1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
gtaagagaagtttcagatccctatgtgaaaaggactctggtataaaataactaactcacttttcatttgttttggattttcagGCTTGTGGTGGATTATTTTGTTGAGAGCATATGGAAAATGCACTGGTGATCTTTCCGTGCAGGAAAGAGTTGATGTGCAGACTGGAATCAAGATGATCTT
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT5G22510.1 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TCCTGATTTTGGTGAAGCAGCTATTGGACGTGTTGCCCCGGTTGATTCTG GCTTGTGGTGGATTATTTTGTTGAGAGCATATGGAAAATGCACTGGTGATCEST: gi|116428540|gb|EG471132.1|EG471132
genomic: TCCTGATTTTGGTGAAGCAGCTATTGGACGTGTTGCCCCGGTTGATTCTGgtaagagaag ... ggattttcagGCTTGTGGTGGATTATTTTGTTGAGAGCATATGGAAAATGCACTGGTGATC
EST: TCCTGATTTTGGTGAAGCAGCTATTGGACGTGTTGCCCCGGTTGATTCTG GCTTGTGGTGGATTATTTTGTTGAGAGCATATGGAAAATGCACTGGTGATCEST: gi|125051423|gb|EL123692.1|EL123692
genomic: TCCTGATTTTGGTGAAGCAGCTATTGGACGTGTTGCCCCGGTTGATTCTGgtaagagaag ... ggattttcagGCTTGTGGTGGATTATTTTGTTGAGAGCATATGGAAAATGCACTGGTGATC
EST: CCCGGTTGATTCTG GCTTGTGGTGGATTATTTTGTTGAGAGCATATGGAAAATGCACTGGTGATCEST: gi|163997107|gb|ES171767.1|ES171767
genomic: CCCGGTTGATTCTGgtaagagaag ... ggattttcagGCTTGTGGTGGATTATTTTGTTGAGAGCATATGGAAAATGCACTGGTGATC
EST: TATTGGACGTGTTGCCCCGGTTGATTCTG GCTTGTGGTGGATTATTTTGTTGAGAGCATATGGAAAATGCACTGGTGATCEST: gi|116428487|gb|EG471079.1|EG471079
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EST: TCCTGATTTTGGTGAAGCAGCTATTGGACGTGTTGCCCCGGTTGATTCTG GCTTGTGGTGGATTATTTTGTTGAGAGCATATGGAAAATGCACTGGTGATCEST: gi|116428537|gb|EG471129.1|EG471129
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EST: TCCTGATTTTGGTGAAGCAGCTATTGGACGTGTTGCCCCGGTTGATTCTG GCTTGTGGTGGATTATTTTGTTGAGAGCATATGGAAAATGCACTGGTGATCEST: gi|116428488|gb|EG471080.1|EG471080
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EST: TCCTGATTTTGGTGAAGCAGCTATTGGACGTGTTGCCCCGGTTGATTCTG GCTTGTGGTGGATTATTTTGTTGAGAGCATATGGAAAATGCACTGGTGATCEST: gi|124791350|gb|EH881029.1|EH881029
genomic: TCCTGATTTTGGTGAAGCAGCTATTGGACGTGTTGCCCCGGTTGATTCTGgtaagagaag ... ggattttcagGCTTGTGGTGGATTATTTTGTTGAGAGCATATGGAAAATGCACTGGTGATC
EST: TCCTGATTTTGGTGAAGCAGCTATTGGACGTGTTGCCCCGGTTGATTCTG GCTTGTGGTGGATTATTTTGTTGAGAGCATATGGAAAATGCACTEST: gi|116428380|gb|EG470972.1|EG470972
genomic: TCCTGATTTTGGTGAAGCAGCTATTGGACGTGTTGCCCCGGTTGATTCTGgtaagagaag ... ggattttcagGCTTGTGGTGGATTATTTTGTTGAGAGCATATGGAAAATGCACT
EST: TCCTGATTTTGGTGAAGCAGCTATTGGACGTGTTGCCCCGGTTGATTCTG GCTTGTGGTGGATTATTTTGTTGAGAGCATATGGAAAATGCACTGGTGATCEST: gi|116428546|gb|EG471138.1|EG471138
genomic: TCCTGATTTTGGTGAAGCAGCTATTGGACGTGTTGCCCCGGTTGATTCTGgtaagagaag ... ggattttcagGCTTGTGGTGGATTATTTTGTTGAGAGCATATGGAAAATGCACTGGTGATC
EST: TCCTGATTTTGGTGAAGCAGCTATTGGACGTGTTGCCCCGGTTGATTCTG GCTTGTGGTGGATTATTTTGTTGAGAGCATATGGAAAATGCACTGGTGATC
genomic: TCCTGATTTTGGTGAAGCAGCTATTGGACGTGTTGCCCCGGTTGATTCTGgtaagagaag ... ggattttcagGCTTGTGGTGGATTATTTTGTTGAGAGCATATGGAAAATGCACTGGTGATC
aaaggactctggtataaaataactaactcacttttcatttgttttggattttcagGCTTGTGGTGGATTATTTTGTTGAGAGCATATGGAAAATGCACTGGTGATCTTTCCGTGCAGGAAAGAGTTGATGTGCAGACTGGAATCAAGATGATCTT
ttttc CT-rich tract
tataaaataactaact TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaagagaagtttcagatccctatgtgaaaaggactctggtataaaataactaactcacttttcatttgttttggattttcagGCTTGTGGTGGATTATTTTGTTGAGAGCATATGGAAAATGCACTGGTGATCTTTCCGTGCAGGAAAGAGTTGATGTGCAGACTGGAATCAAGATGATCTT
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