Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgagtctgtctacttgtgtttttctatcagtagtcgtagcttctttgattctgttgggagaatatgaaaatgctgaattcgaatggttgatacagtcttgtaaaattgtcccattcaagtttaattaggggaagatttgaattctaaattaagaaggttgctgagtaaacctttgttggtgttgactctgtgcagGCGAACAACAAAAACTAGCAGGTGCCTCAATTTGGGGTCCTACAATTATCTTGGGTTTGGTTCTTTTGATGAATATTGCACGCCTCGTGTTATTGAGTCC

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT5G23670.2
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|125178177|gb|EL196793.1|EL196793
EST:     CGCTACTCTAATGACAACAACAAGACGCTTAA                         GCGAACAACAAAAACTAGCAGGTGCCTCAATTTGGGGTCCTACAATTATCT
genomic: CGCTACTCTAATGACAACAACAAGACGCTTAAgtgagtctgt ... ctctgtgcagGCGAACAACAAAAACTAGCAGGTGCCTCAATTTGGGGTCCTACAATTATCT
EST: gi|116422598|gb|EG465190.1|EG465190
EST:     TGGTTTGATGTGGTTGAGCGCTACTCTAATGACAACAACAAGACGCTTAA                         GCGAACAACAAAAACTAGCAGGTGCCTCAATTTGGGGTCCTACAATTATCT
genomic: TGGTTTGATGTGGTTGAGCGCTACTCTAATGACAACAACAAGACGCTTAAgtgagtctgt ... ctctgtgcagGCGAACAACAAAAACTAGCAGGTGCCTCAATTTGGGGTCCTACAATTATCT
EST: gi|116471346|gb|EG513938.1|EG513938
EST:     TGGTTTGATGTGGTTGAGCGCTACTCTAATGACAACAACAAGACGCTTAA                         GCGAACAACAAAAACTAGCAGGTGCCTCAATTTGGGGTCCTACAATTATCT
genomic: TGGTTTGATGTGGTTGAGCGCTACTCTAATGACAACAACAAGACGCTTAAgtgagtctgt ... ctctgtgcagGCGAACAACAAAAACTAGCAGGTGCCTCAATTTGGGGTCCTACAATTATCT
EST: gi|116471526|gb|EG514118.1|EG514118
EST:     TGGTTTGATGTGGTTGAGCGCTACTCTAATGACAACAACAAGACGCTTAA                         GCGAACAACAAAAACTAGCAGGTGCCTCAATTTGGGGTCCTACAATTATCT
genomic: TGGTTTGATGTGGTTGAGCGCTACTCTAATGACAACAACAAGACGCTTAAgtgagtctgt ... ctctgtgcagGCGAACAACAAAAACTAGCAGGTGCCTCAATTTGGGGTCCTACAATTATCT
EST: gi|116471371|gb|EG513963.1|EG513963
EST:     TGGTTTGATGTGGTTGAGCGCTACTCTAATGACAACAACAAGACGCTTAA                         GCGAACAACAAAAACTAGCAGGTGCCTCAATTTGGGGTCCTACAATTATCT
genomic: TGGTTTGATGTGGTTGAGCGCTACTCTAATGACAACAACAAGACGCTTAAgtgagtctgt ... ctctgtgcagGCGAACAACAAAAACTAGCAGGTGCCTCAATTTGGGGTCCTACAATTATCT
EST: gi|124706009|gb|EH797411.1|EH797411
EST:     TGGTTTGATGTGGTTGAGCGCTACTCTAATGACAGCAACAAGACGCTTAA                         GCGAACAACAAAAACTAGCAGGTG
genomic: TGGTTTGATGTGGTTGAGCGCTACTCTAATGACAACAACAAGACGCTTAAgtgagtctgt ... ctctgtgcagGCGAACAACAAAAACTAGCAGGTG
EST: gi|125158701|gb|EL187168.1|EL187168
EST:     GTGGTTGAGCGCTACTCTAATGACAACAACAAGACGCTTAA                         GCGAACAACAAAAACTAAGCAGGTGCCTCAATTTGGGGTCCTACAATTATC
genomic: GTGGTTGAGCGCTACTCTAATGACAACAACAAGACGCTTAAgtgagtctgt ... ctctgtgcagGCGAACAACAAAAACTA-GCAGGTGCCTCAATTTGGGGTCCTACAATTATC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

attctaaattaagaaggttgctgagtaaacctttgttggtgttgactctgtgcagGCGAACAACAAAAACTAGCAGGTGCCTCAATTTGGGGTCCTACAATTATCTTGGGTTTGGTTCTTTTGATGAATATTGCACGCCTCGTGTTATTGAGTCC
     aaattaagaa  TA-rich tract