1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
gtaaggtttcaatctcttataagaaacaaaaatattttggtttaatggttatttgataatcatttgatatatttgatagGGCTTTGCTAGGGAGTGTGAGCGAGTATTGCGCCAAACGAGTCAAGTGTCCTGTGGTTATCGTCAAGAAGCAAGCTCAAGATAATTAAGCTCATATGATT
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT3G62550.1 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AGAGTTGATATGTTAGTAATGGGCACTCATGGCTATGGCTTCTTCAAAAG GGCTTTAGCTAGGGAGTGTGAGCGAGTATTGEST: gi|86075818|gb|DR371575.1|DR371575
genomic: AGAGTTGATATGTTAGTAATGGGCACTCATGACTATGGCTTCTTCAAAAGgtaaggtttc ... tatttgatagGGCTTT-GCTAGGGAGTGTGAGCGAGTATTG
EST: AGAGTTGATATGTTAGTAATGGGCACTCATGACTATGGCTTCTTCAAAAG GGCTTTGCTAGGGAGTGTGAGCGAGTATTGCGCCAAACGAGTCAAGTGTCCEST: gi|47831361|gb|CK121045.1|CK121045
genomic: AGAGTTGATATGTTAGTAATGGGCACTCATGACTATGGCTTCTTCAAAAGgtaaggtttc ... tatttgatagGGCTTTGCTAGGGAGTGTGAGCGAGTATTGCGCCAAACGAGTCAAGTGTCC
EST: AGAGTTGATATGTTAGTAATGGGCACTCATGACTATGGCTTCTTCAAAAG GGCTTTGCTAGGGAGTGTGAGCGAGTATTGCGCCAAACGAGTCAAGTGTCCEST: gi|124948521|gb|EL024260.1|EL024260
genomic: AGAGTTGATATGTTAGTAATGGGCACTCATGACTATGGCTTCTTCAAAAGgtaaggtttc ... tatttgatagGGCTTTGCTAGGGAGTGTGAGCGAGTATTGCGCCAAACGAGTCAAGTGTCC
EST: GAGTTGATATGTTAGTAATGGGCACTTCATGACTATGGCTTCTTCAAAAG GGCTTTGCTAGGGAGTGTGAGCGAGTATTGCGCCAAACGAGTCAAGTGEST: gi|124816632|gb|EH901498.1|EH901498
genomic: GAGTTGATATGTTAGTAATGGGCAC-TCATGACTATGGCTTCTTCAAAAGgtaaggtttc ... tatttgatagGGCTTTGCTAGGGAGTGTGAGCGAGTATTGCGCCAAACGAGTCAAGTG
EST: GAGTTGATATGTTAGTAATGGGCACTTCATGACTATGGCTTCTTCAAAAG GGCTTTGCTAGGGAGTGTGAGCGAGTATTGCGCCGAACGAGTCAAGTG
genomic: GAGTTGATATGTTAGTAATGGGCAC-TCATGACTATGGCTTCTTCAAAAGgtaaggtttc ... tatttgatagGGCTTTGCTAGGGAGTGTGAGCGAGTATTGCGCCAAACGAGTCAAGTG
aacaaaaatattttggtttaatggttatttgataatcatttgatatatttgatagGGCTTTGCTAGGGAGTGTGAGCGAGTATTGCGCCAAACGAGTCAAGTGTCCTGTGGTTATCGTCAAGAAGCAAGCTCAAGATAATTAAGCTCATATGATT
tttaatggttatttga TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaaggtttcaatctcttataagaaacaaaaatattttggtttaatggttatttgataatcatttgatatatttgatagGGCTTTGCTAGGGAGTGTGAGCGAGTATTGCGCCAAACGAGTCAAGTGTCCTGTGGTTATCGTCAAGAAGCAAGCTCAAGATAATTAAGCTCATATGATT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTCA