1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' | 15 5' 3' | 16 5' 3' |
...aaaatcatgtatcacattaaaagttcactgatttgtaatagtttcatgaaaatttttaaggagtaaaggttaaccaatttagtatcatgcctgctatcagAAAAGTTCAGAGAGAGATACCTGGTGGGGGAAGAGACTCTGAACGTGTTAAACTGAAGCTGGAAGTACAAGTTGAG
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT4G27650.1 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CTGTGGGCGATAGTGTAATGGCTGTCACTTTCAG AAAAGTTCAGAGAGAGATACCTGGGTGGGGGAAGAGACTEST: gi|86072170|gb|DR367927.1|DR367927
genomic: CTGTGGGCGATAGTGTAATGGCTGTCACTTTCAGgtactgtctc ... ctgctatcagAAAAGTTCAGAGAGAGATACCTGG-TGGGGGAAGAGACT
EST: GCTTATAACTTGATTGCTGTGGGCGATAGTGTAATGGCTGTCACTTTCAG AAAAGTTCAGAGAGAGATACCTGGTGGGGGAAGAGACTCTGAACGTGTTAAEST: gi|125321260|gb|EL335345.1|EL335345
genomic: GCTTATAACTTGATTGCTGTGGGCGATAGTGTAATGGCTGTCACTTTCAGgtactgtctc ... ctgctatcagAAAAGTTCAGAGAGAGATACCTGGTGGGGGAAGAGACTCTGAACGTGTTAA
EST: GCTTATAACTTGATTGCTGTGGGCGATAGTGTAATGGCTGTCACTTTCAG AAAAGTTCAGAGAGAGATACCTGGTGGGGGAAGAGACTCTGAACGTGTTAA
genomic: GCTTATAACTTGATTGCTGTGGGCGATAGTGTAATGGCTGTCACTTTCAGgtactgtctc ... ctgctatcagAAAAGTTCAGAGAGAGATACCTGGTGGGGGAAGAGACTCTGAACGTGTTAA
atgaaaatttttaaggagtaaaggttaaccaatttagtatcatgcctgctatcagAAAAGTTCAGAGAGAGATACCTGGTGGGGGAAGAGACTCTGAACGTGTTAAACTGAAGCTGGAAGTACAAGTTGAG
ggttaac putative branch site (score: 3)
aatttttaa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| aaaatcatgtatcacattaaaagttcactgatttgtaatagtttcatgaaaatttttaaggagtaaaggttaaccaatttagtatcatgcctgctatcagAAAAGTTCAGAGAGAGATACCTGGTGGGGGAAGAGACTCTGAACGTGTTAAACTGAAGCTGGAAGTACAAGTTGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG
aaaatca
- - - - -tatcaca
- - - - - - - - - - - - - - -gatttgt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - catgaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aaccaat