Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tgatttacctgtctatggaatgctttcataggaagaaaagatatattctgtggtgcctgtatttcctgctcttatgcattgtgtaatttgtgtgttttagTGCGGAGATGCTTGTGAACTTGGATATTCCATGGGTTATCCTTGGTCACTCTGAAAGGAGGGCAATCCTTAATGAATCAAGCGAG

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT3G55440.1
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT3G55440.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 3
lower sequence: PP1S3_334V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 3
----------------------------------------------------------------tgatttacctgtctatggaatgctttcataggaagaaaagatatattctgtgg-----tgcctgtatttcctgctcttatgcattgtgtaat---------ttgtgtgtttt-----agTGCGGAGATGCTTGTGAACTTGGATATTCCATGGGTTATCCTTGGTCACTCTGAAAGGAGGGCAATCCTTAATGAATCAAGCGAG
                                                                 ||   |  ||   |  | ||         |        |||||  ||| |       |  ||| | |   |  ||||    | || | |||         |||||| ||||     |||||||||||||| |  |||||| |  | |||||||| ||||| |||||||||||||| ||   | |   |   ||| |    | |
gtaccgctcatagcttctatgtgttcaatgcataacttgatcgagtgtgtgggaggtgagtatcagagccatttgctaacaggatagcagggatgattttgttgatattctctattaaaacttatctgcaatgaataatcttcaagaatgcgcaataatttgaagttgtgttttttggtttagTGCGGAGATGCTGGCAAACTTGCACGTGCCATGGGTCATCCTGGGTCACTCTGAAAGAAGACAATTGTGTGGAGAAACTGATGCG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|116434595|gb|EG477187.1|EG477187
EST:     GCACAAAACTGTTGGGTTAAGAAAGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTGAG                         TGCGGAGATGCATGTGAACTTGGATATTCCATGGGTTATCCTTGGTCACTC
genomic: GCACAAAACTGTTGGGTTAAGAAAGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTGAGgtgagattct ... tgtgttttagTGCGGAGATGCTTGTGAACTTGGATATTCCATGGGTTATCCTTGGTCACTC
EST: gi|124762465|gb|EH852595.1|EH852595
EST:     TGGTGAAGTGAG                         TGCGGAGATGCTTGTGAACTTGGATATTCCATGGGTTATCCTTGGTCACTC
genomic: TGGTGAAGTGAGgtgagattct ... tgtgttttagTGCGGAGATGCTTGTGAACTTGGATATTCCATGGGTTATCCTTGGTCACTC
EST: gi|116434695|gb|EG477287.1|EG477287
EST:     GCACAAAACTGTTGGGTTAAGAAAGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTGAG                         TGCGGAGATGCTTGTGAACTTGGATATTCCATGGGTTATCCTTGGTCACTC
genomic: GCACAAAACTGTTGGGTTAAGAAAGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTGAGgtgagattct ... tgtgttttagTGCGGAGATGCTTGTGAACTTGGATATTCCATGGGTTATCCTTGGTCACTC
EST: gi|125327098|gb|EL341178.1|EL341178
EST:     GCACAAAACTGTTGGGTTAAGAAAGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTGAG                         TGCGGAGATGCTTGTGAACTTGGATAT-CCATGGGTTATCCTTGGTC
genomic: GCACAAAACTGTTGGGTTAAGAAAGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTGAGgtgagattct ... tgtgttttagTGCGGAGATGCTTGTGAACTTGGATATTCCATGGGTTATCCTTGGTC
EST: gi|164192465|gb|ES031761.1|ES031761
EST:     CAAAACTGTTGGGTTAAGAAAGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTGAG                         TGCGGAGATGCTTGTGAACTTGGATATTCCATGGGTTATCCTTGGTCACTC
genomic: CAAAACTGTTGGGTTAAGAAAGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTGAGgtgagattct ... tgtgttttagTGCGGAGATGCTTGTGAACTTGGATATTCCATGGGTTATCCTTGGTCACTC
EST: gi|116434684|gb|EG477276.1|EG477276
EST:     GCACAAAACTGTTGGGTTAAGAAAGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTGAG                         TGCGGAGATGCTTGTGAACTTGGATATTCCATGGGTTATCCTTGGTCACTC
genomic: GCACAAAACTGTTGGGTTAAGAAAGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTGAGgtgagattct ... tgtgttttagTGCGGAGATGCTTGTGAACTTGGATATTCCATGGGTTATCCTTGGTCACTC
EST: gi|164011842|gb|ES154981.1|ES154981
EST:     CACAAAACTGTTGGGTTAAGAAAGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTGAG                         TGCGGANATGCTTGTGAACTTGGA
genomic: CACAAAACTGTTGGGTTAAGAAAGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTGAGgtgagattct ... tgtgttttagTGCGGAGATGCTTGTGAACTTGGA
EST: gi|124808859|gb|EH894761.1|EH894761
EST:     CTTTCACTGGTGAAGTGAG                         TGCGGAGATGCTTGTGAACTTGGATATTCCATGGGTTATCCTTGGTCACTC
genomic: CTTTCACTGGTGAAGTGAGgtgagattct ... tgtgttttagTGCGGAGATGCTTGTGAACTTGGATATTCCATGGGTTATCCTTGGTCACTC
EST: gi|124896231|gb|EH972445.1|EH972445
EST:     GCACAAAACTGTTGGGTTAAGAAAGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTGAG                         TGCGGAGATGCTTGTGAACTTGGATATT
genomic: GCACAAAACTGTTGGGTTAAGAAAGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTGAGgtgagattct ... tgtgttttagTGCGGAGATGCTTGTGAACTTGGATATT
EST: gi|124750021|gb|EH840151.1|EH840151
EST:     GCACAAAACTGTTGGGTTAAGAAAGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTGAG                         TGCGGAGATGCTTGTGAACTTG
genomic: GCACAAAACTGTTGGGTTAAGAAAGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTGAGgtgagattct ... tgtgttttagTGCGGAGATGCTTGTGAACTTG
EST: gi|124721622|gb|EH813024.1|EH813024
EST:     GCACAAAACTGTTGGGTTAAGAAAGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTGAG                         TGCGGAGATGCTTGTGAACTTGGA
genomic: GCACAAAACTGTTGGGTTAAGAAAGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTGAGgtgagattct ... tgtgttttagTGCGGAGATGCTTGTGAACTTGGA
EST: gi|124760545|gb|EH850675.1|EH850675
EST:     GTGCTTTCACTGGTGAAGTGAG                         TGCGGAGATGCTTGTGAACTTGGATATTCCATGGGTTATCCTTGGTCACTC
genomic: GTGCTTTCACTGGTGAAGTGAGgtgagattct ... tgtgttttagTGCGGAGATGCTTGTGAACTTGGATATTCCATGGGTTATCCTTGGTCACTC
EST: gi|164004422|gb|ES139543.1|ES139543
EST:     GCACAAAACTGTTGGGTTAAGAAAGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTGAG                         TGCGGAGATGCTTGTGAACTTGGATATTCCATGGGTTATCCTTGGTC
genomic: GCACAAAACTGTTGGGTTAAGAAAGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTGAGgtgagattct ... tgtgttttagTGCGGAGATGCTTGTGAACTTGGATATTCCATGGGTTATCCTTGGTC
EST: gi|124843341|gb|EH927778.1|EH927778
EST:     GCACAAAACTGTTGGGTTAAGAAAGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTGAG                         TGCGGAGATGCTTGTGAACTTGGAATATTCCATGGGTTATCCTTGGTCACT
genomic: GCACAAAACTGTTGGGTTAAGAAAGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTGAGgtgagattct ... tgtgttttagTGCGGAGATGCTTGTGAACTTGGA-TATTCCATGGGTTATCCTTGGTCACT
EST: gi|125065510|gb|EL132714.1|EL132714
EST:     TTAAGAAAGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTGAG                         TGCGGAGATGCTTGTGAACTTGGATATTCCATGG-TTATCCTTGGTCACTC
genomic: TTAAGAAAGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTGAGgtgagattct ... tgtgttttagTGCGGAGATGCTTGTGAACTTGGATATTCCATGGGTTATCCTTGGTCACTC
EST: gi|164206733|gb|ES033085.1|ES033085
EST:     GCACAAAACTGTTGGGTTAAGAAAGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTGAG                         TGCGGAGATGC
genomic: GCACAAAACTGTTGGGTTAAGAAAGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTGAGgtgagattct ... tgtgttttagTGCGGAGATGC
EST: gi|116434506|gb|EG477098.1|EG477098
EST:     GCACAAAACTGTTGGGTTAAGAAAGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTGAG                         TGCGGAGATGCTTGTGAACTTGGATATTCCATGGGTTATCCTTGGTCACTC
genomic: GCACAAAACTGTTGGGTTAAGAAAGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTGAGgtgagattct ... tgtgttttagTGCGGAGATGCTTGTGAACTTGGATATTCCATGGGTTATCCTTGGTCACTC
EST: gi|116434673|gb|EG477265.1|EG477265
EST:     GCACAAAACTGTTGGGTTAAGAAAGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTGAG                         TGCGGAGATGCTTGTGAACTTGGATATTCCATGGGTTATCCTTGGTCACTC
genomic: GCACAAAACTGTTGGGTTAAGAAAGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTGAGgtgagattct ... tgtgttttagTGCGGAGATGCTTGTGAACTTGGATATTCCATGGGTTATCCTTGGTCACTC
EST: gi|124987677|gb|EL060118.1|EL060118
EST:     TGGTGAAGTGAG                         TGCGGAGATGCTTGTGAACTTGGATATTCCATGGGTTATCCTTGGTCACTC
genomic: TGGTGAAGTGAGgtgagattct ... tgtgttttagTGCGGAGATGCTTGTGAACTTGGATATTCCATGGGTTATCCTTGGTCACTC
EST: gi|116434661|gb|EG477253.1|EG477253
EST:     GCACAAAACTGTTGGGTTAAGAAAGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTGAG                         TGCGGAGATGCTTGTGAACTTGGATATTCCATGGGTTATCCTTGGTCACTC
genomic: GCACAAAACTGTTGGGTTAAGAAAGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTGAGgtgagattct ... tgtgttttagTGCGGAGATGCTTGTGAACTTGGATATTCCATGGGTTATCCTTGGTCACTC
EST: gi|125081516|gb|EL142714.1|EL142714
EST:     GCACAAAACTGTTGGGTTAAGAAAGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTGAG                         TGCGGAGATGCTTGTGAACTTGGATA
genomic: GCACAAAACTGTTGGGTTAAGAAAGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTGAGgtgagattct ... tgtgttttagTGCGGAGATGCTTGTGAACTTGGATA
EST: gi|124928096|gb|EL005770.1|EL005770
EST:     CACTGGTGAAGTGAG                         TGCGGAGATGCTTGTGAACTTGGATATTCCATGGGTTATCCTTGGTCACTC
genomic: CACTGGTGAAGTGAGgtgagattct ... tgtgttttagTGCGGAGATGCTTGTGAACTTGGATATTCCATGGGTTATCCTTGGTCACTC
EST: gi|164120343|gb|ES191879.1|ES191879
EST:     GTTGGGTTAAGAAAGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTGAG                         TGCGGAGATGCTTGTGAACTTGGATATTCCATGGGTTATCCTTGGTCACTC
genomic: GTTGGGTTAAGAAAGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTGAGgtgagattct ... tgtgttttagTGCGGAGATGCTTGTGAACTTGGATATTCCATGGGTTATCCTTGGTCACTC
EST: gi|124880432|gb|EH959334.1|EH959334
EST:     GTTAAGAAAGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTGAG                         TGCGGAGATGCTTGTGAACTTGGATATTCCATGGGTTATCCTTGGTCACTC
genomic: GTTAAGAAAGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTGAGgtgagattct ... tgtgttttagTGCGGAGATGCTTGTGAACTTGGATATTCCATGGGTTATCCTTGGTCACTC
EST: gi|124885592|gb|EH964494.1|EH964494
EST:     GCACAAAACTGTTGGGTTAAGAAAGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTGAG                         TGCGGAGATGCT
genomic: GCACAAAACTGTTGGGTTAAGAAAGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTGAGgtgagattct ... tgtgttttagTGCGGAGATGCT
EST: gi|116434628|gb|EG477220.1|EG477220
EST:     GCACAAAACTGTTGGGTTAAGAAAGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTGAG                         TGCGGAGATGCTTGTGAACTTGGATATTCCATGGGTTATCCTTGGTCACTC
genomic: GCACAAAACTGTTGGGTTAAGAAAGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTGAGgtgagattct ... tgtgttttagTGCGGAGATGCTTGTGAACTTGGATATTCCATGGGTTATCCTTGGTCACTC
EST: gi|125102254|gb|EL157077.1|EL157077
EST:     GCACAAAACTGTTGGGTTAAGAAAGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTGAG                         TGCGGAGATGCTTGTGAACTTGGATATTCCATGGGTTATCCTTGGTCACT
genomic: GCACAAAACTGTTGGGTTAAGAAAGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTGAGgtgagattct ... tgtgttttagTGCGGAGATGCTTGTGAACTTGGATATTCCATGGGTTATCCTTGGTCACT
EST: gi|116443947|gb|EG486539.1|EG486539
EST:     GCACAAAACTGTTGGGTTAAGAAAGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTGAG                         TGCGGAGATGCTTGTGAACTTGGATATTCCATGGGTTATCCTTGGTCACTC
genomic: GCACAAAACTGTTGGGTTAAGAAAGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTGAGgtgagattct ... tgtgttttagTGCGGAGATGCTTGTGAACTTGGATATTCCATGGGTTATCCTTGGTCACTC
EST: gi|116443934|gb|EG486526.1|EG486526
EST:     GCACAAAACTGTTGGGTTAAGAAAGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTGAG                         TGCGGAGATGCTTGTGAACTTGGATATTCCATGGGTTATCCTTGGTCACTC
genomic: GCACAAAACTGTTGGGTTAAGAAAGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTGAGgtgagattct ... tgtgttttagTGCGGAGATGCTTGTGAACTTGGATATTCCATGGGTTATCCTTGGTCACTC
EST: gi|124841631|gb|EH926068.1|EH926068
EST:     CACAAAAACTGTTGGGTTAAGAAAGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTGAG                         TGCGGAGATGCTTGTGAACTTGGATATTCCATGGGTTATCCTTGGTCACTC
genomic: CAC-AAAACTGTTGGGTTAAGAAAGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTGAGgtgagattct ... tgtgttttagTGCGGAGATGCTTGTGAACTTGGATATTCCATGGGTTATCCTTGGTCACTC
EST: gi|116434739|gb|EG477331.1|EG477331
EST:     GGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTGAG                         TGCGGAGATGCTTGTGAACTTGGATATTCCATGGGTTATCCTTGGTCACTC
genomic: GGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTGAGgtgagattct ... tgtgttttagTGCGGAGATGCTTGTGAACTTGGATATTCCATGGGTTATCCTTGGTCACTC
EST: gi|116434539|gb|EG477131.1|EG477131
EST:     GCACAAAACTGTTGGGTTAAGAAAGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTGAG                         TGCGGAGATGCTTGTGAACTTGGATATTCCATGGGTTATCCTTGGTCACTC
genomic: GCACAAAACTGTTGGGTTAAGAAAGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTGAGgtgagattct ... tgtgttttagTGCGGAGATGCTTGTGAACTTGGATATTCCATGGGTTATCCTTGGTCACTC
EST: gi|164232607|gb|ES101529.1|ES101529
EST:     TGGTGAAGTGAG                         TGCGGAGATGCTTGTGAACTTGGATATTCCATGGGTTATCCTTGGTCACTC
genomic: TGGTGAAGTGAGgtgagattct ... tgtgttttagTGCGGAGATGCTTGTGAACTTGGATATTCCATGGGTTATCCTTGGTCACTC
EST: gi|124747624|gb|EH837754.1|EH837754
EST:     AGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTGAG                         T
genomic: AGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTGAGgtgagattct ... tgtgttttag-
EST: gi|124747624|gb|EH837754.1|EH837754
EST:     AGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTGAG                         T
genomic: AGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTGAGgtgagattct ... tgtgttttag-
EST: gi|125248482|gb|EL262567.1|EL262567
EST:     ACAAAACTGTTGGGTTAAGAAAGGAGGTTGTCTTTCACTGGTGAAGTGAG                         TGCGGAGATGCTTGTGAACTTGGATATTCCATGGGTTATCCTTGGTCA
genomic: ACAAAACTGTTGGGTTAAGAAAGGAGG-TG-CTTTCACTGGTGAAGTGAGgtgagattct ... tgtgttttagTGCGGAGATGCTTGTGAACTTGGATATTCCATGGGTTATCCTTGGTCA
EST: gi|125042737|gb|EL115006.1|EL115006
EST:     GCTTTCACTGGTGAAGTGAG                         TGCGGAGATGCTTGTGAACTTGGATATTCCATGGGTTATCCTTGGTCACTC
genomic: GCTTTCACTGGTGAAGTGAGgtgagattct ... tgtgttttagTGCGGAGATGCTTGTGAACTTGGATATTCCATGGGTTATCCTTGGTCACTC
EST: gi|116434639|gb|EG477231.1|EG477231
EST:     GCACAAAACTGTTGGGTTAAGAAAGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTGAG                         TGCGGAGATGCTTGTGAACTTGGATATTCCATGGGTTATCCTTGGTCACTC
genomic: GCACAAAACTGTTGGGTTAAGAAAGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTGAGgtgagattct ... tgtgttttagTGCGGAGATGCTTGTGAACTTGGATATTCCATGGGTTATCCTTGGTCACTC
EST: gi|116434584|gb|EG477176.1|EG477176
EST:     GCACAAAACTGTTGGGTTAAGAAAGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTGAG                         TGCGGAGATGCTTGTGAACTTGGATATTCCATGGGTTATCCTTGGTCACTC
genomic: GCACAAAACTGTTGGGTTAAGAAAGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTGAGgtgagattct ... tgtgttttagTGCGGAGATGCTTGTGAACTTGGATATTCCATGGGTTATCCTTGGTCACTC
EST: gi|116434617|gb|EG477209.1|EG477209
EST:     GCACAAAACTGTTGGGTTAAGAAAGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTGAG                         TGCGGAGATGCTTGTGAACTTGGATATTCCATGGGTTATCCTTGGTCACTC
genomic: GCACAAAACTGTTGGGTTAAGAAAGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTGAGgtgagattct ... tgtgttttagTGCGGAGATGCTTGTGAACTTGGATATTCCATGGGTTATCCTTGGTCACTC
EST: gi|164209590|gb|ES091253.1|ES091253
EST:     GCAC-AAACTGTTGGGTTAAGAAAGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTGAG                         TGCGGAGATGCTTGTGAACTTGGATATTCCATGGGTTATCCTTGGTC
genomic: GCACAAAACTGTTGGGTTAAGAAAGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTGAGgtgagattct ... tgtgttttagTGCGGAGATGCTTGTGAACTTGGATATTCCATGGGTTATCCTTGGTC
EST: gi|116434495|gb|EG477087.1|EG477087
EST:     GCACAAAACTGTTGGGTTAAGAAAGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTGAG                         TGCGGAGATGCTTGTGAACTTGGATATTCCATGGGTTATCCTTGGTCACTC
genomic: GCACAAAACTGTTGGGTTAAGAAAGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTGAGgtgagattct ... tgtgttttagTGCGGAGATGCTTGTGAACTTGGATATTCCATGGGTTATCCTTGGTCACTC
EST: gi|124727801|gb|EH819203.1|EH819203
EST:     GCACAAAACTGTTGGGTTAAGAAAGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTGAG                         TGCGGAGATGCTTGTGAACTTGGATATTCCATGGGTTATCCTTG
genomic: GCACAAAACTGTTGGGTTAAGAAAGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTGAGgtgagattct ... tgtgttttagTGCGGAGATGCTTGTGAACTTGGATATTCCATGGGTTATCCTTG
EST: gi|124791328|gb|EH881007.1|EH881007
EST:     GCACAAAACTGTTGGGTTAAGAAAGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTGAG                         TGCGGAGATGCTTGTGAACT
genomic: GCACAAAACTGTTGGGTTAAGAAAGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTGAGgtgagattct ... tgtgttttagTGCGGAGATGCTTGTGAACT
EST: gi|164030210|gb|ES117436.1|ES117436
EST:     TGGTGAAGTGAG                         TGCGGAGATGCTTGTGAACTTGGATATTCCATGGGTTATCCTTGGTCACTA
genomic: TGGTGAAGTGAGgtgagattct ... tgtgttttagTGCGGAGATGCTTGTGAACTTGGATATTCCATGGGTTATCCTTGGTCACT-
EST: gi|116434717|gb|EG477309.1|EG477309
EST:     GCACAAAACTGTTGGGTTAAGAAAGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTGAG                         TGCGGAGATGCTTGTGAACTTGGATATTCCATGGGTTATCCTTGGTCACTC
genomic: GCACAAAACTGTTGGGTTAAGAAAGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTGAGgtgagattct ... tgtgttttagTGCGGAGATGCTTGTGAACTTGGATATTCCATGGGTTATCCTTGGTCACTC
EST: gi|124970661|gb|EL044480.1|EL044480
EST:     GCACAAAACTGTTGGGTTAAGAAAGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTGAG                         TGCGGAGATGCTTGTGAACTTGGATATTCCATGG
genomic: GCACAAAACTGTTGGGTTAAGAAAGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTGAGgtgagattct ... tgtgttttagTGCGGAGATGCTTGTGAACTTGGATATTCCATGG
EST: gi|116473395|gb|EG515987.1|EG515987
EST:     GGTGAAGTGAG                         TGCGGAGATGCTTGTGAACTTGGATATTCCATGGGTTATCCTTGGTCACTC
genomic: GGTGAAGTGAGgtgagattct ... tgtgttttagTGCGGAGATGCTTGTGAACTTGGATATTCCATGGGTTATCCTTGGTCACTC
EST: gi|124984704|gb|EL057343.1|EL057343
EST:     TGCTTTCACTGGTGAAGTGAG                         TGCGGAGATGCTTGTGAACTTGGATATTCCATGGGTTATCCTTGGTCACTC
genomic: TGCTTTCACTGGTGAAGTGAGgtgagattct ... tgtgttttagTGCGGAGATGCTTGTGAACTTGGATATTCCATGGGTTATCCTTGGTCACTC
EST: gi|116430495|gb|EG473087.1|EG473087
EST:     GCACAAAACTGTTGGGTTAAGAAAGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTGAG                         TGCGGAGATGCTTGTGAACTTGGATATTCCATGGGTTATCCTTGGTCACTC
genomic: GCACAAAACTGTTGGGTTAAGAAAGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTGAGgtgagattct ... tgtgttttagTGCGGAGATGCTTGTGAACTTGGATATTCCATGGGTTATCCTTGGTCACTC
EST: gi|164074682|gb|ES080961.1|ES080961
EST:     GCACAAAACTGTTGGGTTAAGAAAGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTGAG                         TGCGGAGATGC
genomic: GCACAAAACTGTTGGGTTAAGAAAGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTGAGgtgagattct ... tgtgttttagTGCGGAGATGC
EST: gi|116434650|gb|EG477242.1|EG477242
EST:     GCACAAAACTGTTGGGTTAAGAAAGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTGAG                         TGCGGAGATGCTTGTGAACTTGGATATTCCATGGGTTATCCTTGGTCACTC
genomic: GCACAAAACTGTTGGGTTAAGAAAGGAGGTGCTTTCACTGGTGAAGTGAGgtgagattct ... tgtgttttagTGCGGAGATGCTTGTGAACTTGGATATTCCATGGGTTATCCTTGGTCACTC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttctgtggtgcctgtatttcctgctcttatgcattgtgtaatttgtgtgttttagTGCGGAGATGCTTGTGAACTTGGATATTCCATGGGTTATCCTTGGTCACTCTGAAAGGAGGGCAATCCTTAATGAATCAAGCGAG
                                    tgtaattt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
tgatttacctgtctatggaatgctttcataggaagaaaagatatattctgtggtgcctgtatttcctgctcttatgcattgtgtaatttgtgtgttttagTGCGGAGATGCTTGTGAACTTGGATATTCCATGGGTTATCCTTGGTCACTCTGAAAGGAGGGCAATCCTTAATGAATCAAGCGAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - aagaaaa