Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagcttcttcatctctaaagaaattttggttgcgcatacataaactgctcaaagtatggttgtaaagcttcgatgatattgatacctaactcatatttgtttcgttcagGTCCGGACTATCAGAGTGGAGAAGCGAGTCAATGAAATAGTTAACAGACTGAACAAAACAAAAGTTGAAAGAACCCCTGATCTGAGAG

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT5G11500.2
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT5G11500.2 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 3
lower sequence: Vv04s0008g03810.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
gtaagcttcttcatctctaaagaaattttggttgcgcatacataaactgctcaaagtatggttgtaaagcttcgat-gatattgatacctaactcatatttgtttcgttcagGTCCGGACTATCAGAGTGGAGAAGCGAGTCAATGAAATAGTTAACAGACTGAACAAAACAAAAGTTGAAAGAACCCCTGATCTGAGAG
|| |||||||| || |          | || ||  |||    | |  |  |    ||  |  || | |     ||| |||| ||||   ||  |  | | || ||  || |||| || ||| | ||||||||||||||| | ||||| |||||||| ||| ||||||  |||||||| ||||| |  || ||| | | ||
gtgagcttctttattttcttctgctctgtgctt-tgcaacttttatttctttttggtgagcatgcatatgaaagatagatactgatg--tagtt--tttgtgcttaatttagGTACGCACTGTGAGAGTGGAGAAGCGAATAAATGAGATAGTTAATAGATTGAACAGGACAAAAGTAGAAAGGAAACCAGATTTAAAAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|86045101|gb|DR340856.1|DR340856
EST:     AAACTGCCTCCATGGATGTTGGTCAAGTTGGTTTCCACAATTCAAAGATG                         GTCCGGACTATCAGAGTGGAGAAGCGAGTCAATGAAATAGTTAACAGACTG
genomic: AAACTGCCTCCATGGATGTTGGTCAAGTTGGTTTCCACAATTCAAAGATGgtaagcttct ... tttcgttcagGTCCGGACTATCAGAGTGGAGAAGCGAGTCAATGAAATAGTTAACAGACTG
EST: gi|86045137|gb|DR340892.1|DR340892
EST:     AAACTGCCTCCATGGATGTTGGTCAAGTTGGTTTCCACAATTCAAAGATG                         GTCCGGACTATCAGAGTGGAGAGGCGAGTCAATGAAA
genomic: AAACTGCCTCCATGGATGTTGGTCAAGTTGGTTTCCACAATTCAAAGATGgtaagcttct ... tttcgttcagGTCCGGACTATCAGAGTGGAGAAGCGAGTCAATGAAA
EST: gi|125014197|gb|EL086466.1|EL086466
EST:     AAACTGCCTCCATGGATGTTGGTCAAGTTGGTTTCCACAATTCAAAGATG                         GTCCGGACTATCAGAGTGGAGAAGCGAGTCAATAGAAAT
genomic: AAACTGCCTCCATGGATGTTGGTCAAGTTGGTTTCCACAATTCAAAGATGgtaagcttct ... tttcgttcagGTCCGGACTATCAGAGTGGAGAAGCGAGTCAAT-GAAAT
EST: gi|86045135|gb|DR340890.1|DR340890
EST:     AAACTGCCTCCATGGATGTTGGTCAAGTTGGTTTCCACAATTCAAAGATG                         GTCCGGACTATCAGAGTGGAGAAGCGAGTCAATGAAATAGTTAACAGACT
genomic: AAACTGCCTCCATGGATGTTGGTCAAGTTGGTTTCCACAATTCAAAGATGgtaagcttct ... tttcgttcagGTCCGGACTATCAGAGTGGAGAAGCGAGTCAATGAAATAGTTAACAGACT
EST: gi|86045132|gb|DR340887.1|DR340887
EST:     AAACTGCCTCCATGGATGTTGGTCAAGTTGGTTTCCACAATTCAAAGATG                         GTCCGGACTATCAGAGTGGAGAAGCGAGTCAATGAAATAGTTAACAGAC
genomic: AAACTGCCTCCATGGATGTTGGTCAAGTTGGTTTCCACAATTCAAAGATGgtaagcttct ... tttcgttcagGTCCGGACTATCAGAGTGGAGAAGCGAGTCAATGAAATAGTTAACAGAC
EST: gi|86045057|gb|DR340812.1|DR340812
EST:     AAACTGCCTCCATGGATGTTGGTCAAGTTGGTTTCCACAATTCAAAGATG                         GTCCGGACTATCAGAGTGGAGAAGCGAGTCAATGAAATAGTTAACAGACTG
genomic: AAACTGCCTCCATGGATGTTGGTCAAGTTGGTTTCCACAATTCAAAGATGgtaagcttct ... tttcgttcagGTCCGGACTATCAGAGTGGAGAAGCGAGTCAATGAAATAGTTAACAGACTG
EST: gi|86045063|gb|DR340818.1|DR340818
EST:     AAACTGCCTCCATGGATGTTGGTCAAGTTGGTTTCCACAATTCAAAGATG                         GTCCGGACTATCAGAGTGGAGAAGCGAGTCAATGAAATAGTTAAACAGACT
genomic: AAACTGCCTCCATGGATGTTGGTCAAGTTGGTTTCCACAATTCAAAGATGgtaagcttct ... tttcgttcagGTCCGGACTATCAGAGTGGAGAAGCGAGTCAATGAAATAGTTAA-CAGACT
EST: gi|125045664|gb|EL117933.1|EL117933
EST:     AAACTGCCTCCATGGATGTTGGTCAAGTTGGTTTCCACAATTCAAAGATG                         GTCCGGACTATCAGAGTGGAGAAGCGAGTCAATGAAATAGTTAA
genomic: AAACTGCCTCCATGGATGTTGGTCAAGTTGGTTTCCACAATTCAAAGATGgtaagcttct ... tttcgttcagGTCCGGACTATCAGAGTGGAGAAGCGAGTCAATGAAATAGTTAA
EST: gi|86045099|gb|DR340854.1|DR340854
EST:     AAACTGCCTCCATGGATGTTGGTCAAGTTGGTTTCCACAATTCAAAGATG                         GTCCGGACTATCAGAGTGGAGAAGCGAGTCAATGAAATAG
genomic: AAACTGCCTCCATGGATGTTGGTCAAGTTGGTTTCCACAATTCAAAGATGgtaagcttct ... tttcgttcagGTCCGGACTATCAGAGTGGAGAAGCGAGTCAATGAAATAG
EST: gi|86045133|gb|DR340888.1|DR340888
EST:     AACTGCCTCCATGGATGTTGGTCAAAGTTGGTTTCCACAATTCAAAGATG                         GTCCGGACTATCAGAGGTGGAGAAGCGAGTC
genomic: AACTGCCTCCATGGATGTTGGTCAA-GTTGGTTTCCACAATTCAAAGATGgtaagcttct ... tttcgttcagGTCCGGACTATCAGAG-TGGAGAAGCGAGTC
EST: gi|86045049|gb|DR340804.1|DR340804
EST:     AAACTGCCTCCATGGATGTTGGTCAAGTTGGTTTCCACAATTCAAAGATG                         GTCCGGACTATCAGAGTGGAGAAGCGAGTCAATGA
genomic: AAACTGCCTCCATGGATGTTGGTCAAGTTGGTTTCCACAATTCAAAGATGgtaagcttct ... tttcgttcagGTCCGGACTATCAGAGTGGAGAAGCGAGTCAATGA
EST: gi|86045114|gb|DR340869.1|DR340869
EST:     AAACTGCCTCCATGGATGTTGGTCAAGTTGGTTTC-ACAATTCAAAGATG                         GTCCGGACTATCAGAGTGGAGAAGCGGAGTCA-TGAAATAG
genomic: AAACTGCCTCCATGGATGTTGGTCAAGTTGGTTTCCACAATTCAAAGATGgtaagcttct ... tttcgttcagGTCCGGACTATCAGAGTGGAGAAGCG-AGTCAATGAAATAG
EST: gi|86045138|gb|DR340893.1|DR340893
EST:     AAACTGCCTCCATGGATGTTGGTCAAGTTGGTTTCCACAATTCAAAGATG                         GTCCGGACTATCAGAGTGGAGAAGCGAGTCAATGAAATAGTTAACAGACTG
genomic: AAACTGCCTCCATGGATGTTGGTCAAGTTGGTTTCCACAATTCAAAGATGgtaagcttct ... tttcgttcagGTCCGGACTATCAGAGTGGAGAAGCGAGTCAATGAAATAGTTAACAGACTG
EST: gi|86045055|gb|DR340810.1|DR340810
EST:     AAACTGCCTCCATGGATGTTGGTCAAGTTGGTTTCCACAATTCAAAGATG                         GTCCGGACTATCAGAGTGGAGAAGCGAGTCAATGA
genomic: AAACTGCCTCCATGGATGTTGGTCAAGTTGGTTTCCACAATTCAAAGATGgtaagcttct ... tttcgttcagGTCCGGACTATCAGAGTGGAGAAGCGAGTCAATGA
EST: gi|86045085|gb|DR340840.1|DR340840
EST:     AAACTGCCTCCATGGATGTTGGTCAAGTTGGTTTCCACAATTCAAAGATG                         GTCCGGACTATCAGAGTGGAGAAGCGAGTCAATGAAATAGTTAACA
genomic: AAACTGCCTCCATGGATGTTGGTCAAGTTGGTTTCCACAATTCAAAGATGgtaagcttct ... tttcgttcagGTCCGGACTATCAGAGTGGAGAAGCGAGTCAATGAAATAGTTAACA
EST: gi|86045122|gb|DR340877.1|DR340877
EST:     AAACTGCCTCCATGGATGTTGGTCAAGTTGGTTTCCACAATTCAAAGATG                         GTCCGGACTATCAGAGTGGAGAAGCGAGTCAA
genomic: AAACTGCCTCCATGGATGTTGGTCAAGTTGGTTTCCACAATTCAAAGATGgtaagcttct ... tttcgttcagGTCCGGACTATCAGAGTGGAGAAGCGAGTCAA
EST: gi|86045076|gb|DR340831.1|DR340831
EST:     AAACTGCCTCCATGGATGTTGGTCAAGTTGGTTTCCACAATTCAAAGATG                         GTCCGGACTATCAGAGTGGAGAAGCGAGTCAATGAAATAGTTAAACAGACT
genomic: AAACTGCCTCCATGGATGTTGGTCAAGTTGGTTTCCACAATTCAAAGATGgtaagcttct ... tttcgttcagGTCCGGACTATCAGAGTGGAGAAGCGAGTCAATGAAATAGTTAA-CAGACT
EST: gi|86045092|gb|DR340847.1|DR340847
EST:     AAACTGCCTCCATGGATGTTGGTCAAGTTGGTTTCCACAATTCAAAGATG                         GTCCGGACTATCAGAGTGGAGAAGCGAGTCAATGAAATAGTTAACAGACTG
genomic: AAACTGCCTCCATGGATGTTGGTCAAGTTGGTTTCCACAATTCAAAGATGgtaagcttct ... tttcgttcagGTCCGGACTATCAGAGTGGAGAAGCGAGTCAATGAAATAGTTAACAGACTG
EST: gi|86045081|gb|DR340836.1|DR340836
EST:     AAACTGCCTCCATGGATGTTGGTCAAGTTGGTTTCCACAATTCAAAGATG                         GTCCGGACTATCAGAGT
genomic: AAACTGCCTCCATGGATGTTGGTCAAGTTGGTTTCCACAATTCAAAGATGgtaagcttct ... tttcgttcagGTCCGGACTATCAGAGT
EST: gi|86045129|gb|DR340884.1|DR340884
EST:     AAACTGCCTCCATGGATGTTGGTCAAGTTGGTTTCCACAATTCAAAGATG                         GTCCGGACTATCAGAGT
genomic: AAACTGCCTCCATGGATGTTGGTCAAGTTGGTTTCCACAATTCAAAGATGgtaagcttct ... tttcgttcagGTCCGGACTATCAGAGT
EST: gi|86045062|gb|DR340817.1|DR340817
EST:     AAACTGCCTCCATGGATGTTGGTCAAGTTGGTTTCCACAATTCAAAGATG                         GTCCGGACTATCAGAGTGGAGAAGCGAGTCAATGAAATAGTTAACAGACTG
genomic: AAACTGCCTCCATGGATGTTGGTCAAGTTGGTTTCCACAATTCAAAGATGgtaagcttct ... tttcgttcagGTCCGGACTATCAGAGTGGAGAAGCGAGTCAATGAAATAGTTAACAGACTG
EST: gi|86045107|gb|DR340862.1|DR340862
EST:     AAACTGCCTCCATGGATGTTGGTCAAGTTGGTTTCCACAATTCAAAGATG                         GTCCGGACTATCAGAGTGGAGAAGCGAGTCAATGAAATAGTTAACAGACTG
genomic: AAACTGCCTCCATGGATGTTGGTCAAGTTGGTTTCCACAATTCAAAGATGgtaagcttct ... tttcgttcagGTCCGGACTATCAGAGTGGAGAAGCGAGTCAATGAAATAGTTAACAGACTG
EST: gi|86045091|gb|DR340846.1|DR340846
EST:     AAACTGCCTCCATGGATGTTGGTCAAGTTGGTTTCCACAATTCAAAGATG                         GTCCGGACTATCAGAGTGGAGAAGCGAGTCAAATGAAATAG
genomic: AAACTGCCTCCATGGATGTTGGTCAAGTTGGTTTCCACAATTCAAAGATGgtaagcttct ... tttcgttcagGTCCGGACTATCAGAGTGGAGAAGCGAGTCAA-TGAAATAG
EST: gi|86045131|gb|DR340886.1|DR340886
EST:     AAACTGCCTCCATGGATGTTGGTCAAGTTGGTTTCCACAATTCAAAGATG                         GTCCGGACTATCAGAGTGGAGAAGCGAGTCAATGAAATAGTTAACAGACTG
genomic: AAACTGCCTCCATGGATGTTGGTCAAGTTGGTTTCCACAATTCAAAGATGgtaagcttct ... tttcgttcagGTCCGGACTATCAGAGTGGAGAAGCGAGTCAATGAAATAGTTAACAGACTG
EST: gi|86045061|gb|DR340816.1|DR340816
EST:     AAACTGCCTCCATGGATGTTGGTCAAGTTGGTTTCCACAATTCAAAGATG                         GTCCGGACTATCAGAGTGGAGAAGCGA
genomic: AAACTGCCTCCATGGATGTTGGTCAAGTTGGTTTCCACAATTCAAAGATGgtaagcttct ... tttcgttcagGTCCGGACTATCAGAGTGGAGAAGCGA
EST: gi|86045106|gb|DR340861.1|DR340861
EST:     AAACTGCCTCCATGGATGTTGGTCAAGTTGGTTTCCACAATTCAAAGATG                         GTCCGGACTATCAGAGTGGAGAAGCGAGTCAATGAAATAGTTAACAGACTG
genomic: AAACTGCCTCCATGGATGTTGGTCAAGTTGGTTTCCACAATTCAAAGATGgtaagcttct ... tttcgttcagGTCCGGACTATCAGAGTGGAGAAGCGAGTCAATGAAATAGTTAACAGACTG
EST: gi|86045075|gb|DR340830.1|DR340830
EST:     AAACTGCCTCCATGGATGTTGGTCAAGTTGGTTTCCACAATTCAAAGATG                         GTCCGGACTATCAGAGTGGAGAA
genomic: AAACTGCCTCCATGGATGTTGGTCAAGTTGGTTTCCACAATTCAAAGATGgtaagcttct ... tttcgttcagGTCCGGACTATCAGAGTGGAGAA
EST: gi|86045074|gb|DR340829.1|DR340829
EST:     AAACTGCCTCCATGGATGTTGGTCAAGTTGGTTTCCACAATTCAAAGATG                         GTCCGGACTATCAGAGTGGAGAAGCGA
genomic: AAACTGCCTCCATGGATGTTGGTCAAGTTGGTTTCCACAATTCAAAGATGgtaagcttct ... tttcgttcagGTCCGGACTATCAGAGTGGAGAAGCGA
EST: gi|86045120|gb|DR340875.1|DR340875
EST:     AAACTGCCTCCATGGATGTTGGTCGAGTTGGTTTCCACAATTCAAAGATG                         GTCCGGACTATCAGAGTGGAGAAGCGAGTCAATGAAATAGTTAACAGACTG
genomic: AAACTGCCTCCATGGATGTTGGTCAAGTTGGTTTCCACAATTCAAAGATGgtaagcttct ... tttcgttcagGTCCGGACTATCAGAGTGGAGAAGCGAGTCAATGAAATAGTTAACAGACTG
EST: gi|86045098|gb|DR340853.1|DR340853
EST:     AAACTGCCTCCATGGATGTTGGTCAAGTTGGTTTCCACAATTCAAAGATG                         GTCCGGACTATCAGAGTGGAGAAGCGA
genomic: AAACTGCCTCCATGGATGTTGGTCAAGTTGGTTTCCACAATTCAAAGATGgtaagcttct ... tttcgttcagGTCCGGACTATCAGAGTGGAGAAGCGA
EST: gi|86045088|gb|DR340843.1|DR340843
EST:     AAACTGCCTCCATGGATGTTGGTCAAGTTGGTTTCCACAATTCAAAGATG                         GTCCGGACTATCAGAGTGGAGAAGCGAGTCAATGAAATAGTTAACAGACT
genomic: AAACTGCCTCCATGGATGTTGGTCAAGTTGGTTTCCACAATTCAAAGATGgtaagcttct ... tttcgttcagGTCCGGACTATCAGAGTGGAGAAGCGAGTCAATGAAATAGTTAACAGACT
EST: gi|164031260|gb|ES082541.1|ES082541
EST:     AAACTGCCTCCATGGATGTTGGTCAAGTTGGTTTCCACAATTCAAAGATG                         GTCCGGACTATCAGAGTGGAGAAGCGAGTCAA
genomic: AAACTGCCTCCATGGATGTTGGTCAAGTTGGTTTCCACAATTCAAAGATGgtaagcttct ... tttcgttcagGTCCGGACTATCAGAGTGGAGAAGCGAGTCAA
EST: gi|86045065|gb|DR340820.1|DR340820
EST:     AAACTGCCTCCATGGATGTTGGTCAAGTTGGTTTCCACAATTCAAAGATG                         GTCCGGACTATCAGAGTGGAGAAGCGAGTCAATG
genomic: AAACTGCCTCCATGGATGTTGGTCAAGTTGGTTTCCACAATTCAAAGATGgtaagcttct ... tttcgttcagGTCCGGACTATCAGAGTGGAGAAGCGAGTCAATG
EST: gi|86045110|gb|DR340865.1|DR340865
EST:     AAACTGCCTCCATGGATGTTGGTCAAGTTGGTTTCCACAATTCAAAGATG                         GTCCGGACTATCAGAGTGGAGAAGCGAGTCAATGAAATAGTTAACAGACTG
genomic: AAACTGCCTCCATGGATGTTGGTCAAGTTGGTTTCCACAATTCAAAGATGgtaagcttct ... tttcgttcagGTCCGGACTATCAGAGTGGAGAAGCGAGTCAATGAAATAGTTAACAGACTG
EST: gi|86045087|gb|DR340842.1|DR340842
EST:     AAACTGCCTCCATGGATGTTGGTCAAGTTGGTTTCCACAATTCAAAGATG                         GTCCGGACTATCAGAGTGGAGAAGCGAGTCAATGAAATAGTTTAACAGAC
genomic: AAACTGCCTCCATGGATGTTGGTCAAGTTGGTTTCCACAATTCAAAGATGgtaagcttct ... tttcgttcagGTCCGGACTATCAGAGTGGAGAAGCGAGTCAATGAAATAGTT-AACAGAC
EST: gi|86045136|gb|DR340891.1|DR340891
EST:     AAACTGCCTCCATGGATGTTGGTCAAGTTGGTTTCCACAATTCAAAGATG                         GTCCGGGACTATCAG
genomic: AAACTGCCTCCATGGATGTTGGTCAAGTTGGTTTCCACAATTCAAAGATGgtaagcttct ... tttcgttcagGTCCGG-ACTATCAG
EST: gi|86045056|gb|DR340811.1|DR340811
EST:     AAACTGCCTCCATGGATGTTGGTCAAGTTGGTTTCCACAATTCAAAGATG                         GTCCGGACTATCAGAGTGGAGAAGCGAGTCAATGAAATAGTTAACAGACTG
genomic: AAACTGCCTCCATGGATGTTGGTCAAGTTGGTTTCCACAATTCAAAGATGgtaagcttct ... tttcgttcagGTCCGGACTATCAGAGTGGAGAAGCGAGTCAATGAAATAGTTAACAGACTG
EST: gi|86045115|gb|DR340870.1|DR340870
EST:     AAACTGSSTCCATGGATGTTGGTCAAGTTGGTTTCCACAATTCAAAGATG                         GTCCGGACTATCAGAGTGGAGAAGCGAGTCAATGA
genomic: AAACTGCCTCCATGGATGTTGGTCAAGTTGGTTTCCACAATTCAAAGATGgtaagcttct ... tttcgttcagGTCCGGACTATCAGAGTGGAGAAGCGAGTCAATGA
EST: gi|86045060|gb|DR340815.1|DR340815
EST:     AAACTGCCTCCATGGATGTTGGTCAAGTTGGTTTCCACAATTCAAAGATG                         GTCCGGACTATCAGAGTGGAGAAGCGAGTCAATGAAATAGTTAACAGACTG
genomic: AAACTGCCTCCATGGATGTTGGTCAAGTTGGTTTCCACAATTCAAAGATGgtaagcttct ... tttcgttcagGTCCGGACTATCAGAGTGGAGAAGCGAGTCAATGAAATAGTTAACAGACTG
EST: gi|86045089|gb|DR340844.1|DR340844
EST:     AAACTGCCTCCATGGATGTTGGTCAAGTTGGTTTCCACAATTCAAAGATG                         GTCCGGACTATCAGAGTGGAGAAGCGAGTCAATGAAATAG
genomic: AAACTGCCTCCATGGATGTTGGTCAAGTTGGTTTCCACAATTCAAAGATGgtaagcttct ... tttcgttcagGTCCGGACTATCAGAGTGGAGAAGCGAGTCAATGAAATAG
EST: gi|86045125|gb|DR340880.1|DR340880
EST:     AAACTGCCTCCATGGATGTTGGTCAAGTTGGTTTCCACAATTCAAAGATG                         GTCCGGACTATCAGAGTGGAGAAGCGAGTCAATGAAATAGTTAACAGACTG
genomic: AAACTGCCTCCATGGATGTTGGTCAAGTTGGTTTCCACAATTCAAAGATGgtaagcttct ... tttcgttcagGTCCGGACTATCAGAGTGGAGAAGCGAGTCAATGAAATAGTTAACAGACTG
EST: gi|86045059|gb|DR340814.1|DR340814
EST:     AACTGCCTCCATGGATGTTGGTCANGTTGGTTTCCCACAATTCAAAGATG                         GTCCGCACTATCAGAGTGGAGAAGCGAGTCAATGAAATAGTTAACAGACTG
genomic: AACTGCCTCCATGGATGTTGGTCAAGTTGGTTTCC-ACAATTCAAAGATGgtaagcttct ... tttcgttcagGTCCGGACTATCAGAGTGGAGAAGCGAGTCAATGAAATAGTTAACAGACTG
EST: gi|86045117|gb|DR340872.1|DR340872
EST:     AAACTGCCTCCATGGATGTTGGTCAAGTTGGTTTCCACAATTCAAAGATG                         GTCCGGACTATCAGAGTGGGAGAAGCGAGTCAATGAAAT
genomic: AAACTGCCTCCATGGATGTTGGTCAAGTTGGTTTCCACAATTCAAAGATGgtaagcttct ... tttcgttcagGTCCGGACTATCAGAGTGG-AGAAGCGAGTCAATGAAAT
EST: gi|86045113|gb|DR340868.1|DR340868
EST:     AAACTGCCTCCATGGATGTTGGTCAAGTTGGTTTCCACAATTCAA-GATG                         GTCCGGACTATCAGAGTGGAGAAGCGAGTCAAT
genomic: AAACTGCCTCCATGGATGTTGGTCAAGTTGGTTTCCACAATTCAAAGATGgtaagcttct ... tttcgttcagGTCCGGACTATCAGAGTGGAGAAGCGAGTCAAT
EST: gi|86045068|gb|DR340823.1|DR340823
EST:     A-CTGCCTCCATGGATGTTGGGTCAAGTTGGTTTCCACAATTCAAAGATG                         GTCCGGACTATCAGAGTGGAGAAGCGAGTCA
genomic: AACTGCCTCCATGGATGTTGG-TCAAGTTGGTTTCCACAATTCAAAGATGgtaagcttct ... tttcgttcagGTCCGGACTATCAGAGTGGAGAAGCGAGTCA
EST: gi|86045116|gb|DR340871.1|DR340871
EST:     AAACTGCCTCCATGGATGTTGGTCAAGTTGGTTTCCACAATTCAAAGATG                         GTC-GGACTATCAGAGTGGAGAAGCG
genomic: AAACTGCCTCCATGGATGTTGGTCAAGTTGGTTTCCACAATTCAAAGATGgtaagcttct ... tttcgttcagGTCCGGACTATCAGAGTGGAGAAGCG
EST: gi|86045050|gb|DR340805.1|DR340805
EST:     AAACTGCCTCCATGGATGTTGGTCAAGTTGGTTTCCACAATTCAAAGATG                         GTCCGGACTATCAGAGTGGAG
genomic: AAACTGCCTCCATGGATGTTGGTCAAGTTGGTTTCCACAATTCAAAGATGgtaagcttct ... tttcgttcagGTCCGGACTATCAGAGTGGAG
EST: gi|86045046|gb|DR340801.1|DR340801
EST:     AAACTGCCTCSATGGATGTTGGTCAAGTTGGTTTCCACAATTCAAAGATG                         GTCCGGACTATCAGAGTGGAGAAGCGAGTCAAT
genomic: AAACTGCCTCCATGGATGTTGGTCAAGTTGGTTTCCACAATTCAAAGATGgtaagcttct ... tttcgttcagGTCCGGACTATCAGAGTGGAGAAGCGAGTCAAT
EST: gi|86045124|gb|DR340879.1|DR340879
EST:     AAACTGCCTCCATGGATGTTGGTCAAGTTGGTTTCCACAATTCAAAGATG                         GTCCGGACTATCAGAGTGGAGAAGCGAGTCAATGAAATAGTT
genomic: AAACTGCCTCCATGGATGTTGGTCAAGTTGGTTTCCACAATTCAAAGATGgtaagcttct ... tttcgttcagGTCCGGACTATCAGAGTGGAGAAGCGAGTCAATGAAATAGTT
EST: gi|86045123|gb|DR340878.1|DR340878
EST:     AAACTGCCTCCATGGATGTTGGTCAAGTTGGTTTCCACAATTCAAAGATG                         GTCCGGRCTATCAGAGTGGAGAAGCGAGTCAATG
genomic: AAACTGCCTCCATGGATGTTGGTCAAGTTGGTTTCCACAATTCAAAGATGgtaagcttct ... tttcgttcagGTCCGGACTATCAGAGTGGAGAAGCGAGTCAATG
EST: gi|86045105|gb|DR340860.1|DR340860
EST:     AAACTGCCTCCATGGATGTTGGTCAAGTTGGTTTCCACAATTCAAAGATG                         GTCCGGACTATCAGAGTGGAGAAGCGAGTCAAT
genomic: AAACTGCCTCCATGGATGTTGGTCAAGTTGGTTTCCACAATTCAAAGATGgtaagcttct ... tttcgttcagGTCCGGACTATCAGAGTGGAGAAGCGAGTCAAT
EST: gi|86045096|gb|DR340851.1|DR340851
EST:     AAACTGCCTCCATGGATGTTGGTCAAGTTGGTTTCCACA-TTCAAAGATG                         GTCCGGACTATCAGAGTGGAGAAGCGAGT
genomic: AAACTGCCTCCATGGATGTTGGTCAAGTTGGTTTCCACAATTCAAAGATGgtaagcttct ... tttcgttcagGTCCGGACTATCAGAGTGGAGAAGCGAGT
EST: gi|86045048|gb|DR340803.1|DR340803
EST:     AAACTGCCTCCATGGATGTTGGTCAAGTTGGTTTCCACAATTCAAAGATG                         GTCCGGACTATCAGAGTGGAGAAGCGAGTCAATGAAATAGTTAACAGACTG
genomic: AAACTGCCTCCATGGATGTTGGTCAAGTTGGTTTCCACAATTCAAAGATGgtaagcttct ... tttcgttcagGTCCGGACTATCAGAGTGGAGAAGCGAGTCAATGAAATAGTTAACAGACTG
EST: gi|86045080|gb|DR340835.1|DR340835
EST:     AAACTGCCTCCATGGATGT-GGTCAAGTTGGTTTCCACAATTCAAAGATG                         GTCCGGACTATCAGAGTGGAGAAGCGAGTCAATGAAATAGTT
genomic: AAACTGCCTCCATGGATGTTGGTCAAGTTGGTTTCCACAATTCAAAGATGgtaagcttct ... tttcgttcagGTCCGGACTATCAGAGTGGAGAAGCGAGTCAATGAAATAGTT
EST: gi|86045093|gb|DR340848.1|DR340848
EST:     AAACTGCCTCCATGGATGTTGGTCAAGTTGGTTTCCACAATTCAAAGATG                         GTCCGGACTATCAGAGTGGAGAAGCGAGTCAATGAAATAGTTAACAGACTG
genomic: AAACTGCCTCCATGGATGTTGGTCAAGTTGGTTTCCACAATTCAAAGATGgtaagcttct ... tttcgttcagGTCCGGACTATCAGAGTGGAGAAGCGAGTCAATGAAATAGTTAACAGACTG
EST: gi|86045103|gb|DR340858.1|DR340858
EST:     AAACTGCCTCCATGGATGTTGGTCAAGTTGGTTTCCACAATTCAAAGATG                         GTCCGGACTATCAGAGTGGAG
genomic: AAACTGCCTCCATGGATGTTGGTCAAGTTGGTTTCCACAATTCAAAGATGgtaagcttct ... tttcgttcagGTCCGGACTATCAGAGTGGAG
EST: gi|86045095|gb|DR340850.1|DR340850
EST:     AAACTGCCTCCATGGATGTTGGTCAAGTTGGTTTCCACAATTCAAAGATG                         GTCCGGACTATCAGAGTGGAGAAGCGAGTCAATGAAATAGTTAACAGACTG
genomic: AAACTGCCTCCATGGATGTTGGTCAAGTTGGTTTCCACAATTCAAAGATGgtaagcttct ... tttcgttcagGTCCGGACTATCAGAGTGGAGAAGCGAGTCAATGAAATAGTTAACAGACTG
EST: gi|86045094|gb|DR340849.1|DR340849
EST:     AAACTGCCTCCATGGATGTTGGTCAAGTTGGTTTCCACAATTCAAAGATG                         GTCCGGACTATCAGAGTGGAGAAGCGAGTCAATGAAATAGTTAACAGACTG
genomic: AAACTGCCTCCATGGATGTTGGTCAAGTTGGTTTCCACAATTCAAAGATGgtaagcttct ... tttcgttcagGTCCGGACTATCAGAGTGGAGAAGCGAGTCAATGAAATAGTTAACAGACTG
EST: gi|124844821|gb|EH929258.1|EH929258
EST:     AACTTGCCTCCATGGATGTTGGTCAAGTTGGTTTCCACAATTCAAAGATG                         GTCCGGACTATCAGAGTGGAGAAGCGAG
genomic: AAC-TGCCTCCATGGATGTTGGTCAAGTTGGTTTCCACAATTCAAAGATGgtaagcttct ... tttcgttcagGTCCGGACTATCAGAGTGGAGAAGCGAG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tatggttgtaaagcttcgatgatattgatacctaactcatatttgtttcgttcagGTCCGGACTATCAGAGTGGAGAAGCGAGTCAATGAAATAGTTAACAGACTGAACAAAACAAAAGTTGAAAGAACCCCTGATCTGAGAG
                             acctaac  putative branch site (score: 2)
                                         tttgtttc  putative PPT
                                      atatttgttt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtaagcttcttcatctctaaagaaattttggttgcgcatacataaactgctcaaagtatggttgtaaagcttcgatgatattgatacctaactcatatttgtttcgttcagGTCCGGACTATCAGAGTGGAGAAGCGAGTCAATGAAATAGTTAACAGACTGAACAAAACAAAAGTTGAAAGAACCCCTGATCTGAGAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGAAC