1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
gttggtaaagacaaacgtgctcttaagGTTGCTAAGAGGAAGTTGGGAACCCACAAGAGAGCCAAGCGAAAGAGAGAGGAGATGTCCAGTGTTCTCCGCAAGATGAG
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT3G53740.1 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AAGTTGCTGGTCAAGCTCCCTATGAGAAGAGAATCACTGAGCTTTTGAAG GTTGCTAAGAGGAAGTTGGGAACCCACAAGAGAGCCAAGCGAAAGAGAGGAEST: gi|86086302|gb|DR382061.1|DR382061
genomic: AAGTTGCTGGTCAAGCTCCCTATGAGAAGAGAATCACTGAGCTTTTGAAGgttggtaaag ... tgctcttaagGTTGCTAAGAGGAAGTTGGGAACCCACAAGAGAGCCAAGCGAAAGAGAG-A
EST: AAGTTGCTGGTCAAGCTCCCTATGAGAAGAGAATCACTGAGCTTTTGAAG GTTGCTAAGAGGAAGTTGGGAACCCACAAGAGAGCCAAGCGAAAGAGAGAG
genomic: AAGTTGCTGGTCAAGCTCCCTATGAGAAGAGAATCACTGAGCTTTTGAAGgttggtaaag ... tgctcttaagGTTGCTAAGAGGAAGTTGGGAACCCACAAGAGAGCCAAGCGAAAGAGAGAG
gttggtaaagacaaacgtgctcttaagGTTGCTAAGAGGAAGTTGGGAACCCACAAGAGAGCCAAGCGAAAGAGAGAGGAGATGTCCAGTGTTCTCCGCAAGATGAG
tgctctt CT-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gttggtaaagacaaacgtgctcttaagGTTGCTAAGAGGAAGTTGGGAACCCACAAGAGAGCCAAGCGAAAGAGAGAGGAGATGTCCAGTGTTCTCCGCAAGATGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGATG