1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' |
gttagtttccagtttaatcattcagatatcaattgattggcctttatggattgaggatcttctggttcttaaattgtgataaagatttgttttaggctgaaatctgtgtttctttcccactttacgttttttgtggcttcggtttcatctccaattaaggttcactttgcttttggttttgcagCTATGTTCCAAATCCAGTCCTGGTCATTATTGATGTCCAGCCTAAAGAACTTGGAATCCCTACCAAAGCATACTATGCAGTGGAGGAGGTTAAGGAG
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT5G05780.1 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GGCCCTAAACTTCGAGAGAATGATTTGGATGTTCACGCGTTGTTCAATGG CTATGTTCCAAATCCAGTCCTGGTCATTATTGAEST: gi|125308896|gb|EL322981.1|EL322981
genomic: GGCCCTAAACTTCGAGAGAATGATTTGGATGTTCACGCGTTGTTCAATGGgttagtttcc ... ggttttgcagCTATGTTCCAAATCCAGTCCTGGTCATTATTGA
EST: AGAATGATTTGGATGTTCACGCGTTGTTCAATGG CTATGTTCCAAATCCAGTCCTGGTCATTATTGAATGTCCAGCCTAAAGAACEST: gi|47831858|gb|CK121542.1|CK121542
genomic: AGAATGATTTGGATGTTCACGCGTTGTTCAATGGgttagtttcc ... ggttttgcagCTATGTTCCAAATCCAGTCCTGGTCATTATTGA-TGTCCAGCCTAAAGAAC
EST: GGCCCTAAACTTCGAGAGAATGATTTGGATGTTCACGCGTTGTTCAATGG CTATGTTCCAAATCCAGTCCTGGTCATTATTGATGTCCAGCCTAAAGAACT
genomic: GGCCCTAAACTTCGAGAGAATGATTTGGATGTTCACGCGTTGTTCAATGGgttagtttcc ... ggttttgcagCTATGTTCCAAATCCAGTCCTGGTCATTATTGATGTCCAGCCTAAAGAACT
tttgtggcttcggtttcatctccaattaaggttcactttgcttttggttttgcagCTATGTTCCAAATCCAGTCCTGGTCATTATTGATGTCCAGCCTAAAGAACTTGGAATCCCTACCAAAGCATACTATGCAGTGGAGGAGGTTAAGGAG
aattaa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gttagtttccagtttaatcattcagatatcaattgattggcctttatggattgaggatcttctggttcttaaattgtgataaagatttgttttaggctgaaatctgtgtttctttcccactttacgttttttgtggcttcggtttcatctccaattaaggttcactttgcttttggttttgcagCTATGTTCCAAATCCAGTCCTGGTCATTATTGATGTCCAGCCTAAAGAACTTGGAATCCCTACCAAAGCATACTATGCAGTGGAGGAGGTTAAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAG