Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtataagtgatttctgtttcacagttaaactcgaatgttgtatagcaaaggcgataatacttagaatggtttgtgtgttttgttttgtagATAACACTTATGGGGTTCATGTTTCTTCTCACATCTGCTCTCTTAGGCTAT

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT3G25585.4
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|116380604|gb|EG423196.1|EG423196
EST:     CCCTCTATGGATGCCCCCCAACATG                         ATAACACTTATGGGGTTCATGTTTCTTCTCACATCTGCTCTCTTAGGCTAT
genomic: CCCTCTATGGATGCCCCCCAACATGgtataagtga ... tgttttgtagATAACACTTATGGGGTTCATGTTTCTTCTCACATCTGCTCTCTTAGGCTAT
EST: gi|116380598|gb|EG423190.1|EG423190
EST:     CCCTCTATGGATGCCCCCCAACATG                         ATAACACTTATGGGGTTCATGTTTCTTCTCACATCTGCTCTCTTAGGCTAT
genomic: CCCTCTATGGATGCCCCCCAACATGgtataagtga ... tgttttgtagATAACACTTATGGGGTTCATGTTTCTTCTCACATCTGCTCTCTTAGGCTAT
EST: gi|124923722|gb|EL001883.1|EL001883
EST:     CCCTCTATGGATGCCCCC-AACATG                         ATAACACTTNTGGGGTTCATGTTTCTTCTCACATCT
genomic: CCCTCTATGGATGCCCCCCAACATGgtataagtga ... tgttttgtagATAACACTTATGGGGTTCATGTTTCTTCTCACATCT
EST: gi|116466773|gb|EG509365.1|EG509365
EST:     CCCTCTATGGATGCCCCCCAACATG                         ATAACACTTATGGGGTTCATGTTTCTTCTCACATCTGCTCTCTTAGGCTAT
genomic: CCCTCTATGGATGCCCCCCAACATGgtataagtga ... tgttttgtagATAACACTTATGGGGTTCATGTTTCTTCTCACATCTGCTCTCTTAGGCTAT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgttgtatagcaaaggcgataatacttagaatggtttgtgtgttttgttttgtagATAACACTTATGGGGTTCATGTTTCTTCTCACATCTGCTCTCTTAGGCTAT
                                          ttttgtttt  CT-rich tract
                  ataatacttagaat  TA-rich tract