Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtattgaatgtgtcatctggtattgttttccaatttaatatggttgattctgtctttatggcttacttatgtgtaatttttttttgttgaactagCTTACTGTACTGGCCTTCTTTTGGCTCGCCGTGTTTTAAAGATGTTGGAAATGGATGACGAGTATGAGGGAAACGTTGAG

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT3G25520.1
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT3G25520.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 3
lower sequence: GRMZM5G815894_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 4
gtattgaatgtgtcatctggtattgttttccaattta-atatggttgattc-tgtctttatggcttacttatgtgtaatttttttttgttgaact--agCTTACTGTACTGGCCTTCTTTTGGCTCGCCGTGTTTTAAAGATGTTGGAAATGGATGACGAGTATGAGGGAAACGTTGAG
      ||| |  | ||||| | | || |  || ||  |||| ||   ||  ||  |||||   ||   || ||  || |  ||    |     |  ||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||  | ||||     |   | ||| | || |||||||| || ||||||
----gtaatttcccttctggaaatattgtgtaaattgcatattgtaccttaatgaatttatatattcacta-gttcaactgcttacactcatcttgtagCCTACTGCACTGGCCTTCTGTTGGCTCGCCGTGTGCTCAAGACCCGTGGTTTAGATAAGGAATATGAGGGCAATGTTGAG

upper sequence: AT3G25520.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 3
lower sequence: GRMZM2G163081_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 4
gtattgaatgtgtcatctggtattgttttccaattta-atatggt-tgattctgtctttatggcttacttatgtgtaatttttttttgttgaactagCTTACTGTACTGGCCTTCTTTTGGCTCGCCGTGTTTTAAAGATGTTGGAAATGGATGACGAGTATGAGGGAAACGTTGAG
     | || | |    ||| | |  | |  || ||  ||||  | |  |  ||| |||||   ||   ||  |  |      | ||||      ||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||  | |||||    |   ||||| | ||||| ||||| || ||||||
-----gtattttttccatggaaataatgtataaattgcatattatattttaatgtatttatatattctctaaatcaacacccatcttgt------agCCTACTGCACTGGCCTTCTGTTGGCTCGCCGTGTGCTCAAGATCCGTGGTTTGGATCAGGAGTACGAGGGCAATGTTGAG

upper sequence: AT3G25520.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 3
lower sequence: GRMZM2G163081_T04 (Zea mays), 3'ss of exon 4
gtattgaatgtgtcatctggtattgttttccaattta-atatggt-tgattctgtctttatggcttacttatgtgtaatttttttttgttgaactagCTTACTGTACTGGCCTTCTTTTGGCTCGCCGTGTTTTAAAGATGTTGGAAATGGATGACGAGTATGAGGGAAACGTTGAG
   | | || | |    ||| | |  | |  || ||  ||||  | |  |  ||| |||||   ||   ||  |  |      | ||||      ||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||  | |||||    |   ||||| | ||||| ||||| || ||||||
-gctggtattttttccatggaaataatgtataaattgcatattatattttaatgtatttatatattctctaaatcaacacccatcttgt------agCCTACTGCACTGGCCTTCTGTTGGCTCGCCGTGTGCTCAAGATCCGTGGTTTGGATCAGGAGTACGAGGGCAATGTTGAG

upper sequence: AT3G25520.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 3
lower sequence: Vv05s0094g00870.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 4
--------------------------------------------------gtattga-atgtgtcatctggtattgttttccaatttaatatggttgattctgtctttatggcttacttatgtgtaatttttttttgttgaactagCTTACTGTACTGGCCTTCTTTTGGCTCGCCGTGTTTTAAAGATGTTGGAAATGGATGACGAGTATGAGGGAAACGTTGAG
                                                   | || |    | |   || ||     |||  ||    |||   |   |    | ||| |||| |    |||    | ||  |||||    | |||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||| || || ||| | || |||||||  || ||||| || || || |||
gtatatttatcagaaattggttcattgttcctatttatttaaaatttgtcatgtttatgaatttttacttgtgcctctttgtaagaacataccatgtgtaacttttttgtggcattaacatggactaattccttttg----agtagCTTACTGCACTGGGCTTCTCTTGGCTCGCCGTGTCTTGAAAATGCTTGAGATGGATGGTGAATATGAAGGCAATGTGGAG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|86038124|gb|DR333879.1|DR333879
EST:     TGAACTGCCTCAGTATGGTCTCACTGTTGGTCTTACAAACTATGCTGCAG                         CTTACTGTACTGGCCTTCTTTTGGCTCGCCGTGTTTTAAAGATGTTGGAAA
genomic: TGAACTGCCTCAGTATGGTCTCACTGTTGGTCTTACAAACTATGCTGCAGgtattgaatg ... gttgaactagCTTACTGTACTGGCCTTCTTTTGGCTCGCCGTGTTTTAAAGATGTTGGAAA
EST: gi|86038155|gb|DR333910.1|DR333910
EST:     TGAACTGCCTCAGTATGGTCTCACTGTTGGTCTTACAAACTATGCTGCAG                         CTTACTGTACTGGCCTTCTTTTGGCTCGCCGTGTTTTGAAGATGTTGGAAA
genomic: TGAACTGCCTCAGTATGGTCTCACTGTTGGTCTTACAAACTATGCTGCAGgtattgaatg ... gttgaactagCTTACTGTACTGGCCTTCTTTTGGCTCGCCGTGTTTTAAAGATGTTGGAAA
EST: gi|86038142|gb|DR333897.1|DR333897
EST:     TGAACTGCCTCAGTATGGTCTCACTGTTGGTCTTACAAACTATGCTGCAG                         CTTACTGTACTGGCCTTCTTTTGGCTCGCCGTGTTTTAAAGATGTTGGAAA
genomic: TGAACTGCCTCAGTATGGTCTCACTGTTGGTCTTACAAACTATGCTGCAGgtattgaatg ... gttgaactagCTTACTGTACTGGCCTTCTTTTGGCTCGCCGTGTTTTAAAGATGTTGGAAA
EST: gi|86038115|gb|DR333870.1|DR333870
EST:     TGNAMTGCCTCAGTATGGTCTCACTGTTGGTCTTACAAACTATGCTGCAG                         CTTACTGTACTGGCCTTCTTTTGGCTCGCCGTGTTTTAAAGATGTTGGAAA
genomic: TGAACTGCCTCAGTATGGTCTCACTGTTGGTCTTACAAACTATGCTGCAGgtattgaatg ... gttgaactagCTTACTGTACTGGCCTTCTTTTGGCTCGCCGTGTTTTAAAGATGTTGGAAA
EST: gi|164020482|gb|ES190250.1|ES190250
EST:     TGAACTGCCTCAGTATGGTCTCACTGTTGGTCTTACAAACTATGCTGCAG                         CTTACTGTACTGGCCTTCTTTTGGCTCGCCGTGTT
genomic: TGAACTGCCTCAGTATGGTCTCACTGTTGGTCTTACAAACTATGCTGCAGgtattgaatg ... gttgaactagCTTACTGTACTGGCCTTCTTTTGGCTCGCCGTGTT
EST: gi|125267874|gb|EL281959.1|EL281959
EST:     TATGGTCTCACTGTTGGTCTTACAAACTATGCTGCAG                         CTTACTGTACTGGCCTTCTTTTGGCTCGCCGTGTTTTAAAGATGTTGGAAA
genomic: TATGGTCTCACTGTTGGTCTTACAAACTATGCTGCAGgtattgaatg ... gttgaactagCTTACTGTACTGGCCTTCTTTTGGCTCGCCGTGTTTTAAAGATGTTGGAAA
EST: gi|164142304|gb|EL990465.1|EL990465
EST:     TACAAACTATGCTGCAG                         CTTACTGTACTGGCCTTCTTTTGGCTCGCCGTGTTTTAAAGATGTTGGAAA
genomic: TACAAACTATGCTGCAGgtattgaatg ... gttgaactagCTTACTGTACTGGCCTTCTTTTGGCTCGCCGTGTTTTAAAGATGTTGGAAA
EST: gi|125266756|gb|EL280841.1|EL280841
EST:     AGTATGGTCTCACTGTTGGTCTTACAAACTATGCTGCAG                         CTTACTGTAACTGGCCTTCTTTTGGCTCGCCGTGTTTTAAAGATGTTGGAA
genomic: AGTATGGTCTCACTGTTGGTCTTACAAACTATGCTGCAGgtattgaatg ... gttgaactagCTTACTGT-ACTGGCCTTCTTTTGGCTCGCCGTGTTTTAAAGATGTTGGAA
EST: gi|86038157|gb|DR333912.1|DR333912
EST:     TGAACTGCCTCAGTATGGTCTCACTGTTGGTCTTACAAACTATGCTGCAG                         CTTACTGTACTGGCCTTCTTTTGGCTCGCCGTGTTTTAAAGATGTTGGAAA
genomic: TGAACTGCCTCAGTATGGTCTCACTGTTGGTCTTACAAACTATGCTGCAGgtattgaatg ... gttgaactagCTTACTGTACTGGCCTTCTTTTGGCTCGCCGTGTTTTAAAGATGTTGGAAA
EST: gi|86038128|gb|DR333883.1|DR333883
EST:     TGAACTGCCTCAGTATGGTCTCACTGTTGGTCTTACAAACTATGCTGCAG                         CTTACTGTACTGGCCTTCTTTTGGCTCGCCGTGTTTTAAAGATGTTGGAAA
genomic: TGAACTGCCTCAGTATGGTCTCACTGTTGGTCTTACAAACTATGCTGCAGgtattgaatg ... gttgaactagCTTACTGTACTGGCCTTCTTTTGGCTCGCCGTGTTTTAAAGATGTTGGAAA
EST: gi|86038118|gb|DR333873.1|DR333873
EST:     TGAACTGCCTCAGTATGGTCTCACTGTTGGTCTTACAAACTATGCTGCAG                         CTTACTGTACTGGSCTTCTTTTGGCTCGCCGTGTTTTAAAGATGTTGGAAA
genomic: TGAACTGCCTCAGTATGGTCTCACTGTTGGTCTTACAAACTATGCTGCAGgtattgaatg ... gttgaactagCTTACTGTACTGGCCTTCTTTTGGCTCGCCGTGTTTTAAAGATGTTGGAAA
EST: gi|124867342|gb|EH951779.1|EH951779
EST:     CCTCAGTATGGTCTCACTGTTGGTCTTACAAACTATGCTGCAG                         CTTACTGTACTGGCCTTCTTTTGGCTCGCCGTGTTTTAAAGATGTTGGAAA
genomic: CCTCAGTATGGTCTCACTGTTGGTCTTACAAACTATGCTGCAGgtattgaatg ... gttgaactagCTTACTGTACTGGCCTTCTTTTGGCTCGCCGTGTTTTAAAGATGTTGGAAA
EST: gi|164064619|gb|ES089921.1|ES089921
EST:     TGAACTGCCTCAGTATGGTCTCACTGTTGGTCTTACAAACTATGCTGCAG                         CTTACTGTACTGGC
genomic: TGAACTGCCTCAGTATGGTCTCACTGTTGGTCTTACAAACTATGCTGCAGgtattgaatg ... gttgaactagCTTACTGTACTGGC
EST: gi|86038119|gb|DR333874.1|DR333874
EST:     TGAACTGCCTCAGTATGGTCTCACTGTTGGTCTTACAAACTATGCTGCAG                         CTTACTGTACTGGCCTTCTTTTGGCTCGCCGTGTTTTAAAGATGTTGGAAA
genomic: TGAACTGCCTCAGTATGGTCTCACTGTTGGTCTTACAAACTATGCTGCAGgtattgaatg ... gttgaactagCTTACTGTACTGGCCTTCTTTTGGCTCGCCGTGTTTTAAAGATGTTGGAAA
EST: gi|86038121|gb|DR333876.1|DR333876
EST:     TGAACTGCCTCAGTATGGTCTCACTGTTGGTCTTACAAACTATGCTGCAG                         CTTACTGTACTGGCCTTCTTTTGGCTCGCCGTGTTTTAAAGATGTTGGAAA
genomic: TGAACTGCCTCAGTATGGTCTCACTGTTGGTCTTACAAACTATGCTGCAGgtattgaatg ... gttgaactagCTTACTGTACTGGCCTTCTTTTGGCTCGCCGTGTTTTAAAGATGTTGGAAA
EST: gi|86038137|gb|DR333892.1|DR333892
EST:     TGAACTGCCTCAGTATGGTCTCACTGTTGGTCTTACAAACTATGCTGCAG                         CTTACTGTACTGGCCTTCTTTTGGCTCGCCGTGTTTTAA
genomic: TGAACTGCCTCAGTATGGTCTCACTGTTGGTCTTACAAACTATGCTGCAGgtattgaatg ... gttgaactagCTTACTGTACTGGCCTTCTTTTGGCTCGCCGTGTTTTAA
EST: gi|125183554|gb|EL198508.1|EL198508
EST:     TGAACTGCCTCAGTATGGTCTCACTGTTGGTCTTACAAACTATGCTGCAG                         CTT-CTGTACTGGCCTTCTTTTGGCTCGCCGTGTTTTAAAGATGT
genomic: TGAACTGCCTCAGTATGGTCTCACTGTTGGTCTTACAAACTATGCTGCAGgtattgaatg ... gttgaactagCTTACTGTACTGGCCTTCTTTTGGCTCGCCGTGTTTTAAAGATGT
EST: gi|116410629|gb|EG453221.1|EG453221
EST:     TGAACTGCCTCAGTATGGTCTCACTGTTGGTCTTACAAACTATGCTGCAG                         CTTACTGTACTGGCCTTCTTTTGGCTCGCCGTGTTTTAAGGATGTTG
genomic: TGAACTGCCTCAGTATGGTCTCACTGTTGGTCTTACAAACTATGCTGCAGgtattgaatg ... gttgaactagCTTACTGTACTGGCCTTCTTTTGGCTCGCCGTGTTTTAAAGATGTTG
EST: gi|86038143|gb|DR333898.1|DR333898
EST:     TGAACTGCCTCAGTATGGTCTCACTGTTGGTCTTACAAACTATGCTGCAG                         CTTACTGTACTGGCCTTCTTTTGGCTCGCCGTGTTTTAAAGATGTAGGAAA
genomic: TGAACTGCCTCAGTATGGTCTCACTGTTGGTCTTACAAACTATGCTGCAGgtattgaatg ... gttgaactagCTTACTGTACTGGCCTTCTTTTGGCTCGCCGTGTTTTAAAGATGTTGGAAA
EST: gi|86038126|gb|DR333881.1|DR333881
EST:     TGAACTGCCTCAGTATGGTCTCACTGTTGGTCTTACAAACTATGCTGCAG                         CTTACTGTACTGGCCTTCTTTTGGCTCGCCGTGTTTTAAAGATGTTGG
genomic: TGAACTGCCTCAGTATGGTCTCACTGTTGGTCTTACAAACTATGCTGCAGgtattgaatg ... gttgaactagCTTACTGTACTGGCCTTCTTTTGGCTCGCCGTGTTTTAAAGATGTTGG
EST: gi|164085645|gb|ES150443.1|ES150443
EST:     GTTGGTCTTACAAACTATGCTGCAG                         CTTACTGTACTGGCCTTCTTTTGGCTCGCCGTGTTTTAAAGATGTTGGAAA
genomic: GTTGGTCTTACAAACTATGCTGCAGgtattgaatg ... gttgaactagCTTACTGTACTGGCCTTCTTTTGGCTCGCCGTGTTTTAAAGATGTTGGAAA
EST: gi|124741912|gb|EH833074.1|EH833074
EST:     TGAACTGCCTCAGTATGGTCTCACTGTTGGTCTTACAAACTATGCTGCAG                         CTTACTGTACTGGCCTTC
genomic: TGAACTGCCTCAGTATGGTCTCACTGTTGGTCTTACAAACTATGCTGCAGgtattgaatg ... gttgaactagCTTACTGTACTGGCCTTC
EST: gi|86038125|gb|DR333880.1|DR333880
EST:     TGAACTGCCTCAGTATGGTCTCACTGTTGGTCTTACAAACTATGCTGCAG                         CTTACTGTACTGGCCTTCTTTTGGCTCGCCGTGTTTTAAAGATGTTGGAAA
genomic: TGAACTGCCTCAGTATGGTCTCACTGTTGGTCTTACAAACTATGCTGCAGgtattgaatg ... gttgaactagCTTACTGTACTGGCCTTCTTTTGGCTCGCCGTGTTTTAAAGATGTTGGAAA
EST: gi|86038109|gb|DR333864.1|DR333864
EST:     TGAACTGCCTCAGTATGGTCTCACTGTTGGTCTTACAAACTATGCTGCAG                         CTTACTGTACTGGCCTTCTTTTGGCTCGCCGTGTTTTAAAGATGTTGGAAA
genomic: TGAACTGCCTCAGTATGGTCTCACTGTTGGTCTTACAAACTATGCTGCAGgtattgaatg ... gttgaactagCTTACTGTACTGGCCTTCTTTTGGCTCGCCGTGTTTTAAAGATGTTGGAAA
EST: gi|164059802|gb|ES063143.1|ES063143
EST:     TGAACTGCCTCAGTATGGTCTCACTGTTGGTCTTACAAACTATGCTGCAG                         CTTACTGTACTGGCCTTCTTTTGGCTCGCCGTGTTTTAAATATGT
genomic: TGAACTGCCTCAGTATGGTCTCACTGTTGGTCTTACAAACTATGCTGCAGgtattgaatg ... gttgaactagCTTACTGTACTGGCCTTCTTTTGGCTCGCCGTGTTTTAAAGATGT
EST: gi|86038134|gb|DR333889.1|DR333889
EST:     TGAACTGCCTCAGTATGGTCTCACTGTTGGTCTTACAAACTATGCTGCAG                         CTTACTGTACTGGCCTTCTTTTGGCTCGCCGTGTTTTAAAGATGTTGGAAA
genomic: TGAACTGCCTCAGTATGGTCTCACTGTTGGTCTTACAAACTATGCTGCAGgtattgaatg ... gttgaactagCTTACTGTACTGGCCTTCTTTTGGCTCGCCGTGTTTTAAAGATGTTGGAAA
EST: gi|86038133|gb|DR333888.1|DR333888
EST:     TGAACTGCCTCAGTATGGTCTCACTGTTGGTCTTACAAACTATGCTGCAG                         CTTACTGTACTGGCCTTCTTTTGGCTCGCCGTGTTTTAAAGATGTTGGAAA
genomic: TGAACTGCCTCAGTATGGTCTCACTGTTGGTCTTACAAACTATGCTGCAGgtattgaatg ... gttgaactagCTTACTGTACTGGCCTTCTTTTGGCTCGCCGTGTTTTAAAGATGTTGGAAA
EST: gi|86038146|gb|DR333901.1|DR333901
EST:     TGAACTGCCTCAGTATGGTCTCACTGTTGGTCTTACAAACTATGCTGCAG                         CTTACTGTACTGGGCCTTCTTTTGGCTCGCCGTGTTTTAAAGATGTTGGAA
genomic: TGAACTGCCTCAGTATGGTCTCACTGTTGGTCTTACAAACTATGCTGCAGgtattgaatg ... gttgaactagCTTACTGTACTGG-CCTTCTTTTGGCTCGCCGTGTTTTAAAGATGTTGGAA
EST: gi|86038149|gb|DR333904.1|DR333904
EST:     TGAACTGCCTCAGTATGGTCTCACTGTTGGTCTTACAAACTATGCTGCAG                         CTTACTGTACTGGCCTTCTTTTGGCTCGCCGTGTTTTAAAGATGTTGGAAA
genomic: TGAACTGCCTCAGTATGGTCTCACTGTTGGTCTTACAAACTATGCTGCAGgtattgaatg ... gttgaactagCTTACTGTACTGGCCTTCTTTTGGCTCGCCGTGTTTTAAAGATGTTGGAAA
EST: gi|125114931|gb|EL165138.1|EL165138
EST:     TGAACTGCCTCAGTATGGTCTCACTGTTGGTCTTACAAACTATGCTGCAG                         CTTACTGTACTGGCCTTCTTTTGGCTCGCCGTGTTTTAAAGA
genomic: TGAACTGCCTCAGTATGGTCTCACTGTTGGTCTTACAAACTATGCTGCAGgtattgaatg ... gttgaactagCTTACTGTACTGGCCTTCTTTTGGCTCGCCGTGTTTTAAAGA
EST: gi|86038116|gb|DR333871.1|DR333871
EST:     TGAACTGCCTCAGTATGGTCTCACTGTTGGTCTTACAAACTATGCTGCAG                         CTTACTGTACTGGCCTTCTTTTGGCTCGCCGTGTTTTAAAGATGTTGGAAA
genomic: TGAACTGCCTCAGTATGGTCTCACTGTTGGTCTTACAAACTATGCTGCAGgtattgaatg ... gttgaactagCTTACTGTACTGGCCTTCTTTTGGCTCGCCGTGTTTTAAAGATGTTGGAAA
EST: gi|86038145|gb|DR333900.1|DR333900
EST:     TGAACTGCCTCAGTATGGTCTCACTGTTGGTCTTACAAACTATGCTGCAG                         CTTACTGTACTGGCCTTCTTTTGGCTCGCCGTGTTTTAAAGATGTTGGAAA
genomic: TGAACTGCCTCAGTATGGTCTCACTGTTGGTCTTACAAACTATGCTGCAGgtattgaatg ... gttgaactagCTTACTGTACTGGCCTTCTTTTGGCTCGCCGTGTTTTAAAGATGTTGGAAA
EST: gi|86038140|gb|DR333895.1|DR333895
EST:     TGAACTGCCTCAGTATGGTCTCACTGTTGGTCTTACAAACTATGCTGCAG                         CTTACTGTACTGGCCTTCTTTTGGCTCGCCGTGTTTTGAAGATGTTGGAAA
genomic: TGAACTGCCTCAGTATGGTCTCACTGTTGGTCTTACAAACTATGCTGCAGgtattgaatg ... gttgaactagCTTACTGTACTGGCCTTCTTTTGGCTCGCCGTGTTTTAAAGATGTTGGAAA
EST: gi|86038150|gb|DR333905.1|DR333905
EST:     TGAACTGCCTCAGTATGGTCTCACTGTTGGTCTTACAAACTATGCTGCAG                         CTTACTGTACTGGCCTTCTTTTGGCTCGCCGTGTTTTAAAGATGTTGGAAA
genomic: TGAACTGCCTCAGTATGGTCTCACTGTTGGTCTTACAAACTATGCTGCAGgtattgaatg ... gttgaactagCTTACTGTACTGGCCTTCTTTTGGCTCGCCGTGTTTTAAAGATGTTGGAAA
EST: gi|125257975|gb|EL272060.1|EL272060
EST:     TGAACTGCCTCAGTATGGTCTCACTGTTGGTCTTACAAACTATGCTGCAG                         CTTACTGTACTGGCCTTCTTTTGGCTCGC
genomic: TGAACTGCCTCAGTATGGTCTCACTGTTGGTCTTACAAACTATGCTGCAGgtattgaatg ... gttgaactagCTTACTGTACTGGCCTTCTTTTGGCTCGC
EST: gi|86038156|gb|DR333911.1|DR333911
EST:     TGAACTGCCTCAGTATGGTCTCACTGTTGGTCTTACAAACTATGCTGCAG                         CTTACTGTACTGGCCTTCTTTTGGCTCGCCGTGTTTTAAAGATGTTGGAAA
genomic: TGAACTGCCTCAGTATGGTCTCACTGTTGGTCTTACAAACTATGCTGCAGgtattgaatg ... gttgaactagCTTACTGTACTGGCCTTCTTTTGGCTCGCCGTGTTTTAAAGATGTTGGAAA
EST: gi|86038144|gb|DR333899.1|DR333899
EST:     TGAACTGCCTCAGTATGGTCTCACTGTTGGTCTTACAAACTATGCTGCAG                         CTTACTGTACTGGCCTTCTTTTGGCTCGCCGTGTTTTAAAGATGTTGGAAA
genomic: TGAACTGCCTCAGTATGGTCTCACTGTTGGTCTTACAAACTATGCTGCAGgtattgaatg ... gttgaactagCTTACTGTACTGGCCTTCTTTTGGCTCGCCGTGTTTTAAAGATGTTGGAAA
EST: gi|86038130|gb|DR333885.1|DR333885
EST:     TGAACTGCCTCAGTATGGTCTCACTGTTGGTCTTACAAACTATGCTGCAG                         CTTACTGTACTGGCCTTCTTTTGGCTCGCCGTGTTTTAAAGATGTTGGAAA
genomic: TGAACTGCCTCAGTATGGTCTCACTGTTGGTCTTACAAACTATGCTGCAGgtattgaatg ... gttgaactagCTTACTGTACTGGCCTTCTTTTGGCTCGCCGTGTTTTAAAGATGTTGGAAA
EST: gi|163972150|gb|ES167049.1|ES167049
EST:     TGAACTGCCTCAGTATGGTCTCACTGTTGGTCTTACAAACTATGCTGCAG                         CTTACTGTACTGGCCTTCTTTTGGCTCGCCGTGTTT
genomic: TGAACTGCCTCAGTATGGTCTCACTGTTGGTCTTACAAACTATGCTGCAGgtattgaatg ... gttgaactagCTTACTGTACTGGCCTTCTTTTGGCTCGCCGTGTTT
EST: gi|164224415|gb|EL985046.1|EL985046
EST:     TATGGTCTCACTGTTGGTCTTACAAACTATGCTGCAG                         CTTACTGTACTGGCCTTCTTTTGGCTCGCCCGTGTTTTAAAGATGTTGGAA
genomic: TATGGTCTCACTGTTGGTCTTACAAACTATGCTGCAGgtattgaatg ... gttgaactagCTTACTGTACTGGCCTTCTTTTGGCTCGCC-GTGTTTTAAAGATGTTGGAA
EST: gi|164187579|gb|ES185702.1|ES185702
EST:     TGGTCTCACTGTTGGTCTTACAAACTATGCTGCAG                         CTTACTGTACTGGCCTTCTTTTGGCTCGCCGTGTTT-AAAGATGTTGGAAA
genomic: TGGTCTCACTGTTGGTCTTACAAACTATGCTGCAGgtattgaatg ... gttgaactagCTTACTGTACTGGCCTTCTTTTGGCTCGCCGTGTTTTAAAGATGTTGGAAA
EST: gi|86038129|gb|DR333884.1|DR333884
EST:     TGAACTGCCTCAGTATGGTCTCACTGTTGGTCTTACAAACTATGCTGCAG                         CTTACTGTACTGGCCTTCTTTTGGCTCGCCGTGTTTTAAAGATGTTGGAAA
genomic: TGAACTGCCTCAGTATGGTCTCACTGTTGGTCTTACAAACTATGCTGCAGgtattgaatg ... gttgaactagCTTACTGTACTGGCCTTCTTTTGGCTCGCCGTGTTTTAAAGATGTTGGAAA
EST: gi|86038120|gb|DR333875.1|DR333875
EST:     TGAACTGCCTCAGTATGGTCTCACTGTTGGTCTTACAAACTATGCTGCAG                         CTTACTGTACTGGCCTTCTTTTGGCTCGCCGTGTTTTAHAGATGTTGGAAA
genomic: TGAACTGCCTCAGTATGGTCTCACTGTTGGTCTTACAAACTATGCTGCAGgtattgaatg ... gttgaactagCTTACTGTACTGGCCTTCTTTTGGCTCGCCGTGTTTTAAAGATGTTGGAAA
EST: gi|163997536|gb|ES192264.1|ES192264
EST:     TGAACTGCCTCAGTATGGTCTCACTGTTGGTCTTACAAACTATGCTGCAG                         CTTACTGTACTGGCCTTCTTTTGGCTCGCCGTGTTTTAAAGA
genomic: TGAACTGCCTCAGTATGGTCTCACTGTTGGTCTTACAAACTATGCTGCAGgtattgaatg ... gttgaactagCTTACTGTACTGGCCTTCTTTTGGCTCGCCGTGTTTTAAAGA
EST: gi|86038123|gb|DR333878.1|DR333878
EST:     TGAACTGCCTCAGTATGGTCTCACTGTTGGTCTTACAAACTATGCTGCAG                         CTTACTGTACTGGCCTTCTTTTGGCTCGCCGTGTTTTAAAGATGTTGGAAA
genomic: TGAACTGCCTCAGTATGGTCTCACTGTTGGTCTTACAAACTATGCTGCAGgtattgaatg ... gttgaactagCTTACTGTACTGGCCTTCTTTTGGCTCGCCGTGTTTTAAAGATGTTGGAAA
EST: gi|164149870|gb|ES040512.1|ES040512
EST:     TGAACTGCCTCAGTATGGTCTCACTGTTGGTCTTACAAACTATGCTGCAG                         CTTACTGTACTGGCCTTCTTTTGGCTCGCCG
genomic: TGAACTGCCTCAGTATGGTCTCACTGTTGGTCTTACAAACTATGCTGCAGgtattgaatg ... gttgaactagCTTACTGTACTGGCCTTCTTTTGGCTCGCCG
EST: gi|86038141|gb|DR333896.1|DR333896
EST:     TGAACTGCCTCAGTATGGTCTCACTGTTGGTCTTACAAACTATGCTGCAG                         CTTACTGTACTGGCCTTCTTTTGGCTCGCCGTGTTTTAAAGATGTTGGAAA
genomic: TGAACTGCCTCAGTATGGTCTCACTGTTGGTCTTACAAACTATGCTGCAGgtattgaatg ... gttgaactagCTTACTGTACTGGCCTTCTTTTGGCTCGCCGTGTTTTAAAGATGTTGGAAA
EST: gi|86038132|gb|DR333887.1|DR333887
EST:     TGAACTGCCTCAGTATGGTCTCACTGTTGGTCTTACAAACTATGCTGCAG                         CTTACTGTACTGGCCTTCTTTTGGCTCGCCGTGTTTTAAAGATGTTGGAAA
genomic: TGAACTGCCTCAGTATGGTCTCACTGTTGGTCTTACAAACTATGCTGCAGgtattgaatg ... gttgaactagCTTACTGTACTGGCCTTCTTTTGGCTCGCCGTGTTTTAAAGATGTTGGAAA
EST: gi|125096819|gb|EL153479.1|EL153479
EST:     TGTTGGTCTTACAAACTATGCTGCAG                         CTTACTGTACTGGCCTTCTTTTGGCTCGCCGTGTTTTAAA
genomic: TGTTGGTCTTACAAACTATGCTGCAGgtattgaatg ... gttgaactagCTTACTGTACTGGCCTTCTTTTGGCTCGCCGTGTTTTAAA
EST: gi|125221792|gb|EL235877.1|EL235877
EST:     CACTGTTGGTCTTACAAACTATGCTGCAG                         CTTACTGTACTGGCCTTCTTTTGGCTCGCCGTGTTTTAAAGATGTTGGAAA
genomic: CACTGTTGGTCTTACAAACTATGCTGCAGgtattgaatg ... gttgaactagCTTACTGTACTGGCCTTCTTTTGGCTCGCCGTGTTTTAAAGATGTTGGAAA
EST: gi|86038114|gb|DR333869.1|DR333869
EST:     TGAACTGCCTCAGTATGGTCTCACTGTTGGTCTTACAAACTATGCTGCAG                         CTTACTGTACTGGCCTTCTTTTGGCTCGCCGTGTTTTAAAGATGTTGGAAA
genomic: TGAACTGCCTCAGTATGGTCTCACTGTTGGTCTTACAAACTATGCTGCAGgtattgaatg ... gttgaactagCTTACTGTACTGGCCTTCTTTTGGCTCGCCGTGTTTTAAAGATGTTGGAAA
EST: gi|86038131|gb|DR333886.1|DR333886
EST:     TGAACTGCCTCAGTATGGTCTCACTGTTGGTCTTACAAACTATGCTGCAG                         CTTACTGTACTGGCCTTCTTTTGGCTCGCCGTGTTTTAAAGATGTTGGAAA
genomic: TGAACTGCCTCAGTATGGTCTCACTGTTGGTCTTACAAACTATGCTGCAGgtattgaatg ... gttgaactagCTTACTGTACTGGCCTTCTTTTGGCTCGCCGTGTTTTAAAGATGTTGGAAA
EST: gi|86038148|gb|DR333903.1|DR333903
EST:     TGAACTGCCTCAGTATGGTCTCACTGTTGGTCTTACAAACTATGCTGCAG                         CTTACTGTACTGGCCTTCTTTTGGCTCGCCGTGTTTTAAAGATGTTGGAAA
genomic: TGAACTGCCTCAGTATGGTCTCACTGTTGGTCTTACAAACTATGCTGCAGgtattgaatg ... gttgaactagCTTACTGTACTGGCCTTCTTTTGGCTCGCCGTGTTTTAAAGATGTTGGAAA
EST: gi|125089453|gb|EL147817.1|EL147817
EST:     TGAACTGCCTCAGTATGGTCTCACTGTTGGTCTTACAAACTATGCTGCAG                         CTTACTGTACTGGCCTTCTTTTGGCTCGCCGTGTTT
genomic: TGAACTGCCTCAGTATGGTCTCACTGTTGGTCTTACAAACTATGCTGCAGgtattgaatg ... gttgaactagCTTACTGTACTGGCCTTCTTTTGGCTCGCCGTGTTT
EST: gi|86038111|gb|DR333866.1|DR333866
EST:     TGAACTGCCTCAGTATGGTCTCACTGTTGGTCTTACAAACTATGCTGCAG                         CTTACTGTACTGGCCTTCTTTTGGCTCGCCGTGTTTTAAAGATGTTGGAAA
genomic: TGAACTGCCTCAGTATGGTCTCACTGTTGGTCTTACAAACTATGCTGCAGgtattgaatg ... gttgaactagCTTACTGTACTGGCCTTCTTTTGGCTCGCCGTGTTTTAAAGATGTTGGAAA
EST: gi|86038138|gb|DR333893.1|DR333893
EST:     TGAACTGCCTCAGTATGGTCTCACTGTTGGTCTTACAAACTATGCTGCAG                         CTTACTGTACTGGCCTTCTTTTGGCTCGCCGTGTTTTAAAGATGTTGGAAA
genomic: TGAACTGCCTCAGTATGGTCTCACTGTTGGTCTTACAAACTATGCTGCAGgtattgaatg ... gttgaactagCTTACTGTACTGGCCTTCTTTTGGCTCGCCGTGTTTTAAAGATGTTGGAAA
EST: gi|86038110|gb|DR333865.1|DR333865
EST:     TGAACTGCCTCAGTATGGTCTCACTGTTGGTCTTACAAACTATGCTGCAG                         CTTACTGTACTGGCCTTCTTTTGGCTCGCCGTGTTTTGAAGATGTTGGAAA
genomic: TGAACTGCCTCAGTATGGTCTCACTGTTGGTCTTACAAACTATGCTGCAGgtattgaatg ... gttgaactagCTTACTGTACTGGCCTTCTTTTGGCTCGCCGTGTTTTAAAGATGTTGGAAA
EST: gi|163991895|gb|ES092556.1|ES092556
EST:     TCTTACAAACTATGCTGCAG                         CTTACTGTACTGGCCTTCTTTTGGCTCGCCGTGTTTTAAAGATGTTGGAAA
genomic: TCTTACAAACTATGCTGCAGgtattgaatg ... gttgaactagCTTACTGTACTGGCCTTCTTTTGGCTCGCCGTGTTTTAAAGATGTTGGAAA
EST: gi|86038154|gb|DR333909.1|DR333909
EST:     TGAACTGCCTCAGTATGGTCTCACTGTTGGTCTTACAAACTATGCTGCAG                         CTTACTGTACTGGCCTTCTTTTGGCTCGCCGTGTTTTGAAGATGTTGGAAA
genomic: TGAACTGCCTCAGTATGGTCTCACTGTTGGTCTTACAAACTATGCTGCAGgtattgaatg ... gttgaactagCTTACTGTACTGGCCTTCTTTTGGCTCGCCGTGTTTTAAAGATGTTGGAAA
EST: gi|164110331|gb|ES195364.1|ES195364
EST:     TGAACTGCCTCAGTATGGTCTCACTGTTGGTCTTACAAACTATGCTGCAG                         CTTACTGTACGGGCCTTCTTTTGGCTCGCCGTGTTTTA
genomic: TGAACTGCCTCAGTATGGTCTCACTGTTGGTCTTACAAACTATGCTGCAGgtattgaatg ... gttgaactagCTTACTGTACTGGCCTTCTTTTGGCTCGCCGTGTTTTA
EST: gi|86038152|gb|DR333907.1|DR333907
EST:     TGAACTGCCTCAGTATGGTCTCACTGTTGGTCTTACAAACTATGCTGCAG                         CTTACTGTACTGGCCTTCTTTTGGCTCGCCGTGTTTTAAAGATGTTGGAAA
genomic: TGAACTGCCTCAGTATGGTCTCACTGTTGGTCTTACAAACTATGCTGCAGgtattgaatg ... gttgaactagCTTACTGTACTGGCCTTCTTTTGGCTCGCCGTGTTTTAAAGATGTTGGAAA
EST: gi|86038122|gb|DR333877.1|DR333877
EST:     TGAACTGCCTCAGTATGGTCTCACTGTTGGTCTTACAAACTATGCTGCAG                         CTTACTGTACTGGCCTTCTTTTGGCTCGCCGTGTTTTAAAGATGTTGGAAA
genomic: TGAACTGCCTCAGTATGGTCTCACTGTTGGTCTTACAAACTATGCTGCAGgtattgaatg ... gttgaactagCTTACTGTACTGGCCTTCTTTTGGCTCGCCGTGTTTTAAAGATGTTGGAAA
EST: gi|164034207|gb|ES184133.1|ES184133
EST:     GAACTGCCTCAGTATGGTCTCACTGTTGGTCTTACAAACTATGCTGCAG                         CTTACTGTACTGGCCTTACTTTTGGCTCGCCGTGTTTTAAAGATGTTGGAA
genomic: GAACTGCCTCAGTATGGTCTCACTGTTGGTCTTACAAACTATGCTGCAGgtattgaatg ... gttgaactagCTTACTGTACTGGCCTT-CTTTTGGCTCGCCGTGTTTTAAAGATGTTGGAA
EST: gi|86038117|gb|DR333872.1|DR333872
EST:     TGAACTGCCTCAGTATGGTCTCACTGTTGGTCTTACAAACTATGCTGCAG                         CTTACTGTACTGGCCTTCTTTTGGCTCGCCGTGTTTTAAAGATGTAGGAAA
genomic: TGAACTGCCTCAGTATGGTCTCACTGTTGGTCTTACAAACTATGCTGCAGgtattgaatg ... gttgaactagCTTACTGTACTGGCCTTCTTTTGGCTCGCCGTGTTTTAAAGATGTTGGAAA
EST: gi|86038135|gb|DR333890.1|DR333890
EST:     TGAACTGCCTCAGTATGGTCTCACTGTTGGTCTTACAAACTATGCTGCAG                         CTTACTGTACTGGCCTTCTTTTGGCTCGCCGTGTTTTAAAGATGTTGGAAA
genomic: TGAACTGCCTCAGTATGGTCTCACTGTTGGTCTTACAAACTATGCTGCAGgtattgaatg ... gttgaactagCTTACTGTACTGGCCTTCTTTTGGCTCGCCGTGTTTTAAAGATGTTGGAAA
EST: gi|124752279|gb|EH842409.1|EH842409
EST:     TGAACTGCCTCAGTATGGTCTCACTGTTGGTCTTACAAACTATGCTGCAG                         CTTACTGTACTGGCCTTCTTTTGGCTCGCCGTGTTTTAAAGATGTTGGAAA
genomic: TGAACTGCCTCAGTATGGTCTCACTGTTGGTCTTACAAACTATGCTGCAGgtattgaatg ... gttgaactagCTTACTGTACTGGCCTTCTTTTGGCTCGCCGTGTTTTAAAGATGTTGGAAA
EST: gi|86038147|gb|DR333902.1|DR333902
EST:     TGAACTGCCTCAGTATGGTCTCACTGTTGGTCTTACAAACTATGCTGCAG                         CTTACTGTACTGGCCTTCTTTTGGCTCGCCGTGTTTTAAAGATGTTGGAAA
genomic: TGAACTGCCTCAGTATGGTCTCACTGTTGGTCTTACAAACTATGCTGCAGgtattgaatg ... gttgaactagCTTACTGTACTGGCCTTCTTTTGGCTCGCCGTGTTTTAAAGATGTTGGAAA
EST: gi|86038139|gb|DR333894.1|DR333894
EST:     TGAACTGCCTCAGTATGGTCTCACTGTTGGTCTTACAAACTATGCTGCAG                         CTTACTGTACTGGCCTTCTTTTTGGCTC
genomic: TGAACTGCCTCAGTATGGTCTCACTGTTGGTCTTACAAACTATGCTGCAGgtattgaatg ... gttgaactagCTTACTGTACTGGCCTTCTTTT-GGCTC
EST: gi|124912041|gb|EH986121.1|EH986121
EST:     TGAACTGCCTCAGTATGGTCTCACTGTTGGTCTTACAAACTATGCTGCAG                         CTTACTGTACTGGCCTTCTTTTGGCTCGCCGTGTTTTAAAGATGTTG
genomic: TGAACTGCCTCAGTATGGTCTCACTGTTGGTCTTACAAACTATGCTGCAGgtattgaatg ... gttgaactagCTTACTGTACTGGCCTTCTTTTGGCTCGCCGTGTTTTAAAGATGTTG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tggttgattctgtctttatggcttacttatgtgtaatttttttttgttgaactagCTTACTGTACTGGCCTTCTTTTGGCTCGCCGTGTTTTAAAGATGTTGGAAATGGATGACGAGTATGAGGGAAACGTTGAG
                   ggcttac  putative branch site (score: 3)
                                    tttttttttgtt  putative PPT
                      ttacttatgtgtaatt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtattgaatgtgtcatctggtattgttttccaatttaatatggttgattctgtctttatggcttacttatgtgtaatttttttttgttgaactagCTTACTGTACTGGCCTTCTTTTGGCTCGCCGTGTTTTAAAGATGTTGGAAATGGATGACGAGTATGAGGGAAACGTTGAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGATG