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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ttagtaaaaatgttgatattggatagcttagaacaaacaataataatgaatgaatctgatctaaaaaatgcttggcgaataacgtagttctctgttgcagGGAAAGTTAACTGATGGAACTGTCTTTGATTCAAGTTTTGAGAGAGGTGACCCTATTGAGTTTGAGCTTGGAACTGGTCAAGTCATCCCAG

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT3G25220.1
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT3G25220.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 3
lower sequence: GRMZM2G115757_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 3
-----ttagtaaaaatgttgatattg-gatagcttagaacaaacaataataatgaatgaatctgatctaaaaaatgcttggcgaataacgtagttctctgttgcagGGAAAGTTAACTGATGGAACTGTCTTTGATTCAAGTTTTGAGAGAGGTGACCCTATTGAGTTTGAGCTTGGAACTGGTCAAGTCATCCCAG
      ||       |   || |||| ||||    | || |     | || |  ||| | | |  ||| |   ||| |       |   ||  || | |  | ||||||||  | ||||||||||| || ||||||||||| | ||| ||||||||||| ||||| |||||  | || ||||| ||||| |||  ||
ccaccctacattggttcaagaaattgtgatactagacaatacttggtgatcac-aataactatcttctgagttatgttcact---tgctgtgatttttt--tacagGGAAAACTTACTGATGGAACGGTTTTTGATTCAAGCTATGAAAGAGGTGACCCGATTGAATTTGAATTGGGCACTGGACAAGTGATCAAAG

upper sequence: AT3G25220.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 3
lower sequence: Vv00s0260g00060.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
ttagtaaaaatgttgatattggatagcttagaacaaacaataataatgaatgaatctgatctaaaaaatgcttggcgaata-acgtagttctctgtt---gcagGGAAAGTTAACTGATGGAACTGTCTTTGATTCAAGTTTTGAGAGAGGTGACCCTATTGAGTTTGAGCTTGGAACTGGTCAAGTCATCCCAG
    |    |  ||   | |   ||  | |       |||        | |     |  ||  | |  | |||  |  ||    ||  ||   | |    |||||| ||  | || ||||||||||| |||||||| |||||||| || |||||||| ||||||||||| ||||| | ||| ||||| ||   ||
----tgtgtactttagcagttcgtaattgatttttgccaaatgctcccattttggtttttcctatatttccttaactgatgtgagtttttgattatcttggcagGGGAAACTCACAGATGGAACTGTTTTTGATTCCAGTTTTGAAAGGGGTGACCCAATTGAGTTTGAACTTGGTAGTGGCCAAGTAATTAAAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|86081841|gb|DR377600.1|DR377600
EST:     AATGTGATCTCCAGGCTCACAAAGGGGATAAGATCAAGGTTCACTATCGG                         GGAAAGTTAACTGATGGAACTGTCTTTGATTCAAGTTTTGAGAGAGGTGAC
genomic: AATGTGATCTCCAGGCTCACAAAGGGGATAAGATCAAGGTTCACTATCGGgtaagtttta ... tctgttgcagGGAAAGTTAACTGATGGAACTGTCTTTGATTCAAGTTTTGAGAGAGGTGAC
EST: gi|86051510|gb|DR347265.1|DR347265
EST:     AATGTGATCTCCAGGCTCACAAAGGGGATAAGATCAAGGTTCACTATCGG                         GGAAAGTTAACTGATGGAACTGTCTTTGATTCAAGTTTTGAGAGAGGTGAC
genomic: AATGTGATCTCCAGGCTCACAAAGGGGATAAGATCAAGGTTCACTATCGGgtaagtttta ... tctgttgcagGGAAAGTTAACTGATGGAACTGTCTTTGATTCAAGTTTTGAGAGAGGTGAC
EST: gi|86051489|gb|DR347244.1|DR347244
EST:     AATGTGATCTCCAGGCTCACAAAGGGGATAAGATCAAGGTTCACTATCGG                         GGAAAGTTAACTGATGGAAACTGTCTTTGATTCAAGTTTTTGAGAGAGGTG
genomic: AATGTGATCTCCAGGCTCACAAAGGGGATAAGATCAAGGTTCACTATCGGgtaagtttta ... tctgttgcagGGAAAGTTAACTGATGGAA-CTGTCTTTGATTCAAGTTTT-GAGAGAGGTG
EST: gi|164157977|gb|ES092230.1|ES092230
EST:     AAAGGGGATAAGATCAAGGTTCACTATCGG                         GGAAAGTTAACTGATGGAACTGTCTTTGGTTCAAGTTTTGAGAGAGGTGAC
genomic: AAAGGGGATAAGATCAAGGTTCACTATCGGgtaagtttta ... tctgttgcagGGAAAGTTAACTGATGGAACTGTCTTTGATTCAAGTTTTGAGAGAGGTGAC
EST: gi|86051479|gb|DR347234.1|DR347234
EST:     AATGTGATCTCCAGGCTCACAAAGGGGATAAGATCAAGGTTCACTATCGG                         GGAAAGTTAACTGATGGAACTGTCTTTGATTCAAGTTTTGAGAGAGGTGAC
genomic: AATGTGATCTCCAGGCTCACAAAGGGGATAAGATCAAGGTTCACTATCGGgtaagtttta ... tctgttgcagGGAAAGTTAACTGATGGAACTGTCTTTGATTCAAGTTTTGAGAGAGGTGAC
EST: gi|86051540|gb|DR347295.1|DR347295
EST:     AATGTGATCTCCAGGCTCACAAAGGGGATAAGATCAAGGTTCACTATCGG                         GGAAAGTTAACTGATGGAACTGTCTTTGATTCAAGTTTTGAGAGAGGTGAC
genomic: AATGTGATCTCCAGGCTCACAAAGGGGATAAGATCAAGGTTCACTATCGGgtaagtttta ... tctgttgcagGGAAAGTTAACTGATGGAACTGTCTTTGATTCAAGTTTTGAGAGAGGTGAC
EST: gi|86051504|gb|DR347259.1|DR347259
EST:     AATGTGATCTCCAGGCTCACAAAGGGGATAAGATCAAGGTTCACTATCGG                         GGAAAGTTAACTGATGGAACTGTCTTTGATTCAAGTTTTGAGAGAGGTGAC
genomic: AATGTGATCTCCAGGCTCACAAAGGGGATAAGATCAAGGTTCACTATCGGgtaagtttta ... tctgttgcagGGAAAGTTAACTGATGGAACTGTCTTTGATTCAAGTTTTGAGAGAGGTGAC
EST: gi|86051462|gb|DR347217.1|DR347217
EST:     AATGTGATCTCCAGGCTCACAAAGGGGATAAGATCAAGGTTCACTATCGG                         GGAAAGTTAACTGATGGAACTGTCTTTGATTCAAGTTTTGAGAGAGGTGAC
genomic: AATGTGATCTCCAGGCTCACAAAGGGGATAAGATCAAGGTTCACTATCGGgtaagtttta ... tctgttgcagGGAAAGTTAACTGATGGAACTGTCTTTGATTCAAGTTTTGAGAGAGGTGAC
EST: gi|86051548|gb|DR347303.1|DR347303
EST:     AATGTGATCTCCAGGCTCACAAAGGGGATAAGATCAAGGTTCACTATCGG                         GGAAAGTTAACTGATGGAACTGTCTTTGATTCAAGTTTTGAGAGAGGTGAC
genomic: AATGTGATCTCCAGGCTCACAAAGGGGATAAGATCAAGGTTCACTATCGGgtaagtttta ... tctgttgcagGGAAAGTTAACTGATGGAACTGTCTTTGATTCAAGTTTTGAGAGAGGTGAC
EST: gi|86051500|gb|DR347255.1|DR347255
EST:     AATGTGATCTCCAGGCTCACAAAGGGGATAAGATCAAGGTTCACTATCGG                         GGAAAGTTAACTGATGGAACTGTCTTTGATTCAAGTTTTGAGAGAGGTGAC
genomic: AATGTGATCTCCAGGCTCACAAAGGGGATAAGATCAAGGTTCACTATCGGgtaagtttta ... tctgttgcagGGAAAGTTAACTGATGGAACTGTCTTTGATTCAAGTTTTGAGAGAGGTGAC
EST: gi|86051496|gb|DR347251.1|DR347251
EST:     AATGTGATCTCCAGGCTCACAAAGGGGATAAGATCAAGGTTCACTATCGG                         GGAAAGTTAACTGATGGAACTGTCTTTGATTCAAGTTTTGAGAGAGGTGAC
genomic: AATGTGATCTCCAGGCTCACAAAGGGGATAAGATCAAGGTTCACTATCGGgtaagtttta ... tctgttgcagGGAAAGTTAACTGATGGAACTGTCTTTGATTCAAGTTTTGAGAGAGGTGAC
EST: gi|86051530|gb|DR347285.1|DR347285
EST:     AATGTGATCTCCAGGCTCACAAAGGGGATAAGATCAAGGTTCACTATCGG                         GGAAAGTTAACTGATGGAACTGTCTTTGATTCAAGTTTTGAGAGATGTGAC
genomic: AATGTGATCTCCAGGCTCACAAAGGGGATAAGATCAAGGTTCACTATCGGgtaagtttta ... tctgttgcagGGAAAGTTAACTGATGGAACTGTCTTTGATTCAAGTTTTGAGAGAGGTGAC
EST: gi|86051536|gb|DR347291.1|DR347291
EST:     AATGTGATCTCCAGGCTCACAAAGGGGATAAGATCAAGGTTCACTATCGG                         GGAAAGTTAACTGATGGAACTGTCTTTGATTCAAGTTTTGAGAGAGGTGAC
genomic: AATGTGATCTCCAGGCTCACAAAGGGGATAAGATCAAGGTTCACTATCGGgtaagtttta ... tctgttgcagGGAAAGTTAACTGATGGAACTGTCTTTGATTCAAGTTTTGAGAGAGGTGAC
EST: gi|116480295|gb|EG522887.1|EG522887
EST:     AATGTGATCTCCAGGCTCACAAAGGGGATAAGATCAAGGTTCACTATCGG                         GGAAAGTTAACTGATGGAACTGTCTTTGATTCAAGTTTTGAGAGAGGTGAC
genomic: AATGTGATCTCCAGGCTCACAAAGGGGATAAGATCAAGGTTCACTATCGGgtaagtttta ... tctgttgcagGGAAAGTTAACTGATGGAACTGTCTTTGATTCAAGTTTTGAGAGAGGTGAC
EST: gi|86051520|gb|DR347275.1|DR347275
EST:     AATGTGATCTCCAGGCTCACAAAGGGGATAAGATCAAGGTTCACTATCGG                         GGAAAGTTAACTGATGGAACTGTCTTTGATTCAAGTTTTGAGAGAGGTGAC
genomic: AATGTGATCTCCAGGCTCACAAAGGGGATAAGATCAAGGTTCACTATCGGgtaagtttta ... tctgttgcagGGAAAGTTAACTGATGGAACTGTCTTTGATTCAAGTTTTGAGAGAGGTGAC
EST: gi|86051514|gb|DR347269.1|DR347269
EST:     AATGTGATCTCCAGGCTCACAAAGGGGATAAGATCAAGGTTCACTATCGG                         GGAAAGTTAACTGATGGAACTGTCTTTGATTCAAGTTTTGAGAGAGGTGAC
genomic: AATGTGATCTCCAGGCTCACAAAGGGGATAAGATCAAGGTTCACTATCGGgtaagtttta ... tctgttgcagGGAAAGTTAACTGATGGAACTGTCTTTGATTCAAGTTTTGAGAGAGGTGAC
EST: gi|86051466|gb|DR347221.1|DR347221
EST:     AATGTGATCTCCAGGCTCACAAAGGGGATAAGATCAAGGTTCACTATCGG                         GGAAAGTTAACTGATGGAACTGTCTTTGATTCAAGTTTTGAGAGAGGTGAC
genomic: AATGTGATCTCCAGGCTCACAAAGGGGATAAGATCAAGGTTCACTATCGGgtaagtttta ... tctgttgcagGGAAAGTTAACTGATGGAACTGTCTTTGATTCAAGTTTTGAGAGAGGTGAC
EST: gi|86051535|gb|DR347290.1|DR347290
EST:     AATGTGATCTCCAGGCTCACAAAGGGGATAAGATCAAGGTTCACTATCGG                         GGAAAGTTAACTGATGGAACTGTCTTTGATTCAAGTTTTGAGAGAGGTGAC
genomic: AATGTGATCTCCAGGCTCACAAAGGGGATAAGATCAAGGTTCACTATCGGgtaagtttta ... tctgttgcagGGAAAGTTAACTGATGGAACTGTCTTTGATTCAAGTTTTGAGAGAGGTGAC
EST: gi|86051495|gb|DR347250.1|DR347250
EST:     AATGTGATCTCCAGGCTCACAAAGGGGATAAGATCAAGGTTCACTATCGG                         GGAAAGTTAACTGATGGAACTGTCTTTGATTCAAGTTTTGAGAGAGGTGAC
genomic: AATGTGATCTCCAGGCTCACAAAGGGGATAAGATCAAGGTTCACTATCGGgtaagtttta ... tctgttgcagGGAAAGTTAACTGATGGAACTGTCTTTGATTCAAGTTTTGAGAGAGGTGAC
EST: gi|86051502|gb|DR347257.1|DR347257
EST:     AATGTGATCTCCAGGCTCACAAAGGGGATAAGATCAAGGTTCACTATCGG                         GGAAAGTTAACTGATGGAACTGTCTTTGATTCAAGTTTTGAGAGAGGTGAC
genomic: AATGTGATCTCCAGGCTCACAAAGGGGATAAGATCAAGGTTCACTATCGGgtaagtttta ... tctgttgcagGGAAAGTTAACTGATGGAACTGTCTTTGATTCAAGTTTTGAGAGAGGTGAC
EST: gi|86051549|gb|DR347304.1|DR347304
EST:     AATGTGATCTCCAGGCTCACAAAGGGGATAAGATCAAGGTTCACTATCGG                         GGAAAGTTAACTGATGGAACTGTCTTTGATTCAAGTTTTGAGAGAGGTGAC
genomic: AATGTGATCTCCAGGCTCACAAAGGGGATAAGATCAAGGTTCACTATCGGgtaagtttta ... tctgttgcagGGAAAGTTAACTGATGGAACTGTCTTTGATTCAAGTTTTGAGAGAGGTGAC
EST: gi|86051474|gb|DR347229.1|DR347229
EST:     AATGTGATCTCCAGGCTCACAAAGGGGATAAGATCAAGGTTCACTATCGG                         GGAAAGTTAACTGATGGAACTGTCTTTGATTCAAGTTTTGAGAGAGGTGAC
genomic: AATGTGATCTCCAGGCTCACAAAGGGGATAAGATCAAGGTTCACTATCGGgtaagtttta ... tctgttgcagGGAAAGTTAACTGATGGAACTGTCTTTGATTCAAGTTTTGAGAGAGGTGAC
EST: gi|164194955|gb|ES212203.1|ES212203
EST:     AATGTGATCTCCAGGCTCACAAAGGGGATAAGATCAAGGTTCACTATCGG                         GGAAAGTTAAC
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EST: gi|86051550|gb|DR347305.1|DR347305
EST:     AATGTGATCTCCAGGCTCACAAAGGGGATAAGATCAAGGTTCACTATCGG                         GGAAAGTTAACTGATGGAACTGTCTTTGATTCAAGTTTTGAGAGAGGTGAC
genomic: AATGTGATCTCCAGGCTCACAAAGGGGATAAGATCAAGGTTCACTATCGGgtaagtttta ... tctgttgcagGGAAAGTTAACTGATGGAACTGTCTTTGATTCAAGTTTTGAGAGAGGTGAC
EST: gi|86061493|gb|DR357250.1|DR357250
EST:     AATGTGATCTCCAGGCTCACAAAGGGGATAAGATCAAGGTTCACTATCGG                         GGAAAGTTAACTGATGGAACTGTCTTTGATTCAAGTTTTGAGAGAGGTGAC
genomic: AATGTGATCTCCAGGCTCACAAAGGGGATAAGATCAAGGTTCACTATCGGgtaagtttta ... tctgttgcagGGAAAGTTAACTGATGGAACTGTCTTTGATTCAAGTTTTGAGAGAGGTGAC
EST: gi|86051464|gb|DR347219.1|DR347219
EST:     AATGTGATCTCCAGGCTCACAAAGGGGATAAGATCAAGGTTCACTATCGG                         GGAAAGTTAACTGATGGAACTGTCTTTGATTCGAGTTTTGAGAGAGGTGAC
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EST: gi|86051483|gb|DR347238.1|DR347238
EST:     WATGTGATCTCCAGGCTCACAAAGGGGATAAGATCAAGGTTCACTATCGG                         GGAAAGTTAACTGATGGAACTGTCTTTGATTCAAGTTTTGAGAGAGGTGAC
genomic: AATGTGATCTCCAGGCTCACAAAGGGGATAAGATCAAGGTTCACTATCGGgtaagtttta ... tctgttgcagGGAAAGTTAACTGATGGAACTGTCTTTGATTCAAGTTTTGAGAGAGGTGAC
EST: gi|86051529|gb|DR347284.1|DR347284
EST:     AATGTGATCTCCAGGCTCACAAAGGGGATAAGATCAAGGTTCACTATCGG                         GGAAAGTTAACTGATGGAACTGTCTTTGATTCAAGTTTTGAGAGAGGTGAC
genomic: AATGTGATCTCCAGGCTCACAAAGGGGATAAGATCAAGGTTCACTATCGGgtaagtttta ... tctgttgcagGGAAAGTTAACTGATGGAACTGTCTTTGATTCAAGTTTTGAGAGAGGTGAC
EST: gi|86051482|gb|DR347237.1|DR347237
EST:     AATGTGATCTCCAGGCTCACAAAGGGGATAAGATCAAGGTTCACTATCGG                         GGAAAGTTAACTGATGGAACTGTCTTTGATTCAAGTTTTGAGAGAGGTGAC
genomic: AATGTGATCTCCAGGCTCACAAAGGGGATAAGATCAAGGTTCACTATCGGgtaagtttta ... tctgttgcagGGAAAGTTAACTGATGGAACTGTCTTTGATTCAAGTTTTGAGAGAGGTGAC
EST: gi|86051534|gb|DR347289.1|DR347289
EST:     AATGTGATCTCCAGGCTCACAAAGGGGATAAGATCAAGGTTCACTATCGG                         GGAAAGTTAACTGATGGAACTGTCTTTGATTCAAGTTTTGAGAGAGGTGAC
genomic: AATGTGATCTCCAGGCTCACAAAGGGGATAAGATCAAGGTTCACTATCGGgtaagtttta ... tctgttgcagGGAAAGTTAACTGATGGAACTGTCTTTGATTCAAGTTTTGAGAGAGGTGAC
EST: gi|86051511|gb|DR347266.1|DR347266
EST:     AATGTGATCTCCAGGCTCACAAAGGGGATAAGATCAAGGTTCACTATCGG                         GGAAAGTTAACTGATGGAACTGTCTTTGATTCAAGTTTTGAGAGAGGTGAC
genomic: AATGTGATCTCCAGGCTCACAAAGGGGATAAGATCAAGGTTCACTATCGGgtaagtttta ... tctgttgcagGGAAAGTTAACTGATGGAACTGTCTTTGATTCAAGTTTTGAGAGAGGTGAC
EST: gi|86051542|gb|DR347297.1|DR347297
EST:     AATGTGATCTCCAGGCTCACAAAGGGGATAAGATCAAGGTTCACTATCGG                         GGAAAGTTAACTGATGGAACTGTCTTTGATTCAAGTTTTGAGAGAGGTGAC
genomic: AATGTGATCTCCAGGCTCACAAAGGGGATAAGATCAAGGTTCACTATCGGgtaagtttta ... tctgttgcagGGAAAGTTAACTGATGGAACTGTCTTTGATTCAAGTTTTGAGAGAGGTGAC
EST: gi|86051533|gb|DR347288.1|DR347288
EST:     AATGTGATCTCCAGGCTCACAAAGGGGATAAGATCAAGGTTCACTATCGG                         GGAAAGTTAACTGATGGAACTGTCTTTGATTCAAGTTTTGAGAGAGGTGAC
genomic: AATGTGATCTCCAGGCTCACAAAGGGGATAAGATCAAGGTTCACTATCGGgtaagtttta ... tctgttgcagGGAAAGTTAACTGATGGAACTGTCTTTGATTCAAGTTTTGAGAGAGGTGAC
EST: gi|164159949|gb|ES032919.1|ES032919
EST:     CTCCGGGCTCACAAAGGGGATAAGATCAAGGTTCACTATCGG                         GGAAAGTTAACTGATGGAACTGTCTTTGATTCAAGTTTTGAGAGAGGTGAC
genomic: CTCCAGGCTCACAAAGGGGATAAGATCAAGGTTCACTATCGGgtaagtttta ... tctgttgcagGGAAAGTTAACTGATGGAACTGTCTTTGATTCAAGTTTTGAGAGAGGTGAC
EST: gi|86051484|gb|DR347239.1|DR347239
EST:     AATGTGATCTCCAGGCTCACAAAGGGGATAAGATCAAGGTTCACTATCGG                         GGAAAGTTAACTGATGGAACTGTCTTTGATTCAAGTTTTGAGAGAGGTGAC
genomic: AATGTGATCTCCAGGCTCACAAAGGGGATAAGATCAAGGTTCACTATCGGgtaagtttta ... tctgttgcagGGAAAGTTAACTGATGGAACTGTCTTTGATTCAAGTTTTGAGAGAGGTGAC
EST: gi|86051528|gb|DR347283.1|DR347283
EST:     AATGTGATCTCCAGGCTCACAAAGGGGATAAGATCAAGGTTCACTATCGG                         GGAAAGTTAACTGATGGAACTGTCTTTGATTCAAGTTTTGAGAGAGGTGAC
genomic: AATGTGATCTCCAGGCTCACAAAGGGGATAAGATCAAGGTTCACTATCGGgtaagtttta ... tctgttgcagGGAAAGTTAACTGATGGAACTGTCTTTGATTCAAGTTTTGAGAGAGGTGAC
EST: gi|86051544|gb|DR347299.1|DR347299
EST:     AATGTGATCTCCAGGCTCACAAAGGGGATAAGATCAAGGTTCACTATCGG                         GGAAAGTTAACTGATGGAACTGTCTTTGATTCAAGTTTTGAGAGAGGTGAC
genomic: AATGTGATCTCCAGGCTCACAAAGGGGATAAGATCAAGGTTCACTATCGGgtaagtttta ... tctgttgcagGGAAAGTTAACTGATGGAACTGTCTTTGATTCAAGTTTTGAGAGAGGTGAC
EST: gi|86051538|gb|DR347293.1|DR347293
EST:     AATGTGATCTCCAGGCTCACAAAGGGGATAAGATCAAGGTTCACTATCGG                         GGAAAGTTAACTGATGGAACTGTCTTTGATTCAAGTTTTGAGAGAGGTGAC
genomic: AATGTGATCTCCAGGCTCACAAAGGGGATAAGATCAAGGTTCACTATCGGgtaagtttta ... tctgttgcagGGAAAGTTAACTGATGGAACTGTCTTTGATTCAAGTTTTGAGAGAGGTGAC
EST: gi|86051532|gb|DR347287.1|DR347287
EST:     AATGTGATCTCCAGGCTCACAAAGGGGATAAGATCAAGGTTCACTATCGG                         GGAAAGTTAACTGATGGAACTGTCTTTGATTCAAGTTTTGAGAGAGGTGAC
genomic: AATGTGATCTCCAGGCTCACAAAGGGGATAAGATCAAGGTTCACTATCGGgtaagtttta ... tctgttgcagGGAAAGTTAACTGATGGAACTGTCTTTGATTCAAGTTTTGAGAGAGGTGAC
EST: gi|86051476|gb|DR347231.1|DR347231
EST:     AATGTGATCTCCAGGCTCACAAAGGGGATAAGATCAAGGTTCACTATCGG                         GGAAAGTDAACTGATGGAACTGTSTTTGATTCAAGTTTTGAGAGAGGTGAC
genomic: AATGTGATCTCCAGGCTCACAAAGGGGATAAGATCAAGGTTCACTATCGGgtaagtttta ... tctgttgcagGGAAAGTTAACTGATGGAACTGTCTTTGATTCAAGTTTTGAGAGAGGTGAC
EST: gi|86051463|gb|DR347218.1|DR347218
EST:     AATGTGATCTCCAGGCTCACAAAGGGGATAAGATCAAGGTTCACTATCGG                         GGAAAGTTAACTGATGGAACTGTCTTTGATTCAAGTTTTGAGAGAGGTGAC
genomic: AATGTGATCTCCAGGCTCACAAAGGGGATAAGATCAAGGTTCACTATCGGgtaagtttta ... tctgttgcagGGAAAGTTAACTGATGGAACTGTCTTTGATTCAAGTTTTGAGAGAGGTGAC
EST: gi|86051491|gb|DR347246.1|DR347246
EST:     AATGTGATCTCCAGGCTCACAAAGGGGATAAGATCAAGGTTCACTATCGG                         GGAAAGTTAACTGATGGAACTGTCTTTGATTCAAGTTTTGAGAGAGGTGAC
genomic: AATGTGATCTCCAGGCTCACAAAGGGGATAAGATCAAGGTTCACTATCGGgtaagtttta ... tctgttgcagGGAAAGTTAACTGATGGAACTGTCTTTGATTCAAGTTTTGAGAGAGGTGAC
EST: gi|86051524|gb|DR347279.1|DR347279
EST:     AATGTGATCTCCAGGCTCACAAAGGGGATAAGATCAAGGTTCACTATCGG                         GGAAAGTTAACTGATGGAACTGTCTTTGATTCAAGTTTTGAGAGAGGTGAC
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EST:     AATGTGATCTCCAGGCTCACAAAGGGGATAAGATCAAGGTTCACTATCGG                         GGAAAGTTAACTGATGGAACTGTCTTTGATTCAAGTTTTGAGAGAGGTGAC
genomic: AATGTGATCTCCAGGCTCACAAAGGGGATAAGATCAAGGTTCACTATCGGgtaagtttta ... tctgttgcagGGAAAGTTAACTGATGGAACTGTCTTTGATTCAAGTTTTGAGAGAGGTGAC
EST: gi|86051519|gb|DR347274.1|DR347274
EST:     AATGTGATCTCCAGGCTCACAAAGGGGATAAGATCAAGGTTCACTATCGG                         GGAAAGTTAACTGATGGAACTGTCTTTGATTCAAGTTTTGAGAGAGGTGAC
genomic: AATGTGATCTCCAGGCTCACAAAGGGGATAAGATCAAGGTTCACTATCGGgtaagtttta ... tctgttgcagGGAAAGTTAACTGATGGAACTGTCTTTGATTCAAGTTTTGAGAGAGGTGAC
EST: gi|164125535|gb|ES027015.1|ES027015
EST:     AAAGGGGATAAGATCAAGGTTCACTATCGG                         GGAAAGTTAACTGATGGAACTGTCTTTGGTTCAAGTTT-GAGAGAGGTGAC
genomic: AAAGGGGATAAGATCAAGGTTCACTATCGGgtaagtttta ... tctgttgcagGGAAAGTTAACTGATGGAACTGTCTTTGATTCAAGTTTTGAGAGAGGTGAC
EST: gi|86051543|gb|DR347298.1|DR347298
EST:     AATGTGATCTCCAGGCTCACAAAGGGGATAAGATCAAGGTTCACTATCGG                         GGAAAGTTAACTGATGGAACTGTCTTTGATTCAAGTTTTGAGAGAGGTGAC
genomic: AATGTGATCTCCAGGCTCACAAAGGGGATAAGATCAAGGTTCACTATCGGgtaagtttta ... tctgttgcagGGAAAGTTAACTGATGGAACTGTCTTTGATTCAAGTTTTGAGAGAGGTGAC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atgaatgaatctgatctaaaaaatgcttggcgaataacgtagttctctgttgcagGGAAAGTTAACTGATGGAACTGTCTTTGATTCAAGTTTTGAGAGAGGTGACCCTATTGAGTTTGAGCTTGGAACTGGTCAAGTCATCCCAG
                               gaataac  putative branch site (score: 2)
                                          ttctctgtt  putative PPT
             atctaaaaaat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
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ttagtaaaaatgttgatattggatagcttagaacaaacaataataatgaatgaatctgatctaaaaaatgcttggcgaataacgtagttctctgttgcagGGAAAGTTAACTGATGGAACTGTCTTTGATTCAAGTTTTGAGAGAGGTGACCCTATTGAGTTTGAGCTTGGAACTGGTCAAGTCATCCCAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GAGCTT
- -gtaaaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - -caaacaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -taaaaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gaataac