Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ttgagtgagcagtattcattttcttttggctacacaattggatacttattttttcattttcttgatacacaaatttggatgtcattttgtattgccttagGAAGCTCCTGCTATTGTGAAGTCCTACTATGACAAGCGAATTGTGGGCTGCCCTGGTGGTGAAGGCG

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT3G15640.1
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT3G15640.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 3
lower sequence: GRMZM2G477366_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 2
ttgagtgagcagtattcattttcttttggctacacaattggatacttatttttt-cattttcttgatacacaaatttggatgtcattttg----tattgccttagGAAGCTCCTGCTATTGTGAAGTCCTACTATGACAAGCGAATTGTGGGCTGCCCTGGTGGTGAAGGCG
     |    ||  ||||     ||| || || | | |   |   || ||| ||   |  |||  |||     |||    | |  |||||    | || |   |||| |  ||  || | ||  ||||||||||| ||||||| || || ||||||||||||||||| || |
----tttcttagc-ttcagaagttttgggttaaagagtgctacttttttttcttgtgtactctgcataatgttattcatttcttcttttggtgttgttcctgcagGAGGAACCATCTGTAGTTGAGTCCTACTATAACAAGCGGATAGTCGGCTGCCCTGGTGGTGAGGGAG

upper sequence: AT3G15640.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 3
lower sequence: GRMZM2G064753_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 3
ttgagtgagcagtattcattttcttttggctacacaattggatacttattttttcattttcttgatacacaa----atttggatgtcattttg----tattgccttagGAAGCTCCTGCTATTGTGAAGTCCTACTATGACAAGCGAATTGTGGGCTGCCCTGGTGGTGAAGGCG
          ||  ||||     ||| || || | | |  | ||||| ||||| | | |      | || ||    |||    | |  |||||    | || |   |||| |  ||  || | ||  ||||||||||| ||||||| || || ||||||||||||||||| || |
-------cttagc-ttcagaagttttgggttaaagagtctgctacttttttttccttgtgtactctgcataatgttattcatttcttcttttggtgctgttcctgcagGAGGAACCATCTGTAGTTGAGTCCTACTATAACAAGCGGATAGTCGGCTGCCCTGGTGGTGAGGGAG

upper sequence: AT3G15640.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 3
lower sequence: AC215864.3_FGT010 (Zea mays), 3'ss of exon 1
------------------------------------------------------------------ttgagtga-gcagtatt-cattttcttttggctacacaa---ttgga-----------tacttattttttcattttcttgatacacaa----atttggatgtcattttg----tattgccttagGAAGCTCCTGCTATTGTGAAGTCCTACTATGACAAGCGAATTGTGGGCTGCCCTGGTGGTGAAGGCG
                                                                    ||||   || ||  | | || | | || ||| || ||   ||||            ||||| ||||||| | |      | || ||    |||    | |  |||||    | || |   |||| |  ||  || | ||   |||||||||| ||||||| || || ||||||||||||||||| || |
gtaaggtgtcgcctcacctctctttatgaattcctaggcattgtgggtgtggtaggtctaagcactcagagttttgctgttctactttctttcttagcttcagaagttttgggataaagagtgctactttttttttcttgtgtactctgcataatgttattcatttcttcttttggtgttgttcctgcagGAGGAACCATCTGTAGTTGGGTCCTACTATAACAAGCGGATAGTCGGCTGCCCTGGTGGTGAGGGAG

upper sequence: AT3G15640.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 3
lower sequence: Vv04s0008g05100.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
ttgagtgagcagtattcattttcttttggctacacaattggatacttattttttcattttcttgata-------cacaaatttggatgtcattttgtattgccttagGAAGCTCCTGCTATTGTGAAGTCCTACTATGACAAGCGAATTGTGGGCTGCCCTGGTGGTGAAGGCG
       |   |||   || | || | ||||   || |  |||  || |    | | |||    ||        || |  | ||| |||||| || || |    |||||||| ||||||||||| ||||| | ||| ||||   |||| ||||||||||| |||||||| || |
------cattcgtaactatatactgtgggctgatcagtgagatggttgtacaatgaattttcaaatcatattctcatatttctggttgtcatgttttact-ttgtagGAAGCACCTGCTATTGTTAAGTCTTTCTACGACAGAAGAATAGTGGGCTGCCCAGGTGGTGAGGGAG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|86043848|gb|DR339603.1|DR339603
EST:     AAAGGAGGCTGGATGATATTGACTTCCCTGAAGGTCCTTTTGGAACTAAG                         GAAGCTCCTGCTATTGTGAAGTCCTACTATGACAAGC
genomic: AA-GGAGGCTGGATGATATTGACTTCCCTGAAGGTCCTTTTGGAACTAAGgttagataag ... attgccttagGAAGCTCCTGCTATTGTGAAGTCCTACTATGACAAGC
EST: gi|86043813|gb|DR339568.1|DR339568
EST:     GAAGGAGGCTGGATGATATTGACTTCCCTGAAGGTCCTTTTGGAACTAAG                         GAAGCTCCTGCTATTGTGAAGTCCTACTATGACAAGCGAATTGTGGGCT
genomic: GAAGGAGGCTGGATGATATTGACTTCCCTGAAGGTCCTTTTGGAACTAAGgttagataag ... attgccttagGAAGCTCCTGCTATTGTGAAGTCCTACTATGACAAGCGAATTGTGGGCT
EST: gi|86043822|gb|DR339577.1|DR339577
EST:     GAAGGAGGCTGGATGATATTGACTTCCCTGAAGGTCCTTTTGGAACTAAG                         GAAGCTCCTGCCTATTGTGAAGTCCTACTATGA
genomic: GAAGGAGGCTGGATGATATTGACTTCCCTGAAGGTCCTTTTGGAACTAAGgttagataag ... attgccttagGAAGCTCCTGC-TATTGTGAAGTCCTACTATGA
EST: gi|86043824|gb|DR339579.1|DR339579
EST:     GAAGGAGGCTGGATGATATTGACTTCCCTGAAGGTCCTTTTGGAACTAAG                         GAAGCTCCTGCTATTGTGAAGTCCTACTATGACAAGCGAATTGTGGGCTGC
genomic: GAAGGAGGCTGGATGATATTGACTTCCCTGAAGGTCCTTTTGGAACTAAGgttagataag ... attgccttagGAAGCTCCTGCTATTGTGAAGTCCTACTATGACAAGCGAATTGTGGGCTGC
EST: gi|86043831|gb|DR339586.1|DR339586
EST:     GAAGGAGGCTGGATGATATTGACTTCSCTGAAGGTCCTTTTGGAACTAAG                         GAAGCTCCTGSTATTGTGAAGTCCTACTATGA
genomic: GAAGGAGGCTGGATGATATTGACTTCCCTGAAGGTCCTTTTGGAACTAAGgttagataag ... attgccttagGAAGCTCCTGCTATTGTGAAGTCCTACTATGA
EST: gi|86043837|gb|DR339592.1|DR339592
EST:     GAAGGAGGCTGGATGATATTGACTTCCCTGAAGGTCCTTTTGGAACTAAG                         GAAGCTCCTGCTATTGTGAAGTCCTACTATGACAAGCGAATTGTGGGCTGC
genomic: GAAGGAGGCTGGATGATATTGACTTCCCTGAAGGTCCTTTTGGAACTAAGgttagataag ... attgccttagGAAGCTCCTGCTATTGTGAAGTCCTACTATGACAAGCGAATTGTGGGCTGC
EST: gi|86043847|gb|DR339602.1|DR339602
EST:     GAAGGAGGCTGGATGATATTGACTTCCCTGAAGGTCCTTTTGGAACTAAG                         GAAGCTCCTGCTATTGTGAAGTC-TACTATGACAAGCG
genomic: GAAGGAGGCTGGATGATATTGACTTCCCTGAAGGTCCTTTTGGAACTAAGgttagataag ... attgccttagGAAGCTCCTGCTATTGTGAAGTCCTACTATGACAAGCG
EST: gi|86043833|gb|DR339588.1|DR339588
EST:     GAAGGAGGCTGGATGATATTGACTTCCCTGAAGGTCCTTTTGGAACTAAG                         GAAGCTCCTGCTATTGTGAAGTCCTACTATGACAAGCGAATTGT
genomic: GAAGGAGGCTGGATGATATTGACTTCCCTGAAGGTCCTTTTGGAACTAAGgttagataag ... attgccttagGAAGCTCCTGCTATTGTGAAGTCCTACTATGACAAGCGAATTGT
EST: gi|86043834|gb|DR339589.1|DR339589
EST:     GAAGGAGGCTGGATGATATTGACTTCCCTGAAGGTCCTTTTGGAACTAAG                         GAAGCTCCTGCTATTGTGAAGT
genomic: GAAGGAGGCTGGATGATATTGACTTCCCTGAAGGTCCTTTTGGAACTAAGgttagataag ... attgccttagGAAGCTCCTGCTATTGTGAAGT
EST: gi|86043842|gb|DR339597.1|DR339597
EST:     GAAGGAGGCTGGATGATATTGACTTCCCTGAAGGTCCTTTTGGAACTAAG                         GAAGCTCCTGCTATTGTGAAGTCCTACTATGACAAGCGA
genomic: GAAGGAGGCTGGATGATATTGACTTCCCTGAAGGTCCTTTTGGAACTAAGgttagataag ... attgccttagGAAGCTCCTGCTATTGTGAAGTCCTACTATGACAAGCGA
EST: gi|86043849|gb|DR339604.1|DR339604
EST:     GAAGGAGGCTGGATGATATTGACTTCCCTGAAGGTCCTTTTGGAACTAAG                         GAAGCTCCTGCTATTGTGAAGTCCTACTATGACAAGCGAATTGTGGGCTGC
genomic: GAAGGAGGCTGGATGATATTGACTTCCCTGAAGGTCCTTTTGGAACTAAGgttagataag ... attgccttagGAAGCTCCTGCTATTGTGAAGTCCTACTATGACAAGCGAATTGTGGGCTGC
EST: gi|86043832|gb|DR339587.1|DR339587
EST:     GAAGGAGGCTGGATGATATTGACTTCCCTGAAGGTCCTTTTGGAACTAAG                         GAAGCTCCTGCTATTGTGAAGTCCTACTATG
genomic: GAAGGAGGCTGGATGATATTGACTTCCCTGAAGGTCCTTTTGGAACTAAGgttagataag ... attgccttagGAAGCTCCTGCTATTGTGAAGTCCTACTATG
EST: gi|86043829|gb|DR339584.1|DR339584
EST:     GAAGGAGGCTGGATGATATTGACTTCCCTGAAGGTCCTTTTGGAACTAAG                         GAAGCTCCTGCTATTGTGAAGTCCTACTATGACAAGCGAATTGTGGGCTGC
genomic: GAAGGAGGCTGGATGATATTGACTTCCCTGAAGGTCCTTTTGGAACTAAGgttagataag ... attgccttagGAAGCTCCTGCTATTGTGAAGTCCTACTATGACAAGCGAATTGTGGGCTGC
EST: gi|86043828|gb|DR339583.1|DR339583
EST:     GAAGGAGGCTGGATGATATTGACTTCCCTGAAGGTCCTTTTGGAACTAAG                         GAAGCTCCTGCTATTGTGAAGTCCTACTATGACAAGCGAATTGTGGG
genomic: GAAGGAGGCTGGATGATATTGACTTCCCTGAAGGTCCTTTTGGAACTAAGgttagataag ... attgccttagGAAGCTCCTGCTATTGTGAAGTCCTACTATGACAAGCGAATTGTGGG
EST: gi|86043817|gb|DR339572.1|DR339572
EST:     GAAGGAGGCTGGATGATATTGACTTCCCTGAAGGTCCTTTTGGAACTAAG                         GAAGCTCCTGCTATTGTGAAGTCCTACTATGACAAGCGAATTGTGGGCTGC
genomic: GAAGGAGGCTGGATGATATTGACTTCCCTGAAGGTCCTTTTGGAACTAAGgttagataag ... attgccttagGAAGCTCCTGCTATTGTGAAGTCCTACTATGACAAGCGAATTGTGGGCTGC
EST: gi|86043840|gb|DR339595.1|DR339595
EST:     GAAGGAGGCTGGATGATATTGACTTCCCTGAAGGTCCTTTTGGAACTAAG                         GAAGCTCCTGCTATTGTGAAGTCCTACTATGACAAGCGAATTGTGGGGCTG
genomic: GAAGGAGGCTGGATGATATTGACTTCCCTGAAGGTCCTTTTGGAACTAAGgttagataag ... attgccttagGAAGCTCCTGCTATTGTGAAGTCCTACTATGACAAGCGAATTGTGGG-CTG
EST: gi|86043819|gb|DR339574.1|DR339574
EST:     GAAGGAGGCTGGATGATATTGACTTCCCTGAAGGTCCTTTTGGAACTAAG                         GAAGCTCCTGCTATTGTGAAGTCNTACTATGACAAGCGAATTGTGGGCTGC
genomic: GAAGGAGGCTGGATGATATTGACTTCCCTGAAGGTCCTTTTGGAACTAAGgttagataag ... attgccttagGAAGCTCCTGCTATTGTGAAGTCCTACTATGACAAGCGAATTGTGGGCTGC
EST: gi|86043823|gb|DR339578.1|DR339578
EST:     GAAGGAGGCTGGATGATATTGACTTCCCTGAAGGTCCTTTTGGAACTAAG                         GAAGCTCCTGCTATTGTGAAGTCCTACTATGACAAGCGAATTGTGGGCTGC
genomic: GAAGGAGGCTGGATGATATTGACTTCCCTGAAGGTCCTTTTGGAACTAAGgttagataag ... attgccttagGAAGCTCCTGCTATTGTGAAGTCCTACTATGACAAGCGAATTGTGGGCTGC
EST: gi|86043825|gb|DR339580.1|DR339580
EST:     GAAGGAGGCTGGATGATATTGACTTCCCTGAAGGTCCTTTTGGAACTAAG                         GAAGCTCCTGCTATTGTGAAGT
genomic: GAAGGAGGCTGGATGATATTGACTTCCCTGAAGGTCCTTTTGGAACTAAGgttagataag ... attgccttagGAAGCTCCTGCTATTGTGAAGT
EST: gi|125309054|gb|EL323139.1|EL323139
EST:     GGCTGGATGATATTGACTTCCCTGAAGGTCCTTTTGGAACTAAG                         GAAGCTCCTGCTATTGTGAAGTCCTACTATGACAAGCGAATTGTGGGCTGC
genomic: GGCTGGATGATATTGACTTCCCTGAAGGTCCTTTTGGAACTAAGgttagataag ... attgccttagGAAGCTCCTGCTATTGTGAAGTCCTACTATGACAAGCGAATTGTGGGCTGC
EST: gi|86043839|gb|DR339594.1|DR339594
EST:     GAAGGAGGCTGGATGATATTGACTTCCCTGAAGGTCCTTTTGGAACTAAG                         GAAGCTCCTGCTATTGTGAAGTCCTACTATGACAAGCGAATTGTGGGCT
genomic: GAAGGAGGCTGGATGATATTGACTTCCCTGAAGGTCCTTTTGGAACTAAGgttagataag ... attgccttagGAAGCTCCTGCTATTGTGAAGTCCTACTATGACAAGCGAATTGTGGGCT
EST: gi|86043827|gb|DR339582.1|DR339582
EST:     GAAGGAGGCTGGATGATATTGACTTCCCTGAAGGTCCTTTTGGAACTAAG                         GAAGCTCCTGCTATTGTGAAGT
genomic: GAAGGAGGCTGGATGATATTGACTTCCCTGAAGGTCCTTTTGGAACTAAGgttagataag ... attgccttagGAAGCTCCTGCTATTGTGAAGT
EST: gi|86043816|gb|DR339571.1|DR339571
EST:     GAAGGAGGCTGGATGATATTGACTTCCCTGAAGGTCCTTTTGGAACTAAG                         GAAGCTCCTGCTATTGTGAAGTCCTACTATGACAAGCGAATTGTGGGCTGC
genomic: GAAGGAGGCTGGATGATATTGACTTCCCTGAAGGTCCTTTTGGAACTAAGgttagataag ... attgccttagGAAGCTCCTGCTATTGTGAAGTCCTACTATGACAAGCGAATTGTGGGCTGC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttattttttcattttcttgatacacaaatttggatgtcattttgtattgccttagGAAGCTCCTGCTATTGTGAAGTCCTACTATGACAAGCGAATTGTGGGCTGCCCTGGTGGTGAAGGCG
              tcttgat  putative branch site (score: 4)
                                              ttgcctt  putative PPT
     ttttcatttt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
ttgagtgagcagtattcattttcttttggctacacaattggatacttattttttcattttcttgatacacaaatttggatgtcattttgtattgccttagGAAGCTCCTGCTATTGTGAAGTCCTACTATGACAAGCGAATTGTGGGCTGCCCTGGTGGTGAAGGCG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - -acacaat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - atacaca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aatttgg