGCCTAAGTACAGACTTATCAGG AATGGACTTGACACCAAGATTGAGAAATCAAGGAAAEST: gi|125280798|gb|EL294883.1|EL294883
genomic: ATACTGTCGAGAACGCTAAGAAGTTTGAGCCTAAGTACAGACTTATCAGGgtaatttctc ... tgattgacagAATGGACTTGACACCAAGATTGAGAAATCAAGGAAA
EST: ATACTGTCGAGAACGCTAAGAAGTTTGAGCCTAAGTACAGACTTATCAGG AATGGACTTGACACCAAGATTGEST: gi|124877461|gb|EH956898.1|EH956898
genomic: ATACTGTCGAGAACGCTAAGAAGTTTGAGCCTAAGTACAGACTTATCAGGgtaatttctc ... tgattgacagAATGGACTTGACACCAAGATTG
EST: TCGAGAACGCTAAGAAGTTTGAGCCTAAGTACAGGCTTATCAGG AATGGACTTGACACCAAGATTGAGAAATEST: gi|124905973|gb|EH980053.1|EH980053
genomic: TCGAGAACGCTAAGAAGTTTGAGCCTAAGTACAGACTTATCAGGgtaatttctc ... tgattgacagAATGGACTTGACACCAAGATTGAGAAAT
EST: ATACTGTCGAGAACGCTAAGAAGTTTGAGCCTAAGTACAGACTTATCAGG AATGGACTTGACACCAAGATTGAGAAAEST: gi|125304289|gb|EL318374.1|EL318374
genomic: ATACTGTCGAGAACGCTAAGAAGTTTGAGCCTAAGTACAGACTTATCAGGgtaatttctc ... tgattgacagAATGGACTTGACACCAAGATTGAGAAA
EST: CCTAAGTACAGACTTATCAGG AGTGGACTTGACACCAAGATTGAGAAATCAAGGAAACAGATCAAGGAGAGGEST: gi|86084565|gb|DR380324.1|DR380324
genomic: CCTAAGTACAGACTTATCAGGgtaatttctc ... tgattgacagAATGGACTTGACACCAAGATTGAGAAATCAAGGAAACAGATCAAGGAGAGG
EST: ATACTGTCGAGAACGCTAAGAAGTTTGAGCCTAAGTACAGACTTATCAGG AATGGACTTGACACCAAGATTGAGAAATCAAGGAAACAGATCAAGGAGAGGEST: gi|86078425|gb|DR374182.1|DR374182
genomic: ATACTGTCGAGAACGCTAAGAAGTTTGAGCCTAAGTACAGACTTATCAGGgtaatttctc ... tgattgacagAATGGACTTGACACCAAGATTGAGAAATCAAGGAAACAGATCAAGGAGAGG
EST: ATACTGTCGAGAACGCTAAGAAGTTTGAGCCTAAGTACAGACTTATCAGG AATGGACTTGACACCAAGATTGAGAAATCAAGGAAACAGATCAAGGAGAGGEST: gi|125166852|gb|EL192450.1|EL192450
genomic: ATACTGTCGAGAACGCTAAGAAGTTTGAGCCTAAGTACAGACTTATCAGGgtaatttctc ... tgattgacagAATGGACTTGACACCAAGATTGAGAAATCAAGGAAACAGATCAAGGAGAGG
EST: AACGCTAAGAAGTTTGAGCCTAAGTACAGACTTATCAGG AATGGACTTGACACCAAGATTGAGAAATCAAAGGAAACAGATCAAGGAGAGEST: gi|86081226|gb|DR376983.1|DR376983
genomic: AACGCTAAGAAGTTTGAGCCTAAGTACAGACTTATCAGGgtaatttctc ... tgattgacagAATGGACTTGACACCAAGATTGAGAAATCAA-GGAAACAGATCAAGGAGAG
EST: ATACTGTCGAGAACGCTAAGAAGTTTGAGCCTAAGTACAGACTTATCAGG AATGGACTTGACACCAAGATTGAGAAATCAAGGAAACAGATCAAGGAGAGGEST: gi|125193763|gb|EL208717.1|EL208717
genomic: ATACTGTCGAGAACGCTAAGAAGTTTGAGCCTAAGTACAGACTTATCAGGgtaatttctc ... tgattgacagAATGGACTTGACACCAAGATTGAGAAATCAAGGAAACAGATCAAGGAGAGG
EST: AACGCTAAGAAGTTTGAGCCTAAGTACAGACTTATCAGG AATGGACTTGACACCAAGATTGAGAAATCAAGGAAACAGATCAAGGAGEST: gi|125197851|gb|EL212805.1|EL212805
genomic: AACGCTAAGAAGTTTGAGCCTAAGTACAGACTTATCAGGgtaatttctc ... tgattgacagAATGGACTTGACACCAAGATTGAGAAATCAAGGAAACAGATCAAGGAG
EST: TACAGACTTATCAGG AATGGACTTGACACCAAGATTGAGAAATCAAGGAAACAGATCAAGGAGAGG
genomic: TACAGACTTATCAGGgtaatttctc ... tgattgacagAATGGACTTGACACCAAGATTGAGAAATCAAGGAAACAGATCAAGGAGAGG
atgaaacaatggtgttgcaatctcatactgaaatgattgttgatgtgattgacagAATGGACTTGACACCAAGATTGAGAAATCAAGGAAACAGATCAAGGAGAGGAAGAACAGGGCGAAGAAGATCCGTGGTGTTAAGAAG
tgttgat putative branch site (score: 4)
aaatgatt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaatttctctttacttgtttgatagttaagtaaaacttttggttctagtttttagtctagcttactcttggtgctttgattttcactgctttgcgatgaaacaatggtgttgcaatctcatactgaaatgattgttgatgtgattgacagAATGGACTTGACACCAAGATTGAGAAATCAAGGAAACAGATCAAGGAGAGGAAGAACAGGGCGAAGAAGATCCGTGGTGTTAAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGATCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG