1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
...aatattcaacaaaaaaaaaaaattacataagttttgaatccgtttaaagcatattatagtatccaaacatgcatgtaagtgattccgattctgtttgcagATTTCTAGACAAAGCAGCAGTTATTGAGGACCGAAACGAGAACACTAAAGCCGAGAAGCAGAGTCCATGGCGACTCGCAACGGTTACGAAAGTGGAAGAA
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT3G53960.1 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
aaagcatattatagtatccaaacatgcatgtaagtgattccgattctgtttgcagATTTCTAGACAAAGCAGCAGTTATTGAGGACCGAAACGAGAACACTAAAGCCGAGAAGCAGAGTCCATGGCGACTCGCAACGGTTACGAAAGTGGAAGAA
ttctgttt CT-rich tract
atattatagtat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| aatattcaacaaaaaaaaaaaattacataagttttgaatccgtttaaagcatattatagtatccaaacatgcatgtaagtgattccgattctgtttgcagATTTCTAGACAAAGCAGCAGTTATTGAGGACCGAAACGAGAACACTAAAGCCGAGAAGCAGAGTCCATGGCGACTCGCAACGGTTACGAAAGTGGAAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
- - - - -caaaaaa
- - - - - - - - aaaaaat
- - - - - - - - - - - - acataag
- - - - - - - - - - - - - - - - - tgaatcc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aagcata
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ccaaaca