1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' |
gtatgttttgatttttgatgttgtgaatatgtatatggttatagtcaagtttgtttgaatgtttgttgtcacttgtgtgttgtgtagATGGGATCATTGCTTTCAATTTATGGATGTTTACAATACAAGAAGCAAGGGAACACTGGACTTATCGCTGATCAAGTAGGAATCGATGCAGAGAACGGGT
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT3G27770.1 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GTGGACATTCACGTTTGATAGCAATCTACTTCGGG ATGGGATCATTGCTTTCAATTTATGGATGTTTACAATACAAGAAGCAAGGGEST: gi|125312869|gb|EL326954.1|EL326954
genomic: GTGGACATTCAC-TTTGATAGCAATCTACTTCGGGgtatgttttg ... tgttgtgtagATGGGATCATTGCTTTCAATTTATGGATGTTTACAATACAAGAAGCAAGGG
EST: GTGGACATTCACTTTGATAGCAATCTACTTCGGG ATGGGATCATTGCTTTCAATTTATGGEST: gi|124971389|gb|EL045158.1|EL045158
genomic: GTGGACATTCACTTTGATAGCAATCTACTTCGGGgtatgttttg ... tgttgtgtagATGGGATCATTGCTTTCAATTTATGG
EST: GTGGACATTCACTTTGATAGCAATCTACTTCGGG ATGGGATCATTGCTTTCAATTTATGGATGTTTACAATACAAGAAGCAAGGG
genomic: GTGGACATTCACTTTGATAGCAATCTACTTCGGGgtatgttttg ... tgttgtgtagATGGGATCATTGCTTTCAATTTATGGATGTTTACAATACAAGAAGCAAGGG
atatggttatagtcaagtttgtttgaatgtttgttgtcacttgtgtgttgtgtagATGGGATCATTGCTTTCAATTTATGGATGTTTACAATACAAGAAGCAAGGGAACACTGGACTTATCGCTGATCAAGTAGGAATCGATGCAGAGAACGGGT
ttatagt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtatgttttgatttttgatgttgtgaatatgtatatggttatagtcaagtttgtttgaatgtttgttgtcacttgtgtgttgtgtagATGGGATCATTGCTTTCAATTTATGGATGTTTACAATACAAGAAGCAAGGGAACACTGGACTTATCGCTGATCAAGTAGGAATCGATGCAGAGAACGGGT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGAT